我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用. http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq. cat gffcmp.combined.gtf | grep -v exon | cut -f1,4,5,9 | cut -f1 -d";" | awk '{print $1, $2, $3, $5}' | sed -e '

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu

详细的使用说明:http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ Collectively, the bedtools utilities are a swiss-army knife of tools for a wide-range of genomics analysis tasks. The most widely-used tools enable genome arithmetic: that is, set theory on the genom

原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个专题来讲解它的用法,其实它能实现的需求,我们写脚本都是可以做的,而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力. BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具.而genomic features通常使用Browser Extensib

var course = { teacher :{ teacherId:001, teacherName:"王" }, course : { courseId : 120, courseName : "开心一笑" }, admin : "班主任" } var obj_help = { obj_tansform: function (data, temple) { //子对象转化为指定结构的复杂对象 var _self = this; var ca

原文链接 http://ymblog.net/2016/07/24/wordpress-prism/ 继昨天花了一天一夜的时间匆匆写了主题Jiameil3.0之后,心中一直在想着优化加速,体验更好,插件更少,到目前为止,博客插件有多说,Crayon Syntax Highlighter代码高亮插件,super cache缓存插件,百度sitemap.在没有缓存的情况下,首页dom初识加载完成(不是document加载完成)的时间为5-6s左右,有缓存的情况下大概为2s左右,觉得慢了,查看源码,发

一.单日期格式 因为是用注解完完成的后台访问,所以必须在大配置中配置包扫描器: 1.applicactionContext.xml <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <beans xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-ins

大伙都知道,文件系统是树形结构的,有时候我们会想到把目录的层次结构变为纯文本形式,就像这样: ├─Windows-universal-samples-master │ ├─Samples │ │ ├─3DPrintingFromUnity │ │ │ └─Assets │ │ │ └─Script │ │ ├─Accelerometer │ │ │ ├─cpp │ │ │ ├─cs │ │ │ ├─js │ │ │ │ ├─css │ │ │ │ ├─html │ │ │ │ ├─js │ │

随着苹果ibooks对国内的开放,最近接了个麻烦的需求: 把现有的APK转化支持苹果ibooks电子书的epub格式 apk,基本都知道就是安卓的应用程序 epub,是ibooks支持的电子书格式 (xhtml组成的静态多页面) 这apk与epub两个完全不是一个世界的东西,怎么能关联并转化? 因为我司产出的APK应用是通过phonegap打包的SPA应用,这也是一套黑科技,通过ppt批量生成应用,本质上还是web那一套,所以给epub转化提供契机 通过H5写应用已经流行几年了,这里也不多说了,

Given a roman numeral, convert it to an integer. Input is guaranteed to be within the range from 1 to 3999. 罗马数转化成数字问题,我们需要对于罗马数字很熟悉才能完成转换.以下截自百度百科: 罗马数字是最早的数字表示方式,比阿拉伯数字早2000多年,起源于罗马. 如今我们最常见的罗马数字就是钟表的表盘符号:Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ(IIII),Ⅴ,Ⅵ,Ⅶ,Ⅷ,Ⅸ,Ⅹ,Ⅺ,Ⅻ…… 对应阿拉伯数字(就是现

Given an integer, convert it to a roman numeral. Input is guaranteed to be within the range from 1 to 3999. 之前那篇文章写的是罗马数字转化成整数(http://www.cnblogs.com/grandyang/p/4120857.html), 这次变成了整数转化成罗马数字,基本算法还是一样.由于题目中限定了输入数字的范围(1 - 3999), 使得题目变得简单了不少. 基本字符 I V

operator 关键字 operator 关键字用来重载内置运算符,或提供类/结构声明中的用户定义转换.它可以定义不同类型之间采用何种转化方式和转化的结果. operator用于定义类型转化时可采用2种方式,隐式转换(implicit)和显示转换(explicit) public class OperatorTestDemo { public static void Test() { OperatorTest mc = 1;//通过隐式装换,生成myclass对象 Console.WriteL

public JsonResult PoundageReportSearch()         {    JsonResult jr = new JsonResult();        // 实例化JsonResult     jr.MaxJsonLength = int.MaxValue;         // 设置要转化的json长度    jr.Data = Model_List;              // 给JsonResult设置要转化的值 jr.JsonRequestBeh

