做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

问题:想创建一个字典,其本身是另一个字典的子集 解决方案:利用字典推导式(dictionary comprehension)可轻松解决 # example of extracting a subset from a dictionary from pprint import pprint prices = { 'ACME': 45.23, 'AAPL': 612.78, 'IBM': 205.55, 'HPQ': 37.20, 'FB': 10.75 } # Make a dictionary

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

问题: 构造一个字典,它是另外一个字典的子集 answer: 最简单的方式是使用字典推导 eg1: 1. >>>prices = {'ACME': 45.23, 'AAPL': 612.78, 'IBM': 205.55, 'HPQ': 37.20, 'FB': 10.75} >>>p1 = {key: value for key, value in prices.items() if value > 200} >>>p1 {'AAPL': 61

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

1 tibble包简介 包名: tibble 编码: UTF- 最新版本: 1.2 标题: 简单数据框 描述: 构建一个 'tbl_df' 类,可以比传统的R数据框提供更好的检查和打印功能. 作者: Hadley Wickham , Romain Francois ,Kirill Müller, RStudio URL: https://github.com/hadley/tibble 要求: R (>= ) Github: https://github.com/hadley/tibble ti

目录 数据类型(模式) 字符型 数值型 逻辑型 整形 复数型(虚数) 原生型(字节) 数据结构 向量 矩阵 数组 数据框 列表 数据类型 数据结构  向量 用于存储数值型.字符型或逻辑型数据的一维数组 单个向量中数据必须拥有相同的类型或者模式(数值型.字符型或逻辑型) 创建向量 # c()创建向量 x <- c(10,11,13,14) # : 创建向量 x <- 1:10 # seq(from, to, by, length.out, along.with) # seq(from, to,

Lambda表达式只是用更简单的方式来写匿名方法,彻底简化了对.NET委托类型的使用. 现在,如果我们要使用泛型 List<> 的 FindAll() 方法,当你从一个集合去提取子集时,可以使用该方法. // 该方法唯一的参数是一个System.Predicate<T>类型的泛型委托 public List<T> FindAll(Predicate<T> match); // 该委托指向任意以类型参数作为唯一输入参数并返回bool的方法 public del

前言 绘制统计图形时,半数以上的时间会花在调用绘图命令之前的数据塑型操作上.因为在把数据送进绘图函数前,还得将数据框转换为适当格式才行. 本文将给出使用R语言进行数据塑型的一些基本的技巧,更多技术细节推荐参考<R语言核心手册>. 数据框塑型 1. 创建数据框 - data.frame() # 创建向量p p = c("A", "B", "C") # 创建向量q q = 1:3 # 创建数据框:含p/q两列 dat = data.fra

前几天其实一直在学习关于linux的内容和kvm虚拟化的知识.今天有时间来回顾一下集合相关的知识,接下来我将带大家一起来回顾一起集合关联的知识. 不要辜负自己花费时间做的事情,只有用心才能得到真心的回报! 关于java集合框架的知识:大致可分为Set.List和Map三种体系,其中Set代表无序.不可重复的集合:List代表有序.重复的集合:而Map则代表具有映射关系的集合.Java 5之后,增加了Queue体系集合,代表一种队列集合实现. Java集合框架主要由Collection和Map两个

2018-03-01数据结构与算法(4) 1.16过滤序列元素 最简单的过滤序列元素的方法就是使用列表推导.比如: >>> mylist = [1, 4, -5, 10, -7, 2, 3, -1] >>> [n for n in mylist if n > 0] [1, 4, 10, 2, 3] >>> [n for n in mylist if n < 0] [-5, -7, -1] >>> 用列表推导的一个潜在缺陷就

所属网站分类: 资源下载 > python电子书 作者:熊猫烧香 链接:http://www.pythonheidong.com/blog/article/44/ 来源:python黑洞网 内容简介 <Python Cookbook(第3版)中文版>介绍了Python应用在各个领域中的一些使用技巧和方法,其主题涵盖了数据结构和算法,字符串和文本,数字.日期和时间,迭代器和生成器,文件和I/O,数据编码与处理,函数,类与对象,元编程,模块和包,网络和Web编程,并发,实用脚本和系统管理,测

