用--recode命令,--out表示转化的文件的名字,本例已经命名为“filter” /plink-1.07-x86_64/plink --bfile filter --recode --out filter --noweb

一.合并文件 plink合并文件需要用到“merge”参数 如果是ped和map格式文件,则用以下命令: plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge 如果是二进制文件和ped,map格式文件,则用以下命令: plink --bfile data1 --merge data2.ped data2.map --make-bed --out merge 如果都是二进制文件,则用以下命令: plink --bfi

VS的debug功能非常强大,相比而言linux上的图形化调试一直不是很好用. 如果可以使用VS来调试linux程序,应该是一件比较愉快的事情. 这在2015中变得可能,因为从2015开始VS支持Android.iOS开发和调试. 虽然并没有正式提供linux程序的调试支持,但是可以通过一些技巧达到 微软开源了MIEngine项目,通过Machine Interface ("MI")与gdb.lldb交互. VS通过该MIEngine即可调试linux程序(visual studio

在全基因组关联分析中,处理芯片数据时,必须走的一个流程就是基因型数据填充(imputation). 当然,如果你拿到的是全测序的数据,请忽略这一步. 下面直奔主题,怎么在网页版进行基因型填充. 1 进入Michigan Imputation Server Michigan Imputation Server网站链接:https://imputationserver.sph.umich.edu/index.html#!pages/home 进入该网站,进行注册. 注册完以后,接下来准备imputa

tructure是与PCA.进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP.indel.SSR.相比于PCA,进化树,群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 conda install -c bioconda admixture admixture **** ADMIXTURE Version 1.3.0 **** **** Copyright 2008-2015 **** **** David Alexander, Suyash

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

1)plink.exe属于putty套件, 注册到环境变量;emacs的bin目录也要注册到环境变量中; 2)在.emacs中增加如下: (require 'tramp)(setq tramp-default-method "plink") ;; 这样在emacs的minibuffer中C-x C-f之后就不必再输入/plink:(byte-compile-file "E:/tools/emacs-24.3/lisp/net/tramp-sh.el") ;; 避免错

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files. ./vcftools --vcf input_data.vcf --

用 SSH 来传输文件 PuTTY 提供了两个文件传输工具 PSCP (PuTTY Secure Copy client) PSFTP (PuTTY SFTP client) PSCP 通过 SSH 连接,在两台机器之间安全的传输文件,可以用于任何 SSH(包括 SSH v1.SSH v2) 服务器. PSFTP 则是 SSH-2 中新增的特性,使用的是新的 SFTP 协议,使用上与传统的 FTP 类似.事实上 PSCP 如果发现 SFTP 可用,PSCP就会使用 SFTP 协议来传输文件,否则

一.为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象,即该群体的祖先来源多样性,我们知道的,不同群体SNP频率不一样,导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点(不一定是显著信号位点与该表型有关,可能是与群体SNP频率差异有关),因此我们需要在关联分析前对该群体做PCA分析,随后将PCA结果作为协变量加入关联分析中. 二.怎么做PCA? 简单一个“--pca”参数即可 plink --bfile myfile --pca 10 --out myfile_pca #这里只取前10

一般来说有两种解决方案. 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错,于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数,成功运行,具体如下: /bin/vcftools --vcf 1000Gen

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

由于plink1.9和1.07这两个版本互掐,经常出现各种不兼容问题,“.bim file has a split chromosome.  Use --make-bed by itself to remedy this.”报错就是一个典型的版本问题,版本1.9解决这种问题需要用到以下命令行: plink --bfile oldfile --make-bed --out newfile 用--make-bed重新生成一次文件即可.

loadrunner中是有集成plink和putty的,难怪可以通过监控机监控linux上的负载情况呢,可以通过这个命令来进行访问:C:\Program Files\Mercury\LoadRunner\bin\plink -ssh -l root -pw rootadmin 192.168.91.60 "iostat -xc"下面也有putty.exe文件.有时间可以研究一下.

用plink远程登陆link主机执行脚本,但是无法执行sudo命令 完成后自己关闭 plink   -l  root   192.168.1.21  df -h plink.exe  -ssh  -pw aaaaaa  username1@11.22.33.44  '/home/username1/test.sh' 使用Putty提供的pscp.exe命令实现Linux文件上传与下载: pscp localfile rootuser@remoteip:/fileDirectory

计算等位基因频率有两种方式,第一种用vcftool计算: /path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq 很简单的一个命令行,file.vcf指的是你要输入的vcf文件,--freq表示计算等位基因频率,--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体,当然,你也可以选择你想计算的染色体区域,filefreq指的是输出的文件名. 结果如下图所示: 第二种用plink计算: /path/to/plink-1.07-x86

1)  因为WingIDE调用putty和plink进行ssh连接,需要先设置putty. 点击下载putty,并解压,把解压路径附到操作系统PATH环境变量中,之后重新启动WingIDE,让它重新读取环境变量. 2)  设置Linux主机的密钥访问.如果已经做好了则跳过这一步. 在Linux主机执行ssh-keygen 一路按Enter. 添加公钥到要访问的远程机器: cd ~/.ssh cat id_rsa.pub >>authorized_keys 复制.ssh文件夹下的私钥id_rsa

技术分享:如何在PowerShell脚本中嵌入EXE文件 我在尝试解决一个问题,即在客户端攻击中只使用纯 PowerShell 脚本作为攻击负荷.使用 PowerShell 运行恶意代码具有很多优点,包括: 1.无需在目标上安装其他任何东西. 2.强大的引擎(例如可以直接调用 .NET 代码). 3.可以使用 base64 编码命令来混淆恶意命令,使恶意命令变的不容易被发现.这同样也是一种可以避免使用特殊字符的方法,尤其是在一个涉及多个步骤需要分离不同攻击负荷的高级攻击中. 4.可以使用Invo

更新一下,把putty的包解压以后,想要在dos窗口中直接使用,必须把putty解压的文件的路径添加到环境变量中,这样使用起来就会非常简单了. 郁闷了好久,终于搞定了putty的上传下载文件命令pscp的使用.关于putty网络上有很多整体的介绍,但是本篇文章只是针对刚接触putty的初学者,如何从linux主机上面上传下载文件. 整体深入的介绍,请看这篇文章:http://blog.csdn.net/allen_zhao_2012/article/details/7818315 其实对于平常使

更新一下,把putty的包解压以后,想要在dos窗口中直接使用,必须把putty解压的文件的路径添加到环境变量中,这样使用起来就会非常简单了. 郁闷了好久,终于搞定了putty的上传下载文件命令pscp的使用.关于putty网络上有很多整体的介绍,但是本篇文章只是针对刚接触putty的初学者,如何从linux主机上面上传下载文件. 整体深入的介绍,请看这篇文章:http://blog.csdn.net/allen_zhao_2012/article/details/7818315 其实对于平常使