引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc4fa36b304aa8c533b5e82e49de30d443366ff3346a&mpshare=1&scene=1&srcid=09097IKbsc

(1)Checking Version of Bioconductor > source("http://bioconductor.org/biocLite.R")Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.3), ?biocLite for helpA newer version of Bioconductor is available for this version of R,  ?BiocUpgrade for help&g

在Rstudio中,下载软件install.packages()和 bioconductor软件下载命令 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("包名") 默认的下载地址都在国外,所以一般来说下载速度十分慢.但其实在国内都有相关的镜像,可以用来下载相关包 Rstudio直接在Tools-->Global Options-->Packages-->CRAN mirror 选项中选择

1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade") biocLite('cluster

1 安装工具Bioc的软件包不能使用直接install.packages函数,它有自己的安装工具,使用下面的代码: source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite() 上面第二个语句将安装Bioconductor一些基础软件包,包括BiocInstaller软件包,这是必需的. 2 软件包安装使用biocLite函数,如: biocLite("affy")3 升级biocLite函数可以升级已安装的软件包.

Bioconductor for Genomic Data Science ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/archive/old_genbank/Bacteria/Halobacterium_sp_uid217/ 下载:AE004437.faa文件

参考: R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 Bioconductor的数据包library(org.Hs.eg.db)简介

---------------------------------------------------------------Bioconductor-------------------------------------------------------1)简介Bioconductor项目始于2001年达纳法伯癌症研究所. 高科技产业多学科研究基金会为该项目提供支持. 2)目的Bioconductor项目的广泛目标是在计算生物学中实现良好的数据分析和推理实践,并提供一个平台,使科学家(生物

Bioconductor简介 2012-10-09 ~ ADMIN 源:Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics,Genome Biology 2004, 5:R80 Bioconductor的产生是计算生物学及生物信息学(computational biology and bioinformatics, CBB)发展的产物,其目的是有效降低CBB的门槛.当前,随着计算

options(useHTTPS=FALSE, BioC_mirror="http://bioconductor.org") source("http://bioconductor.org/biocLite.R") install.packages("XML") trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/XML_3.98-1.4.tar.gz' Content type 'applic

R包:基本包(自动加载)和推荐包(安装R时也会下载,但需要手动加载),拓展包(其他包,手动加载). 安装好的包将被放在一个指定的目录下.这个目录被称为库(Library).当需要使用到某一个包的时候,通过运行library()函数来加载软件包,其过程就是到库中去寻找需要加载的软件包,并将其命名空间加载至当前运行环境下. >(.packages()) #显示当前已加载的包 R中packages的下载安装: 1.网上下载安装: >install.packages("包名称")#

最近因为极度忙,没有写总结.今天补一下总结. 今天完成关静最后给的大project这个作业来说,结合自己的研究方向是个让我纠结一周多的事.好在找到了对应的研究内容. R的书目前还是很多的.R我一开始觉得比较好用,甚至还有RStudio以及可视化效果.但是最后这个作业居然有个包下载后居然提示要3.0之前的R才能用. http://www.dxy.cn/bbs/topic/32033578 丁香园里这位老兄说没装DBI包,于是装了,但是libraray("hgu95av2")还是不行呢.-

0.前言 虽然很早就知道R被微软收购,也很早知道R在统计分析处理方面很强大,开始一直没有行动过...直到 直到12月初在微软技术大会,看到我软的工程师演示R的使用,我就震惊了,然后最近在网上到处了解和爬一些R的资料,看着看着就入迷了,这就是个大宝库了,以前怎么没发现,看来还是太狭隘了.直到前几天我看到这个Awesome R文档,我就静不下来了,对比了目前自己的工作和以后的方向,非常适合我.所以毫不犹豫的把这个文档汉化了,所以大家一起享受吧. 说明:本文已经提交到github,地址:https:/

  R包经常会遇到各种版本不兼容的毛病,比如当前的版本相较于包,新了/旧了都是麻烦 而升级R软件呢,最麻烦的就是之前安装的包怎么办? 搜罗了以下几种方法:   方法1: (1)直接安装新版本 (2)然后复制旧版本的library中的文件夹到新版本的library文件夹下,粘贴.          如果中间跳出有重名的,就不覆盖(基础包是需要最新的). (3)打开新版的R,输入: update.packages() 默默等待更新即可 (不过我其实不建议这种方式,他会不断的跳出来,让你选择y/n/c

[翻译]Awesome R资源大全中文版来了,全球最火的R工具包一网打尽,超过300+工具,还在等什么? 阅读目录 0.前言 1.集成开发环境 2.语法 3.数据操作 4.图形显示 5.HTML部件 6.复用组件研究 7.Web技术和服务 8.并行计算 9.高性能 10.语言API 11.数据库管理 12.机器学习 13.自然语言处理 14.贝叶斯 15.最优化 16.金融 17.生物信息学 18.网络分析 19.R 开发 20.日志 21.数据包 22.其他工具 23.其他编译器 24.R学习

TCGA https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/tcgaBiolinks.html#tcgaanalyze-analyze-data-from-tcga. Metabolism http://www.metaboanalyst.ca/

向量化的函数 向量化的函数 ifelse/which/where/any/all/cumsum/cumprod/对于矩阵而言,可以使用rowSums/colSums.对于“穷举所有组合问题",可能需要combn/outer/lower.tri/expand.grid等函数.尽管apply可以显式消除循环,但它实际上是用R而不是C实现的,因此它通常并不能加速代码.然而,其他的apply函数,如lapply,对于加速代码非常帮助 环境和变量的作用域问题 在R语言中,函数被正式的称为“闭包”(clos

一,布局 R绘图所占的区域,被分成两大部分,一是外围边距,一是绘图区域. 外围边距可使用par()函数中的oma来进行设置.比如oma=c(4,3,2,1),就是指外围边距分别为下边距:4行,左边距3行,上边距2行,右边距1行.很明显这个设置顺序是从x轴开始顺时针方向.这里的行是指可以显示1行普通字体.所以当我们使用mtext中的line参数时,设置的大小就应该是[0,行数)的开区间.当我们使用mtext在外围边距上书写内容时,设置mtext中的outer=TRUE即可. 绘图区域可使用par(

############################################ INSTALLMENT############################################ try http:// if https:// URLs are not supportedsource("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("qvalue") package ‘qvalue’ successf