做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

论文系统Step1:从日志记录中提取特定信息 前言 论文数据需要,需要实现从服务器日志中提取出用户的特定交互行为信息.日志内容如下: 自己需要获取"请求数据包一行的信息"及"OUTSTR"下一行的信息. 思路 考虑使用正则表达式提取特定信息. 示例代码: Pattern pattern = Pattern.compile("请求数据包信息:\"(.+?)\""); Matcher matcher = pattern.match

  在php开发时,日常不可或缺地会用到正则表达式,可每次都要重新写,有时忘记了某一函数还要翻查手册,所以,抽空写了一个关于日常所用到的正则表达式区配类,便于随便移置调用.(^_^有点偷懒). /*///////////////////////////////////////////////////////////// * 类MatchAll功能:主要用于php日常所用到的几种检测匹配或提取特定字符.// * 主要参数设置说明: $target_str 为目标字符即需要检测的字符或数字.// *

原因: 因为在网上下载视频教程,有的名字特别长,一般都是机构或者网站的宣传,不方便直接看到视频的简介,所以做了下面的第一个功能. 因为老师发的课件中,文件夹太多,想把docx都放在同一个文件夹下面,一个一个找出来太麻烦,所以做了第二个功能.       最近刚刚学了Java文件和流的知识,所以正好练练手,这也是自己的第一个exe程序,分享一下哈. (导出jar文件,以及用工具exe4j生成exe文件,这部分省略了哈) 用到的知识: 用到Java中文件,流的知识,以及简单的GUI知识. 功能:  

DataWhale-Task3(Beautifulsoup爬取丁香园) 简要分析 完整代码 结果图 参考资料 简要分析 任务3:爬取丁香园论坛特定帖子,包括帖子主题,帖子介绍,回贴内容(用户名,用户头像,用户所在城市,用户回贴内容) 此次爬取的url:http://i.dxy.cn/topic/admerahealthcollege 其加载帖子内容的接口:http://i.dxy.cn/topic/admerahealthcollege/feeds/list 其数据接口仅在于路径不同,host是

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

jmeter进行JDBC请求时,请求后的响应结果在传递给下一个请求使用时,需要用到关联,也在jmeter中,关联通过正则表达式提取器实现. 但是,在JDBC请求后的响应结果中,往往需要关联的内容是只有左边界而没有右边界的(如下图),此时,我们怎么去关联呢? 其实,实现的关键就在正则表达式的编写,提取一段字符串后所有内容用  [^"]+  实现,这里的具体实例是cpgroupname\n([^"]+)\n,意思是提取cpgroupname后面所有内容,加上\n是因为这里有换行,这样就可以

import re file=open('1.txt','r') listfile=file.readlines() listfile=','.join(listfile)#合并文本 listfile=re.findall("'1\d{10}','A",listfile)#第一次提取11位数值+,'A listfile=','.join(listfile)#再次合并文本 istfile=re.findall("1\d{10}",listfile)#第二次提取11位特

项目中遇到问题,需要根据用户的选择提取出一个时间的区间段,然后对后台进行请求. 基本思路,先根据new Date()对象求出start_time和end_time时间戳,然后把时间戳转化成new Date()对象,然后求出对应的年月日. 这边提供一个demo函数:求几天前的日期,思路是先求对应的时间戳,然后求出日期. getTimeBefore(day) { var d = new Date(); var timestamp = d.getTime() - 1000 * 24 * 60 * 60

在日志文件中有一大堆,格式相同的文本,需要提取出接口耗时的时间 >>> 运单号:71742507538566,快递100接口耗时:8,返回结果:[{"lengthPre":14,"comCode":"huitongkuaidi","noPre":"717425","noCount":59622}] >>> 运单号:71679940955921,快递10

一.最近因为所在的实习公司要求用opencv视觉库来写一个对图片识别并提取指定区域的程序.看了很多资料,只学会了皮毛,下面附上简单的代码.运行程序之前需要安装opencv库,官网地址为:https://opencv.org/.直接下载安装包到本地,解压即可.本人的opencv版本为24.10 .集成环境是visual studio 2013. #include<opencv2/core/core.hpp> #include<opencv2/highgui/highgui.hpp>

