在对vcf的操作有这样三个软件: Vcftools:主要用于群体分析,文本处理的功能不是很强大,虽然这个软件也可以拆分样本,但是这种拆分不涉及文件的处理,只是保留在分析流程里. GATK .x:这个软件最大的问题就是需要参考基因组,而且序列长度各个方面都要与待处理的文件一致这样就给我们的数据处理带来一定的麻烦. Bcftools:涉及文本的处理,功能很强大,后续随着我的分析还要继续介绍. 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: bcftools v

一.最近因为所在的实习公司要求用opencv视觉库来写一个对图片识别并提取指定区域的程序.看了很多资料,只学会了皮毛,下面附上简单的代码.运行程序之前需要安装opencv库,官网地址为:https://opencv.org/.直接下载安装包到本地,解压即可.本人的opencv版本为24.10 .集成环境是visual studio 2013. #include<opencv2/core/core.hpp> #include<opencv2/highgui/highgui.hpp>

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

typedef struct { int width; int height; }SizeInfo; typedef struct { int x; int y; int width; int height; }ImageRect; /************************************************* // Method : ExtraceSpecifiedSizeYuv // Author : zhoulee // Date : 2016/08/15 16:14

进入http://browser.1000genomes.org/index.html网站 假定要寻找“6:133098746-133108745”这段距离的SNP数据,“6”表示6号染色体,后面的数据表示距离. 点击“Go”,进入如下界面后,再点击左栏的“Get VCF data” 弹出如下界面,再继续点击“VCF to PED converter” 再点击“Next” 接下来,弹出来的窗口让你选择种族(population),比如有中国CHB,日本JPT,挑选完感兴趣的种族,然后点击“Nex

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

1.命令功能 cut 从每个文件中截取选定部分并输出. 2.语法格式 cut  option  file 参数说明 参数 参数说明 -b (–bytes) 字节 -c (--characters) 字符 -d 通过指定分隔符来分割文件(默认分隔符是tab键) -f(一般与-d结合使用) 只选择需要输出的区域:也输出不包含分隔符的行,除非指定-s选项. -n (with -b) 和-b结合使用,不要分割多字节字符 -s 不输出不包含分隔符的行(与-d结合使用) 3.使用范例 准备工作 [root@

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

虽然先前知道ROI区域是感兴趣区域,但是真正看到调用了OpenCV的cvSetImageROI函数时,并不知道它的作用,所以还是单独写了一段代码对这个函数进行探究.   OpenCVchm文档中对cvSetImageROI函数的介绍如下: void cvSetImageROI( IplImage* image, CvRect rect );image 图像. rect ROI 矩形. 函数 cvSetImageROI 基于给定的矩形设置图像的 ROI(感兴趣区域) . 如果ROI是NULL 并且

在ABBYY FineReader 12 OCR文字识别软件中,有一个插件ABBYY Screenshot Reader,通常情况下与ABBYY FineReader 12一起安装到计算机中,它是一款易于使用的智能型应用程序,可以从屏幕上的任何区域抓取图像和文本,且能够将这些图像和文本转换为可编辑的格式,无需再重新输入,使得重新利用数字文档.电子邮件或报告内容变得简单,支持超过180种语言,识别精确度也很出色. 只需点击几下,便可从打开的文档.文件菜单.网页.演示文稿.Flash内容和PDF文件

python 提取一段字符串中去数字 ss = “123ab45” 方法一:filter filter(str.isdigit, ss) 别处copy的filter的用法: # one>>> filter(str.isdigit, '123ab45')'12345' #twodef not_empty(s): return s and s.strip() filter(not_empty, ['A', '', 'B', None, 'C', ' ']) # 结果: ['A', 'B',

很多时候我们需要PDF文档中的插图,直接用pdf中的复制或者截屏软件只能提取位图格式的图片,放大缩小难免失真. 本文教大家一种一种从pdf中提取矢量图的方法. 工具软件: 1 adobe acrobat (可以选用福昕阅读器替代) 2 inkscape (选取该矢量作图软件因为安装包小,提供的常用功能住够应付日常办公,高端功能请选用adobe illustrator) 步骤: 1.使用adobe acrobat软件提取感兴趣区域 备注:若工具栏没有该按钮请参看下图设置 1.2从单页的pdf文档中

jmeter进行JDBC请求时,请求后的响应结果在传递给下一个请求使用时,需要用到关联,也在jmeter中,关联通过正则表达式提取器实现. 但是,在JDBC请求后的响应结果中,往往需要关联的内容是只有左边界而没有右边界的(如下图),此时,我们怎么去关联呢? 其实,实现的关键就在正则表达式的编写,提取一段字符串后所有内容用  [^"]+  实现,这里的具体实例是cpgroupname\n([^"]+)\n,意思是提取cpgroupname后面所有内容,加上\n是因为这里有换行,这样就可以

