做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

一.背景 沟壑密度是描述地面被水道切割破碎程度的一个指标.沟壑密度是气候.地形.岩性.植被等因素综合影响的反映.沟壑密度越大,地面越破碎,平均坡度增大,地表物质稳定性降低,且易形成地表径流,土壤侵蚀加剧.因此,沟壑密度的测定,对于了解区域地形发育特征,水土流失监测.水土保持规划有着重要的意义. 沟壑密度也称沟谷密度或沟道密度,指单位面积内沟壑的总长度.以公里/平方公里为单位.数学表达为 Ds为沟壑密度﹔>L为研究区域内的沟壑总长度(单位:公里);A为特定研究区域的面积(单位:平方公里). 二.目

问题:想创建一个字典,其本身是另一个字典的子集 解决方案:利用字典推导式(dictionary comprehension)可轻松解决 # example of extracting a subset from a dictionary from pprint import pprint prices = { 'ACME': 45.23, 'AAPL': 612.78, 'IBM': 205.55, 'HPQ': 37.20, 'FB': 10.75 } # Make a dictionary

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

问题: 构造一个字典,它是另外一个字典的子集 answer: 最简单的方式是使用字典推导 eg1: 1. >>>prices = {'ACME': 45.23, 'AAPL': 612.78, 'IBM': 205.55, 'HPQ': 37.20, 'FB': 10.75} >>>p1 = {key: value for key, value in prices.items() if value > 200} >>>p1 {'AAPL': 61

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

知识要点: 集合和数组的区别:数组是连续的,同一类型的一块区域,而集合可以是不连续的,多种数据类型的. 集合属性:.count 方法:.Add()  将对象添加到ArrayList中实际包含的元素数 .Clear()   从移除所有元素 .Clonr()  创建的浅表副本 .Contains() 确定某元素是否在中 .IndexOf()  已重载 .Sort()  已重载.对或它是我一部分中的元素进行排序,升序 .Reverse() 翻转整个集合 class Program    {      

大家好,本次为大家带来的项目是计算大学本学期绩点.首先说明的是,博主来自山东大学,有属于个人的学生成绩管理系统,需要学号密码才可以登录,不过可能广大读者没有这个学号密码,不能实际进行操作,所以最主要的还是获取它的原理.最主要的是了解cookie的相关操作. 本篇目标 1.模拟登录学生成绩管理系统 2.抓取本学期成绩界面 3.计算打印本学期成绩 1.URL的获取 恩,博主来自山东大学~ 先贴一个URL,让大家知道我们学校学生信息系统的网站构架,主页是 http://jwxt.sdu.edu.cn:

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    博士生课程报告       视觉信息检索技术                 博 士 生:施 智 平 指导老师:史忠植 研究员       中国科学院计算技术研究所   2005年1月   目 录 第1章 基于内容的多媒体检索技术综述    3 第2章 图像特征的提取与表达    9 2.1 颜色特征的提取    9 2.2 纹理特征的提取    12 2.3 形状特征的提取    15 2.4 图像的空间关系特征    19 2.5 多维图像特征的索引    20 第3章 相似度量方法

Lambda表达式只是用更简单的方式来写匿名方法,彻底简化了对.NET委托类型的使用. 现在,如果我们要使用泛型 List<> 的 FindAll() 方法,当你从一个集合去提取子集时,可以使用该方法. // 该方法唯一的参数是一个System.Predicate<T>类型的泛型委托 public List<T> FindAll(Predicate<T> match); // 该委托指向任意以类型参数作为唯一输入参数并返回bool的方法 public del

在pig中, dump和store会分别完成两个MR,不会一起进行 1:加载名用正则表达式: LOAD'/user/wizad/data/wizad/raw/2014-0{6,7-0,7-1,7-2,7-3,8}*/3_1/adwords*' 或者定义引用:%default cleanedLog/user/wizad/data/wizad/cleaned/2014-11-{0[3-9],1[0-8]}/*/part*正确, 而%default cleanedLog/user/wizad/data

