做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

打开原版的DMG文件,选中安装文件,按下鼠标右键,选择显示包内容 <ignore_js_op> 按照下图的路径,一直找到installESD.dmg,双击打开它<ignore_js_op> 挂载之后进入installESD的Packages目录,你就看到了所有的安装包,以系统基本包为例,要提取内核.驱动文件选择使用The Unarchiver打开,需要事先安装该软件. <ignore_js_op> 解压到某个目录,打开终端程序,以我的环境为例,解压的路径为/Volume

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc313106(v=office.12).aspx  微软文档 PartI ****************************************************************************** 简单讲一下如何找到VbaProjectStgCompressedAtom的偏移值 1.在.PPT文件中,搜索 5F C0 91 C3, 这个值后面的4字节long,就是 offsetT

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

XamarinSQLite教程在Xamarin.Android项目中提取数据库文件 由于不能直接打开该文件,开发者需要先将数据库文件从Android系统中提取出来.操作步骤如下. (5)选择MyDocuments.db,单击工具栏的Pull a file from thedevice按钮,弹出Get Device File对话框,如图1.35所示. (6)选择MyDocuments.db存放的位置后,单击“保存(S)”按钮,退出Get Device File界面. (7)在Visual Stud

当 webpack 生成 bundle 时, 它同时维护一个 manifest 文件.你可以在生成的 vendor bundle 中找到它.manifest 文件描述了哪些文件需要 webpack 加载. 如果 webpack 生成的 hash 发生改变,manifest 文件也会发生改变.因此,vendor bundle 的内容也会发生改变,并且失效.所以,我们需要将 manifest 文件提取出来. 大部分工作都已经在 bundle splitting 中完成.为了提取 manifest 文

python操作txt文件中数据教程[2]-python提取txt文件中的行列元素 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 原始txt文件 程序实现后结果-将txt中元素提取并保存在csv中 程序实现 import csv filename = "./test/test.txt" Sum_log_file = "./test/sumlog_test.csv" Individual_log_file = "./test/Individual_

C#如何提取.txt文件中的每个字符串,并将其存放到一个类中. 将其中的编号 菜名 价格 分别存入不同的数组中. 注:在用ReadLine读取一行信息时为什么读取的中文字符变成了乱码. 20 满意答案 FileStream fs=new FileStream(路径,FileMode.Open);StreamReader sr = new StreamReader(fs, System.Text.Encoding.Default);创建StreamReader的时候,编码设为 System.Tex

01  在工作,我们经常会遇到这样的情况,有时候我们在一个文件夹中放了很多的文件,或者是这个文件夹中有很多的子文件夹,每一个子文件夹的名字又不同,也没有什么样的规律, 02  但是我们要整理一下这个文件夹中的名字,那么我们就需要一个一个的去复制粘贴,那样速度就特别慢了, 03  现在教会大家使用电脑中的一个命令,一秒钟完成对文件夹和子文件夹以及对此文件夹中的文件的名字,全部的名字提取,这样很快的就完成了工作任务,极大的提高了工作的效率, 工具/原料   电脑 文件夹 方法/步骤   1 首先我们

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A

解决方案: 如何在PPT中插入swf文件: 1.依次单击Office按钮,Powerpoint选项,勾选“在功能区显示‘开发工具’选项卡”后,确定: 2.单击“开发工具”选项卡中的“其他控件”按钮,然后选择“Shockwave Flash Object”后,单击“确定”: 3.用鼠标左键在幻灯片中拖拽一个矩形框,是Flash动画播放的窗口大小.然后右击此对象,选择“属性”: 4.在属性框中,“EmbedMovie”后面的参数双击改变为“Ture”,此参数意为将flash动画打包到ppt文件中:“