基本概念 Biostrings包很重要的3个功能是进行Pairwise sequence alignment 和Multiple sequence alignment及 Pattern finding in a sequence 序列比对一般有2个过程: 1)构建计分矩阵公式(the scoring matrix formulation) 2)比对(alignment itself) global alignment methods (全局比对):align every  residue in

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq

http://blog.csdn.net/jj12345jj198999/article/details/8951120 coursera上 web intelligence and big data 终于布置了HW7,这一次的要求是对一系列DNA序列进行预测,具体说明如下: Data Analytics Assignment (for HW7) Predict the Ethnicity of Individuals from their Genes   ===================

题目描述: 一个DNA序列由A/C/G/T四个字母的排列组合组成.G和C的比例(定义为GC-Ratio)是序列中G和C两个字母的总的出现次数除以总的字母数目(也就是序列长度).在基因工程中,这个比例非常重要.因为高的GC-Ratio可能是基因的起始点. 给定一个很长的DNA序列,以及要求的最小子序列长度,研究人员经常会需要在其中找出GC-Ratio最高的子序列. 输入 输入一个string型基因序列,和int型子串的长度 输出 找出GC比例最高的字串 样例输入 AACTGTGCACGACCTGA

大意: 一个DNA序列是环状的,这意味着有N个碱基的序列有N种表示方法(假设无重复).而这N个序列有一种最小的表示,这个最小表示的意思是这个序列的字典序最小(字典序的意思是在字典中的大小 比如ABC<ACB,B<BCD,EF<G) 方法:在一个序列中从任意两个位置开始,产生的序列的大小是可以比较的.然后利用这种比较方法找出最小值 #include <iostream> using namespace std; #define MAX 105 int lessthan(char

问题描述: 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题. 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度,其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度. 给定两个DNA序列A和B,对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中,得到具有相同长度的对齐后的序列C和D:空格可以插入到任意的位置(包括两端),但是相同位置不能同时为空格,也即是不存在C[i]和D[i]同时为空格的情况.然后为对齐后的序列的每个位置打分,总分为每个位置得分之和,具体的打分规则如下: a.如果C[i] == D[i

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(非循环子图) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 这个算法理解细节理解比较困难,建议看孙啸的生物信息学相关章节. 2. 算法要求所有序列覆盖整个目标DNA,并保证相邻片段有足够的覆盖连接(引自孙啸 生物信息学). 3. 最后推导出符合条件的序列构成的有向图没有回路,并有哈密顿路径. 4. 利用拓扑排序,得到顶点的有序排列. 5. 组装. 贴上Python代码,发现问题我会及时更正. 转载请保留出处! 简单DNA序列组装(非循环子图) # -*-

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(贪婪算法) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 找到权值最大的边: 2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边: 3. 除去以最大权值边为终点为终点的边: 4. 重复上述步骤,得到所有符合条件的边: 5. 拼接得到的边: 6. 加入孤立点(如果有). 附上Python代码,如果有问题我会及时更正(确实不太熟算法) DNA序列组装(贪婪算法) 转载请保留出处! # -*- coding: utf-8 -*- """ Crea

生物信息原理作业第三弹:DNA序列局部比对,利用Smith–Waterman算法,python3.6代码实现. 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm. DNA序列局部比对 转载请保留出处! import numpy as np import pandas as pd sequence1 = 'TGTTACGG' sequence2 = 'GGTTGACTA' s1 = '' s2 = ''

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对. 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm. 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对 转载请保留出处! 贴上python代码: # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sat Nov 25 18:20:01 2017 @autho

HDU 1560 DNA sequence(DNA序列) Time Limit: 15000/5000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others)   Problem Description - 题目描述 The twenty-first century is a biology-technology developing century. We know that a gene is made of DNA. Th

DNA序列编码中Hairpin的定义和计算 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 参考文献 [1] 张凯. DNA计算核酸编码优化及算法设计[D]. 2008. [2] Shin, Soo Yong , et al. "Multiobjective evolutionary optimization of DNA sequences for reliable DNA computing." IEEE Transactions on Evolutionary Compu

在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取.在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能. 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: >>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg" >>> subseq = seq[1:6] >>> subseq "TGATA" 注意,切片操作是“0

重复的DNA序列 所有 DNA 由一系列缩写为 A,C,G 和 T 的核苷酸组成,例如:"ACGAATTCCG".在研究 DNA 时,识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助. 编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超多一次的10个字母长的序列(子串). 示例: 输入: s = "AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT" 输出: ["AAAAACCCCC", "CCCCCAAAAA"] 思

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq

187. 重复的DNA序列 187. Repeated DNA Sequences 题目描述 All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Writ

题目描述 \(NOIP\)复赛之前\(HSD\)桑进行了一项研究,发现人某条染色体上的一段\(DNA\)序列中连续的\(k\)个碱基组成的碱基序列与做题的 \(AC\) 率有关!于是他想研究一下这种关系. 现在给出一段 \(DNA\) 序列,请帮他求出这段 \(DNA\) 序列中所有连续\(k\)个碱基形成的碱基序列中,出现最多的一种的出现次数. 输入格式 两行,第一行为一段 \(DNA\) 序列,保证 \(DNA\) 序列合法,即只含有 \(A, G, C, T\) 四种碱基: 第二行为一个正

187. 重复的DNA序列 所有 DNA 都由一系列缩写为 A,C,G 和 T 的核苷酸组成,例如:"ACGAATTCCG".在研究 DNA 时,识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助. 编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超过一次的 10 个字母长的序列(子串). 示例: 输入:s = "AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT" 输出:["AAAAACCCCC", "CCCCCAAAAA&qu

重复的DNA序列所有 DNA 都由一系列缩写为 A,C,G 和 T 的核苷酸组成,例如:“ACGAATTCCG”.在研究 DNA 时,识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助. 编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超过一次的 10 个字母长的序列(子串). 示例: 输入:s = "AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT"输出:["AAAAACCCCC", "CCCCCAAAAA"] 使用Oracle11g数

问题:  重复的DNA序列 所有 DNA 都由一系列缩写为 A,C,G 和 T 的核苷酸组成,例如:“ACGAATTCCG”.在研究 DNA 时,识别 DNA 中的重复序列有时会对研究非常有帮助. 编写一个函数来查找 DNA 分子中所有出现超过一次的 10 个字母长的序列(子串). 示例: 输入:s = "AAAAACCCCCAAAAACCCCCCAAAAAGGGTTT"输出:["AAAAACCCCC", "CCCCCAAAAA"] 程序: pa

description NOIP 复赛之前,HSD 桑进行了一项研究,发现人某条染色体上的一段 DNA 序列中连续的\(k\)个碱基组成的碱基序列与做题的 AC 率有关!于是他想研究一下这种关系. 现在给出一段 DNA 序列,请帮他求出这段 DNA 序列中所有连续 \(k\)个碱基形成的碱基序列中,出现最多的一种的出现次数. \(n\le5*10^6,k\le 10\) solution 直接找出所有连续\(k\)个碱基形成的碱基序列的哈希值即可 code #include<bits/stdc+