MySQL隐式转化整理 前几天在微博上看到一篇文章:价值百万的 MySQL 的隐式类型转换感觉写的很不错,再加上自己之前也对MySQL的隐式转化这边并不是很清楚,所以就顺势整理了一下.希望对大家有所帮助. 当我们对不同类型的值进行比较的时候,为了使得这些数值「可比较」(也可以称为类型的兼容性),MySQL会做一些隐式转化(Implicit type conversion).比如下面的例子: mysql> SELECT 1+'1'; -> 2 mysql> SELECT CONCAT(2,

HTML5将图片转化成字符画 字符画大家一定非常熟悉了,那么如何把一张现有的图片转成字符画呢?HTML5让这个可能变成了现实,通过canvas,可以很轻松实现这个功能.其实原理很简单:扫描图片相应位置的像素点,再计算出其灰度值,根据灰度值的大小,分别用字符#*+“和空格来填充.下面是源码:HTML:一个canvas元素#cv,一个字符画容器#txt . 1 <canvas id="cv">fuck ie</canvas> 2 <div id="t

类型转化也许大家并不陌生,int i; float j; j = (float)i; i = (int)j; 像这样的显式转化其实很常见,强制类型转换可能会丢失部分数据,所以如果不加(int)做强制转换,严检查的编译会报错,宽检查的编译会报warning.在C语言中,指针是4字节或者8字节的,所以指针之间的强制转换在转换的时候就如同不同的整数类型之间的赋值,问题在于对该指针的使用上,必须确保该指针确实可以做出这样的强制转换.常见的情况是void*到不同的指针类型(比如内存分配,参数传递),cha

什么是类型转化器? jQuery支持不同格式的数据返回形式,比如dataType为 xml, json,jsonp,script, or html 但是浏览器的XMLHttpRequest对象对数据的响应只有 responseText与responseXML 二种 所以现在我要定义dataType为jsonp,那么所得的最终数据是一个json的键值对,所以jQuery内部就会默认帮你完成这个转化工作 jQuery为了处理这种执行后数据的转化,就引入了类型转化器,如果没有指定类型就依据响应头Con

Asp.net 面向接口可扩展框架的“类型转化基础服务”是我认为除了“核心容器”之外最为重要的组成部分 但是前面博文一出,争议很多,为此我再写一篇类型转化基础服务和各种Mapper结合的例子,顺便对各种Mapper做个简单的优缺点对比 我对第三方组件评介有三个标准,一.可用性,二.性能,三.易用性 本例子中四种Mapper以前我都没使用过(因为以前我都用自己的Mapper),本次测试可能不准确,错误的地方请大家指正 AutoMapper使用的是4.2.1.0,需要.net4.5支持(我使用Nug

新框架正在逐步完善,可喜可贺的是基础服务部分初具模样了,给大家分享一下 由于基础服务涉及面太广,也没开发完,这篇只介绍其中的类型转化部分,命名为类型转化基础服务,其实就是基础服务模块的类型转化子模块 说到类型转化必须要弄清楚.net的类型,类型都不清楚何来类型转化 1.Primitive类型 1.1 这个概念估计很多人都没听说过,Primitive不是一个新类型,而是.net类型中最基本的一种分类,是基元类型的意思       MS将类型分为三类:Primitive(基元类型).Complex(

将得到的xml格式的数据转化成数组 <?php //构造xml $url = "http://api.map.baidu.com/telematics/v3/weather?location=太原&output=xml&ak=6b219a615eb77699a10eb54054959a2e"; // $xmldata = file_get_contents($url); //将请求到的文件内容读入到一个字符串中 $xmlResult = simplexml_loa