在对vcf的操作有这样三个软件: Vcftools:主要用于群体分析,文本处理的功能不是很强大,虽然这个软件也可以拆分样本,但是这种拆分不涉及文件的处理,只是保留在分析流程里. GATK .x:这个软件最大的问题就是需要参考基因组,而且序列长度各个方面都要与待处理的文件一致这样就给我们的数据处理带来一定的麻烦. Bcftools:涉及文本的处理,功能很强大,后续随着我的分析还要继续介绍. 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: bcftools v

两个软件的作用:1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息,这个位点上有多少条read匹配,匹配read的碱基是什么,并将这些信息存储在BCF文件中.2.bcftools 是真正进行calling的软件.其也可以用来BCF和VCF格式的转换. 常见流程: #index REF $samtools faidx GCF.fa $bowtie2-build ./GCF.fa ./index/GCF #生成bam比对文件 $bowtie2 -x ./index/GCF rea

1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq > test_2.sai bwa sampe ref.fa -r "@RG\tID:<ID>\tLB:<LIBRARY_NAME>\tSM:<SAMPLE_NAME>\tPL:ILLUMINA" test_1.sai test_2.sai test_1

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令.以下是常用命令的介绍: view命令的主要功能: 将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式. bam

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

beftools非常复杂,大概有20个命令,每个命令下面还有N多个参数 annotate .. edit VCF files, add or remove annotations call .. SNP/indel calling (former "view") cnv .. Copy Number Variation caller concat .. concatenate VCF/BCF files from the same set of samples consensus ..

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤.如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling,那么可以考虑下面的标准 QD< 2.0 || FS> 60.0 || MQ< 40.0 || MQRankSum <−12.5 || ReadPosRankSum <−8.0 QUAL<30.0||QD<2.0||FS

一.前言 -孤独的路上有梦想作伴,乘风破浪- 二.页面值传递 (1)C#各页面之间可以进行数据的交换和传递,页面之间可根据获取的数据,进行各自的操作(跳转.计算等操作).为了实现多种方式的数据传递,C#提供一下几种方式: 1.Query.String方式 2.Server.Transfer方式 3.Cookie方式 4.Session方式 5.Application方式 (2)实现方式 新建TestTransfer项目,添加TransferOne.aspx页面和TransferTwo.aspx页

导读 正则表达式是什么?有什么用? 正则表达式(Regular Expression)是一种文本规则,可以用来校验.查找.替换与规则匹配的文本. 又爱又恨的正则 正则表达式是一个强大的文本匹配工具,但是它的规则实在很繁琐,而且理解起来也颇为蛋疼,容易让人望而生畏. 如何学习正则 刚接触正则时,我看了一堆正则的语义说明,但是仍然不明所以.后来,我多接触一些正则的应用实例,渐渐有了感觉,再结合语义说明,终有领悟.我觉得正则表达式和武侠修练武功差不多,应该先练招式,再练心法.如果一开始就直接看正则的规

从垃圾箱中捡到了三妹的笔记本,虽然显卡已烧,硬盘和内存已被掳走,但依旧很高兴的说,因为我的目的是要拆了它. 这是我的第一次,所以本文的内容完全是新手猎奇,高手勿喷~ 步骤1:拆掉塑料外壳 不要忘了硬盘保护壳 步骤2:清理底盘 底盘上剩下的只有网卡.BIOS电池.逐个从插口上拆下.注意网卡上的两根特殊接线,分别为Main和Aux,之后还会提到. 背部的几处螺丝是拆卸一些部件所必须的,图示如下: 步骤3:拆卸键盘.热键及光驱 在键盘拆下之后,从原键盘下的金属挡板右下端半圆形镂空处(下图橙色箭头所指)

为何要翻译 一来是为了感受国外优秀技术社区知名博主的高质量文章,二来是为了复习对.NET技术的基础拾遗达到温故知新的效果,最后也是为了锻炼一下自己的英文读写能力.因为是首次翻译英文文章(哎,原谅我这个菜比,弱爆了!),所以肯定会有很多问题(有些语句理解不透彻,翻译出来也不通顺,还请不吝赐教),也请各位园友多多指正,谢谢! 关于原文作者 原文作者:Shivprasad koirala 原文地址:http://www.codeproject.com/Articles/76153/Six-import

该随笔受启发于<CLR Via C#(第三版)>第四章4.4运行时的相互联系 一.内存分配的几个区域 1.线程栈 局部变量的值类型 和 局部变量中引用类型的指针(或称引用)会被分配到该区域上(引用类型的一部分内存被分配到该区域内). 该区域由系统管控,不受垃圾收集器的控制.当所在方法执行完毕后,局部变量会自动释放(引用类型只释放指针,而不释放指针指向的数据). 堆栈的执行效率很高,但容量有限. 2.GC Heap(回收堆) 用于分配小对象(引用类型),如果引用类型的实例大小 小于85000个字

我以前在写Android项目的时候,估计写得最多最熟练的几句话就是: List<Integer> list = new ArrayList<Integer>(); list.add(); //把一个整数加入到集合中 ); //从集合中取出元素 ArrayList用起来是多么的顺手!当时我只知道尖括号<>里面只能加入大写字母开头的Object类型,不能加入int.char.double这些原始类型,至于原因没研究过,这么规定就这么用呗. 但是随着对“码农”式无脑学习法的逐

######################################## ############### Mapping ################ ######################################## ################ #(1) build index ################ bwa index -a bwtsw -p <reference> <reference.fa> ################ #(2

享元设计模式 public static void main(String[] args) { Integer iObj = 3; //自动装箱 System.out.println(iObj + 12); //自动拆箱 Integer i1 = 13; Integer i2 = 13; System.out.println(i1 == i2); //true 享元设计模式(flyweight) -128~127 } 对于基本类型的整数要装箱成为Integer对象的时候,如果这个数字在1个字节之

C#初学者经常被问的几道辨析题,值类型与引用类型,装箱与拆箱,堆栈,这几个概念组合之间区别,看完此篇应该可以解惑. 俗话说,用思想编程的是文艺程序猿,用经验编程的是普通程序猿,用复制粘贴编程的是2B程序猿,开个玩笑^_^. 相信有过C#面试经历的人,对下面这句话一定不陌生: 值类型直接存储其值,引用类型存储对值的引用,值类型存在堆栈上,引用类型存储在托管堆上,值类型转为引用类型叫做装箱,引用类型转为值类型叫拆箱. 但仅仅背过这句话是不够的. C#程序员不必手工管理内存,但要编写高效的代码,就仍需