读取日志中的每一行,分析后存入hash,然后做累加 adx_openx=Hash.new(0) File.open('watch.log.2016-08-24-21').each do |line| line.split("\t").each do |elem| if elem.include? "keywordds" key = elem.split(":")[0] val = elem.split(":")[1] adx_

先占个地方,有空再写 ` import os Dir = './coco_class_6/Annotations/val2014' ImageDir = './coco_class_6/images/val2014' cnt = 0 for i, file_name in enumerate(os.listdir(Dir)): fsize = os.path.getsize(os.path.join(Dir,file_name)) if fsize == 410: print('removing

shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute.除此之外,还能提取SNP和样本,同样的,也能去除SNP和样本.下面简单介绍这两个功能. 一.提取SNP 提取SNP用到“--include-snp”参数,具体命令为: time shapeit \ -convert \ --input-haps data.phased \ --output-haps data.phased.subset \ --include-snp include_marker.site 其中,in

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

正则表达式是一个特殊的字符序列,它能帮助你方便的检查一个字符串是否与某种模式匹配. Python 自1.5版本起增加了re 模块,它提供 Perl 风格的正则表达式模式. re 模块使 Python 语言拥有全部的正则表达式功能. compile 函数根据一个模式字符串和可选的标志参数生成一个正则表达式对象.该对象拥有一系列方法用于正则表达式匹配和替换. re 模块也提供了与这些方法功能完全一致的函数,这些函数使用一个模式字符串做为它们的第一个参数. 如何利用正则表达式提取文中特定内容呢? 函数

使用Pandas进行数据提取 本文转载自:蓝鲸的网站分析笔记 原文链接:使用python进行数据提取 目录 set_index() ix 按行提取信息 按列提取信息 按行与列提取信息 提取特定日期的信息 按日期汇总信息 resample() 数据提取是分析师日常工作中经常遇到的需求.如某个用户的贷款金额,某个月或季度的利息总收入,某个特定时间段的贷款金额和笔数,大于5000元的贷款数量等等.本篇文章介绍如何通过python按特定的维度或条件对数据进行提取,完成数据提取需求. 准备工作 首先是准备

SQL Server 2005 正则表达式使模式匹配和数据提取变得更容易 David Banister 本文讨论: 使用正则表达式进行高效的 SQL 查询 SQL Server 2005 对正则表达式的支持 从 SQL Server 使用 .NET Regex 类 在数据库中有效地使用正则表达式 本文使用了以下技术: SQL Server 2005,.NET Framework 下载本文中所用的代码: Regex2007_02.exe (154 KB) 浏览在线代码   目录 CLR 用户定义函

在日常工作中经常遇见在文本中提取特定位置字符串的需求.python的正则性能好,很适合做这类字符串的提取,这里讲一下提取的技巧,正则表达式的基础知识就不说了,有兴趣的可以看re的教程. 提取一般分两种情况,一种是提取在文本中提取单个位置的字符串,另一种是提取连续多个位置的字符串.日志分析会遇到这种情况.下面我会分别讲一下对应的方法: 1. 单个位置的字符串提取 这种情况我们可以使用(.+?)这个正则表达式来提取. 举例,一个字符串"a123b",如果我们想提取ab之间的值123,可以使

在图文混排的文档中,我们可以根据需要将文档中的文字信息或者图片提取出来,通过C#代码可以提取Word和PDF文件中的文本和图片,那么同样的,我们也可以提取PPT幻灯片当中的文本和图片.本篇文档将讲述如何使用C#来实现提取PPT文本和图片的操作.首先也是需要安装组件Spire.Presentation,然后添加引用dll文件到项目中.下面是主要的代码步骤. 原文档: 1. 提取文本 步骤一:创建一个Presentation实例并加载文档 Presentation presentation = ne