第一章:数据结构和算法 Python 提供了大量的内置数据结构,包括列表,集合以及字典.大多数情况下使用这些数据结构是很简单的. 但是,我们也会经常碰到到诸如查询,排序和过滤等等这些普遍存在的问题. 因此,这一章的目的就是讨论这些比较常见的问题和算法. 另外,我们也会给出在集合模块 collections 当中操作这些数据结构的方法. 1.1 解压序列赋值给多个变量关键:变量数量=元素数量:适用:任何可迭代对象(列表.元组.字符串.文件.迭代器.生成器):若想丢弃一部分,可使用任意占位符去占位

来源说明:https://blog.csdn.net/sha574810590/article/details/40738069 在LINQ中,数据源和查询结果实际上都是IEnumerable<T>或IQueryable<T>类型对象,所以可以通过使用普通对象的形式(调用方法.使用属性等)对数据源进行查询或使用查询结果数据. 1.IEnumerable<T>接口 IEnumerable<T>泛型接口支持在制定数据集合上进行迭代操作.它定义了一组扩展方法,用来

''' 不可变:数字,字符串,元组 可变:列表,字典 原子:数字,字符串 容器:列表,元组,字典 直接访问:数字 顺序:字符串,列表,元组 映射访问:字典 ''' #一一对应 a,b,c,d,e='hello' print(e,d) #少一个报错 # a,b,c='hello' #*号的使用 a,*_,e='hello' print(a,e) #列表中的元素解压也是一一对应的关系 data=['mac',10000,[2016,10,12]] name,price,date=data print

第一章:数据结构和算法 介绍:python3-cookbook这本书是高级用法,不是小白使用书目的:写作目的是记录下自己学习这本书的过程以及收获书籍地址:https://python3-cookbook.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html 1.1解压序列赋值给多个变量: 问题:现在有一个包含 N 个元素的元组或者是序列,怎样将它里面的值解压后同时赋值给 N 个变量? 解决方案:通过一个简单的赋值语句解压并赋值给多个变量. 唯一的前提就是变量的数量必须跟序

python内置的数据结构包括:列表(list).集合(set).字典(dictionary),一般情况下我们可以直接使用这些数据结构,但通常我们还需要考虑比如搜索.排序.排列以及赛选等一些常见的问题. 如何巧妙的使用数据结构和同数据有关的算法,在collections模块中包含了针对各种数据结构的解决方法. 1.序列分解为变量 In [5]: a = (4,5,6) In [6]: x,y,z = a In [7]: x Out[7]: 4 In [8]: z Out[8]: 6 In [9]

R语言 1997年成为GNU项目 开源免费 R官方网址 www.r-project.org R是数据分析领域的语言小巧灵活,通过扩展包来增强功能绘图功能代码简单 开发环境R + RStudio 1.数据类型character 字符numeric 数值型,实数或小数integer 整型complex 复数型logical 逻辑型 类似于boollean 2.数据结构Vector 向量Factor 因子Array 数组Matrix 矩阵Data Frame 数据框List 列表 一维:向量.因子 向

序言 突然遇到集合的有关面试题,感觉很懵逼,所以特意总结了一下,关于我们常用的 ArrayList.LinkedList.Set等集合的一些区别和用法. 还有,这份微小型总结肯定是从很多博文中摘取精华拿过来的,因为我还是一个菜鸟,不能自己写出自己的见解,还是在学习的路程中,见谅. 参考博文: http://shmilyaw-hotmail-com.iteye.com/blog/1595399 http://www.cnblogs.com/nayitian/p/3266090.html#colle

sqldf程序包是R语言中实用的数据管理辅助工具,但最新版本的包在处理中文时出现乱码,待解决 Usage:  sqldf(x, stringsAsFactors = FALSE,  row.names = FALSE...) row.names: 为True时,行名重命名不重新命名 需安装sqldf 包: install.packages("sqldf") 加载如下包: library(gsubfn) library(proto) library(RSQLite) library(DB