下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

Python基于共现提取<釜山行>人物关系 一.课程介绍 1. 内容简介 <釜山行>是一部丧尸灾难片,其人物少.关系简单,非常适合我们学习文本处理.这个项目将介绍共现在关系中的提取,使用python编写代码实现对<釜山行>文本的人物关系提取,最终利用Gephi软件对提取的人物关系绘制人物关系图. 2. 课程知识点 本课程项目完成过程中将学习: 共现网络的基本原理 Python代码对<釜山行>中人物关系提取的具体实现 jieba库的基本使用 Gephi软件的基

使用Python进行数据分析时,经常要使用到的一个数据结构就是pandas的DataFrame 如果我们想要像Excel的筛选那样,只要其中的一行或某几行,可以使用isin()方法,将需要的行的值以列表方式传入,还可以传入字典,指定列进行筛选. 但是如果我们只想要所有内容中不包含特定行的内容,却并没有一个isnotin()方法.我今天的工作就遇到了这样的需求,经常查找之后,发现只能换种方式使用isin()来实现这个需求. 示例如下: In [3]: df = pd.DataFrame([['GD

接分号,表示打印特定行,如下命令只会打印出第一行与第十行 sed -n '1p;10p'  test.txt 接逗号,表达连续的行娄,如下命令打印出第一行到第十行 sed -n '1,10p' test.txt 如下命令打印1~5行与第9行. sed -n '1,5p;9p' test.txt

一.问题 Sed和AWK在处理文件方面有很强的优势,还有head和tail等文件处理工具的使用,grep也可实现文本的搜索.上述命令都可以在后面直接加文件名,不需要在前面使用cat添加管道,cat会影响命令执行的效率,本文中cat -n /etc/services实在测试时可很方便的查看到具体的行号. 二.详解 1.查看文件的第20行到30行的内容 以系统的/etc/services为例,cat -n /etc/services可以查看文件的行号. (1)方法一:head和tail head -

T-SQL 随机返回特定行数据和分页查询 T-SQL 语言相较于标准SQL添加了很多特性,为了提高SQL Server的表现,是有必要深入了解的,面试时一般也会包含这两个小问题. 首先,是在一个AdventureWorks中Person.Address中随机返回5行信息,可以如下写: SELECT TOP 5 * FROM ( SELECT *,NEWID() as RandomID FROM Person.Address ) t ORDER BY t.RandomID 关键在于调用了内置函数N

一些特殊的项目中会存在一些特殊需求,如需要禁用特定行.这时候gridcontrol的一般属性是实现不了的,就需要做一些更改.这时候你就需要去devexpress官网中找寻些资料(官网https://www.devexpress.com),本文案例源自官网参考. 1.禁用特定行的效果图: 运行之后,划删除线的行为禁用行,无法进行修改等操作. 2.绑定数据代码: DataTable tbl = new DataTable(); tbl.Columns.Add("Name", typeof(

(1) 读取文件特定行 CODE: ; ;        if nline==line               fprintf(fidout,'%s\n',tline);         dataout=tline;            end end fclose(fidin); fclose(fidout);

在DataFrame数据表里面提取需要的行 代码功能: 在DataFrame表格中使用loc(),得到我们想要的行,然后根据某一列元素的值进行排序 此代码中还展示了为DataFrame添加列,即直接name_DataFrame['diff']=___即可,同时可以依据新添加的列元素的值,来对dataframe进行排序 import pandas as pd unames = ['user_id', 'gender', 'age','occupation','zip'] users = pd.re

1. 按列取.按索引/行取.按特定行列取 import numpy as np from pandas import DataFrame import pandas as pd df=DataFrame(np.arange(12).reshape((3,4)),index=['one','two','thr'],columns=list('abcd')) df['a']#取a列 df[['a','b']]#取a.b列 #ix可以用数字索引,也可以用index和column索引 df.ix[0]#

numpy广播机制,取特定行.特定列的元素 的高级索引取法 enter description here enter description here

运用 sed 命令高效地删除文件的特定行 正常来说,我们想要删除文件中的某些行内容,一般都是先打开这个文件,然后找到要删除的内容,再然后选中这些行并按删除键进行删除,这在数据量很少时是没有问题的.但是,一旦文件中的行数据非常多,而且数据冗杂的情况下,你还要用上面的方法去做的话就很恐怖了.为此,今天这篇文章将带大家一起学习运用 sed 命令行工具,即使在数据多而杂的情况下也能高效而优雅地删除文件中的特定行内容. sed 是 Stream Editor 的简写,它用于在 Linux 中进行基本的文本

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

参考:http://www.jianshu.com/p/3bd06f8816d7 项目原理:   实验基于简单共现关系,编写 Python 代码从纯文本中提取出人物关系网络,并用Gephi 将生成的网络可视化.下面介绍共现网络的基本原理.(共现网络简单的英文介绍)   共现网络的基本原理:    实体间的共现是是一种基于统计信息的提取,关系密切的人物往往会在文中的多段连续出现,通过文中以出现的实体(人名),计算不同实体共同出现的比率和次数,设定一个阈值,大于该阈值认为实体间存在某种联系.   准

假设要操纵的文本文件的文件名是 textFile现在想做的事情是在不以编辑模式打开文件的情况下在终端直接提取并输出指定文本文件的指定行的内容 在终端提取指定文本文件的指定行的内容 Tool Commands for Task A Commands for Task B sed sed -n 'x,yp' textFile sed -n 'xp' textFile awk awk 'NR==x, NR==y{print}' textFile awk 'NR==x{print}' textFile

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864

见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge

利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: /bcftools-1.8/bin/bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz /bcftools-1.8/bin/bcftools index ExAC.vcf.gz

背景:使用CTS框架运行完测试后,会在logs中生成devices_log和host_log,在results中生成相应的结果(报告).根据报告信息我们可以得知失败的用例,但是却不能知道为什么用例会失败,是脚本有问题?设备有问题?还是其他......此时我们就得通过 截图.视频.log等信息进行分析.然而事实却是很痛苦的,打开log一看密密麻麻的,整个module的日志都在这里面.我就看失败的那条日志,难道还要我选中一段,然后Ctrl+C.Ctrl+V吗?那条用例的log有上千行啊!mmp(通过

工作中遇到的,本来用VBA写的,操作很慢,尝试用Python实现, 任务需求: 从原始的两张表中拷贝行到五张表中,如下表所示: source1和source2是一样的格式:         one two three four five 1 2 3   11 11 22 22 33 33 44 44 55 55 目标表格有one,two,three,four,five. 将前三列和对应表的两列拷贝到目标表格中,目标表格中原始也需要删除有关键字的行(注释代码中实现了,但是有8000多行,删除很耗时