1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa

Python编程语言简介 https://www.cnblogs.com/hany-postq473111315/p/12256134.html Python环境搭建及中文编码 https://www.cnblogs.com/hany-postq473111315/p/12256337.html Python 基础语法 https://www.cnblogs.com/hany-postq473111315/p/12257287.html Python 变量类型及变量赋值 https://www.

Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da

详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262:https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1)下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 2)解压到文件夹.此处为E:\software\blast_2.8.0_alpha\.会自动出现一个bin文件夹(放置程序,如下图),一个doc文件夹(放置文件).然后

目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

题目描述 Description 学校实行学分制.每门的必修课都有固定的学分,同时还必须获得相应的选修课程学分.学校开设了N(N<300)门的选修课程,每个学生可选课程的数量M是给定的.学生选修了这M门课并考核通过就能获得相应的学分. 在选修课程中,有些课程可以直接选修,有些课程需要一定的基础知识,必须在选了其它的一些课程的基础上才能选修.例如<Frontpage>必须在选修了<Windows操作基础>之后才能选修.我们称<Windows操作基础>是<Fro

两道有关欧拉回路的例题 POJ1300-Door Man //判定是否存在从某点到0点的欧拉回路 //Time:0Ms Memory:116K #include<iostream> #include<cstring> #include<cstdio> using namespace std; #define MAX 25 int st, n; int door[MAX]; int main() { char s[120]; while (scanf("%s&q

两道较为典型的单源最短路径问题,采用dijkstra解法 本来是四道练习题,后来发现后面两道用dijkstra来解的话总觉得有点冗余了,因此暂且分成三篇博客(本篇以及后两篇). ZOJ1053(POJ1122)-FDNY to the Rescue! //POJ1122-ZOJ1053 //dijkstra-需要记录路径 //给出n个路口的邻接矩阵,求给定多个火警到失火点的时间及任一路径 //注意输入最后一行时,cin.getline需要两次,猜测需要接受邻接矩阵最后一行其他字符后再接受下一行(

引用的css: <link href="@Url.Content("~/Css/bootstrap.min.css")" rel="stylesheet" type="text/css" /> <link href="@Url.Content("~/Css/bootstrap-table.css")" rel="stylesheet" type=&q

1.POJ 1733 Parity game Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 65536K Total Submissions: 5744   Accepted: 2233 Description Now and then you play the following game with your friend. Your friend writes down a sequence consisting of zeroes and ones. You cho

 /// <summary>         ///  p点到(a,b)点两所在直线的垂点坐标         /// </summary>         /// <param name="a">直线上a点</param>         /// <param name="b">直线上b点</param>         /// <param name="p">

ShallWe,Yveh,hmy,DaD3zZ,四人吃冰糕从SLYZ超市出来后在马路上一字排开,,,吃完后发现冰糕棍上写着:“向狮子座表白:愿做你的小绵羊”,,, 好吧在这道题里我们要弹飞绵羊,有分块和lct两种方法. 分块: #include<cmath> #include<cstdio> #define for1(i,a,n) for(int i=(a);i<=(n);i++) #define for3(i,a,n) for(int i=(a);i>=(n);i--

orz lydrainbowcat [Problem A]「艦これ市」70万幕后交易事件 排序机器=-=.重要的是相同的处理. 我们可以从小到大添加数字,然后维护一个位置的序列.每一种相等的数字都在一块.如果我们要添加一个新的数字,要把位置>它的数字全部弹出,而且要把小于它的数字(在队头)全部弹出,这样才能保证正确性和最优性. #include <iostream> #include <cstdio> #include <cstring> #include <

In mathematical terms, the sequence Fn of Fibonacci numbers is defined by the recurrence relation F1 = 1; F2 = 1; Fn = Fn - 1 + Fn - 2 (n > 2). DZY loves Fibonacci numbers very much. Today DZY gives you an array consisting of n integers: a1, a2, ...,

题意:N个点的一棵带权树.切掉某条边的价值为切后两树直径中的最大值.求各个边切掉后的价值和(共N-1项). 解法一: 强行两遍dp,思路繁琐,维护东西较多: dis表示以i为根的子树的直径,dis2表示切掉以i为根的子树后的直径. 第一遍dp,记录 down[][0]:从i结点向下的最大距离  down[][1]:与down[][0]无交集的向下次大距离  dis:以i为根的子树的直径 第二遍dp,记录 up:从i结点向上的最远距离, 可以是w+父节点的up,也可以是w+父节点的down(判断一

两次DFS求树直径方法见 这里. 这里的直径是指最长链包含的节点个数,而上一题是指最长链的路径权值之和,注意区分. K <= R: ans = K − 1; K > R:   ans = R − 1 + ( K − R ) ∗ 2; #include <cstdio> #include <cstring> #include <cstdlib> #include <algorithm> using namespace std; ; struct n

题目大意: 给出两个长度小于等于25W的字符串,求它们的最长公共子串. 题目链接:http://www.spoj.com/problems/LCS/ 算法讨论: 二分+哈希, 后缀数组, 后缀自动机. 随意做.这里面只写一下我对后缀自动机做法的理解. 首先,我们假设两个串分别为A串和B串,我们先对建立出A串的后缀自动机,然后对于B串的每一位,我们进行如下的操作:首先从第1位开始,Parent树上的位置在root,那么对于每一次操作,如果当前结点的字符可以匹配当前B串中所考虑到的字符,那么自然就l

Description A thief is running away! We can consider the city to N–. The tricky thief starts his escaping if and only if there is a street between cross u and cross v. Notice that he may not stay at the same cross in two consecutive moment. The cops

Collections是个服务于Collection的工具类(静态的),它里面定义了一些集合可以用到的方法. 本文演示了Collections类里sort()的两个方法.第一种只需传入被排序的集合,便会为它自然排序.但有时我们需要自定义排序的方式,这是我们就得定义一个比较器,里面定义我们要排序的方式,调用sort()时,把被排序的集合和比较器同时传入,就可以按照自定义的方式排序了. package Test602; import java.util.ArrayList; import java.

.caret, .dropup > .btn > .caret { border-top-color: #000 !important; } .label { border: 1px solid #000; } .table { border-collapse: collapse !important; } .table td, .table th { background-color: #fff !important; } .table-bordered th, .table-bordere