一.码流封装格式简单介绍: H.264的语法元素进行编码后,生成的输出数据都封装为NAL Unit进行传递,多个NAL Unit的数据组合在一起形成总的输出码流.对于不同的应用场景,NAL规定了一种通用的格式适应不同的传输封装类型. 通常NAL Unit的传输格式分两大类:字节流格式和RTP包格式 字节流格式: 大部分编码器的默认输出格式 每个NAL Unit以规定格式的起始码分割 起始码:0x 00 00 00 01 或 0x 00 00 01 RTP数据包格式: NAL Unit按照RTP数

从APNIC提取IP信息 https://blog.csdn.net/nullzeng/article/details/17538009 Apnic介绍简而言之,Apnic是全球5个地区级的Internet注册机构(RIR)之一,负责亚太地区的以下一些事务:(1)分配IPv4和IPv6地址空间,AS号(2)为亚太地区维护Whois数据库(3)反向DNS指派(4)在全球范围内作为亚太地区的Internet社区的代表更详细的Apnic介绍文档请参见:http://www.apnic.net/abou

最稳定极值区域介绍 如把灰度图看成高低起伏的地形图,其中灰度值看成海平面高度的话,MSER的作用就是在灰度图中找到符合条件的坑洼.条件为坑的最小高度,坑的大小,坑的倾斜程度,坑中如果已有小坑时大坑与小坑的变化率. 上图展示了几种不同的坑洼,根据最小高度,大小,倾斜程度这些条件的不同,选择的坑也就不同. 上图展示了最后一个条件,大坑套小坑的情况.根据条件的不同,选择也不同. 以上便是对坑的举例,MSER主要流程就三部分组成: 1.预处理数据 2.遍历灰度图 3.判断一个区域(坑洼)是否满足条件 简

原文:WPF入门(四)->线形区域Path内容填充之渐变色(LinearGradientBrush) 前面我们介绍到,Path对象表示一个用直线或者曲线连接的图形,我们可以使用Path.Data属性来设置该图形的形状,同时我们也可以使用Data.Fill属性来设置该图形中的填充色或背景图片等. 下面我们先来看一段代码 <Window x:Class="WPF.SimpleGraph.PathFill.Window1"        xmlns="http://sc

本章我们将学习特征码的提取与定位,特征码是软件中一段固定的具有标志性的代码片段,特征码的用途非常广泛,最常见的就是杀毒软件的查杀了,查杀就是根据特征码定位技术实现的,再比如木马的免杀也是修改了特征码的一些特征片段而躲避查杀的啦. 本章的内容对于软件破解非常的有用,比如你需要破解一个程序,但你无法定位到关键按钮的事件中去,此时你可以先查看待破解程序使用了那种编程语言来写的,然后自己用对应的编程语言编写一个简单的小程序,并放入容易搜索到的字串,然后提取针对特定语言特定版本的通杀特征,最后应用到需要破

GitHub:https://github.com/pengcao/chinese_ocr https://github.com/xiaofengShi/CHINESE-OCR |-angle 基于VGG分类模型的文字方向检测预测|-bash 环境安装|----setup-python3.sh 安装python3环境|----setup-python3-cpu.sh 安装CPU环境|----setup-python3-gpu.sh 安装CPU环境|-crnn |-ctpn 基于CTPN模型的文本

大家好,我是痞子衡,是正经搞技术的痞子.今天痞子衡给大家分享的是IAR启动函数流程里的段初始化函数__iar_data_init3实现. 本篇是 <IAR启动函数流程及其__low_level_init设计对函数重定向的影响> 一文的后续,在上篇文章里我们在 IAR 软件安装目录下找到了标准启动函数 __iar_program_start() 相关源文件,并且分析了 __iar_program_start() 函数里的全部动作.我们知道了其中负责 .data/.bss/.textrw 段初始化

1概述 在所有的计算机程序中,一个基本的目标是操作一些数据,然后获得一些结果.为了操作这些数据,需要为这些数据分配一段内存,我们可以将这段内存称为变量.为了方便操作,以及程序可读性方面的考虑,需要使用一个有意义的名称来引用这段内存,这个名称就是变量名. 将名称和一段内存关联起来的工作可以分成两个阶段来进行,分别是变量的声明和定义.在变量声明的时候,只是引入了一个名称,该名称并没有和一段特定的内存关联.也就是说,在声明变量的时候,只是引入了一个助记符,并没有执行内存分配.在定义变量的时候,将前面声