2018-03-01数据结构与算法(4) 1.16过滤序列元素 最简单的过滤序列元素的方法就是使用列表推导.比如: >>> mylist = [1, 4, -5, 10, -7, 2, 3, -1] >>> [n for n in mylist if n > 0] [1, 4, 10, 2, 3] >>> [n for n in mylist if n < 0] [-5, -7, -1] >>> 用列表推导的一个潜在缺陷就

所属网站分类: 资源下载 > python电子书 作者:熊猫烧香 链接:http://www.pythonheidong.com/blog/article/44/ 来源:python黑洞网 内容简介 <Python Cookbook(第3版)中文版>介绍了Python应用在各个领域中的一些使用技巧和方法,其主题涵盖了数据结构和算法,字符串和文本,数字.日期和时间,迭代器和生成器,文件和I/O,数据编码与处理,函数,类与对象,元编程,模块和包,网络和Web编程,并发,实用脚本和系统管理,测

0. 算法概述 决策树(decision tree)是一种基本的分类与回归方法.决策树模型呈树形结构(二分类思想的算法模型往往都是树形结构) 0x1:决策树模型的不同角度理解 在分类问题中,表示基于特征对实例进行分类的过程,它可以被看作是if-then的规则集合:也可以被认为是定义在特征空间与类空间上的条件概率分布 1. if-then规则集合 决策树的属性结构其实对应着一个规则集合:由决策树的根节点到叶节点的每条路径构成的规则组成:路径上的内部特征对应着if条件,叶节点对应着then结论. 决

第一章:数据结构和算法 Python 提供了大量的内置数据结构,包括列表,集合以及字典.大多数情况下使用这些数据结构是很简单的. 但是,我们也会经常碰到到诸如查询,排序和过滤等等这些普遍存在的问题. 因此,这一章的目的就是讨论这些比较常见的问题和算法. 另外,我们也会给出在集合模块 collections 当中操作这些数据结构的方法. 1.1 解压序列赋值给多个变量关键:变量数量=元素数量:适用:任何可迭代对象(列表.元组.字符串.文件.迭代器.生成器):若想丢弃一部分,可使用任意占位符去占位

来源说明:https://blog.csdn.net/sha574810590/article/details/40738069 在LINQ中,数据源和查询结果实际上都是IEnumerable<T>或IQueryable<T>类型对象,所以可以通过使用普通对象的形式(调用方法.使用属性等)对数据源进行查询或使用查询结果数据. 1.IEnumerable<T>接口 IEnumerable<T>泛型接口支持在制定数据集合上进行迭代操作.它定义了一组扩展方法,用来

''' 不可变:数字,字符串,元组 可变:列表,字典 原子:数字,字符串 容器:列表,元组,字典 直接访问:数字 顺序:字符串,列表,元组 映射访问:字典 ''' #一一对应 a,b,c,d,e='hello' print(e,d) #少一个报错 # a,b,c='hello' #*号的使用 a,*_,e='hello' print(a,e) #列表中的元素解压也是一一对应的关系 data=['mac',10000,[2016,10,12]] name,price,date=data print

第一章:数据结构和算法 介绍:python3-cookbook这本书是高级用法,不是小白使用书目的:写作目的是记录下自己学习这本书的过程以及收获书籍地址:https://python3-cookbook.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html 1.1解压序列赋值给多个变量: 问题:现在有一个包含 N 个元素的元组或者是序列,怎样将它里面的值解压后同时赋值给 N 个变量? 解决方案:通过一个简单的赋值语句解压并赋值给多个变量. 唯一的前提就是变量的数量必须跟序

python内置的数据结构包括:列表(list).集合(set).字典(dictionary),一般情况下我们可以直接使用这些数据结构,但通常我们还需要考虑比如搜索.排序.排列以及赛选等一些常见的问题. 如何巧妙的使用数据结构和同数据有关的算法,在collections模块中包含了针对各种数据结构的解决方法. 1.序列分解为变量 In [5]: a = (4,5,6) In [6]: x,y,z = a In [7]: x Out[7]: 4 In [8]: z Out[8]: 6 In [9]