Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即"基于局部比对算法的搜索工具",由Altschul等人于1990年发布.Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低. Blast的运行方式是先用目标序列建数据库(这种数据库称为database,里面的每一条序列称为subject),然后用待查序列(query)在database中搜索,每一条query与da

N-Gram是大词汇连续语音识别中常用的一种语言模型,对中文而言,我们称之为汉语语言模型(CLM, Chinese Language Model).   中文名 汉语语言模型 外文名 N-Gram 定    义 计算出具有最大概率的句子 基    于 该模型基于这样一种假设 汉语语言模型利用上下文中相邻词间的搭配信息,在需要把连续无空格的拼 音.笔划,或代表字母或笔划的数字,转换成汉字串(即句子)时,可以计算出具有最大概率的句子,从而实现到汉字的自动转换,无需用户手动选择,避开了许多 汉字对应一

相关文章:RESTful API URI 设计的一些总结. 问题场景:删除一个资源(Resources),URI 该如何设计? 应用示例:删除名称为 iPhone 6 的产品. 是不是感觉很简单呢?根据应用示例,我们用代码实现下: public class ProductsController : ApiController { [HttpDelete] [Route("api/products")] public async Task<HttpResponseMessage&g

如果说某个下拉列表,想过滤某些选项,该怎样来做呢,在Infor Syteline实现起来是一件很容易的事情.如在Fixed Assets窗口中的Class Code的下拉列表中,如果不想"_OB"的选项显示出来. 首先打开Fixed Assets窗口,切换至Design模式: 此时它会显示一个Identify Your Editing Scope的窗口,你需要要Scope下拉列表,选择"Site Default",然后点"OK"铵钮. 按照下面步

转载]Blast本地化:使用Blastall进行数据库比对 (2012-02-13 21:25:31)   用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p.-i.-d.-o.-e等几个. -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File) -e:(数学)期望值(Expectation value),E值是个统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随

一.Nginx的HTTP过滤模块特征 一个请求可以被任意个HTTP模块处理: 在普通HTTP模块处理请求完毕并调用ngx_http_send_header()发送HTTP头部或调用ngx_http_output_filter()发送HTTP包体时,才会由这两个方法一次调用所有的HTTP过滤模块来处理这个请求.HTTP过滤模块仅处理服务器发送到客户端的响应,而不处理客户端发往服务器的HTTP请求. 多个过滤模块的顺序的形成以及Nginx自带的过滤模块请参考原书. 二.编写一个HTTP过滤模块 以向

查询(Query)和标识(Identify) 相关文章:RESTful API URI 设计的一些总结. 问题场景:删除一个资源(Resources),URI 该如何设计? 应用示例:删除名称为 iPhone 6 的产品. 是不是感觉很简单呢?根据应用示例,我们用代码实现下: public class ProductsController : ApiController { [HttpDelete] [Route("api/products")] public async Task&l

arcgis地图服务之 identify 服务 在近期的一次开发过程中,利用IdentityTask工具查询图层的时候,请求的参数中ImageDisplay的参数出现了错误,导致查询直接不能执行,百度了半天也没有解决.最后还是Bing搜索比较给力. 出现这个错误的主要原因是:IdentityParams参数设置中地图显示范围的height和width只能值整数.接下来将idetify的请求参数进行一个总结: Identify(地图服务) URL:对象查询的地图服务 功能:查询 功能描述:执行此操

在复制进程中配置下面的参数可以实现对一个用户下的某些表进行过滤,在复制的时候 不做任何操作. MAPEXCLUDE: Valid for Replicat Use the MAPEXCLUDE parameter with the MAP parameter to explicitly exclude tables from a wildcard specification. MAPEXCLUDE must precede all MAP statements that contain the

1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas

blast+有三大工具类型: 功能 search database filter 命令 blastn, blastp, blastx, tblastx, tblastn, psiblast, rpsblast, and rpstblastn makeblastdb, blastdb_aliastool, makeprofiledb, and blastdbcmd segmasker, dustmasker, and windowmasker.                         1.

参考资料<深入理解Nginx> HTTP过滤模块也是一种HTTP模块,与普通HTTP处理模块不同在于: 1.一个请求仅由一个HTTP处理模块处理,而可以被任意个HTTP过滤模块处理 2.普通的HTTP模块倾向于完成请求的核心功能,而HTTP过滤模块所做的工作是对发送给用户的HTTP响应包做一些加工   HTTP过滤模块的简单例子 该过滤模块实现的功能是:用户的请求由static静态文件模块进行处理,根据URI返回磁盘中的文件给用户,然后该过滤模块就会在返回给用户的相应包体前添加一段字符串:&q

与HTTP处理模块不同.HTTP过滤模块的工作是对发送给用户的HTTP响应做一些加工. server返回的一个响应能够被随意多个HTTP过滤模块以流水线的方式依次处理.HTTP响应分为头部和包体,ngx_http_send_header和ngx_http_output_filter函数分别负责发送头部和包体.它们会依次调用各个过滤模块对待发送的响应进行处理. HTTP过滤模块能够单独处理响应的头部或者包体或同一时候处理二者.处理头部和包体的方法原型分别例如以下,它们在HTTP框架模块ngx_ht

1. 定义 协同过滤(Collaborative Filtering)有狭义和广义两种意义: 广义协同过滤:对来源不同的数据,根据他们的共同点做过滤处理. Collaborative filtering (CF) is a technique used by some recommender systems.[1] Collaborative filtering has two senses, a narrow one and a more general one.[2] In general,

该模块可实现如下的功能,在浏览器输入http://你的IP/lcw.text,能够读出你在根目录下创建的lcw.txt里面的内容,并在前面加上一句字符串where there is a will,there is a way! 代码如下: //start from the very beginning,and to create greatness //@author: Chuangwei Lin //@E-mail:979951191@qq.com //@brief: 一个简单的nginx的H

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa

Get-Content -Path E:\test11\data.txt | Sort-Object | Get-Unique 源文件: AA0001 2014-06-30 15:27:13.073 AA0001 2014-06-30 15:27:13.073 AA0001 2014-06-30 15:27:13.073 AA0002 2014-06-30 15:27:30.607 AA0002 2014-06-30 15:28:00.467 AA0003 2014-06-30 15:28:20

在项目常常要和数据表格打交道. 现在BS的通常做法都是前端用一个js的Grid控件, 然后通过ajax的方式从后台加载数据, 然后将数据和Grid绑定. 数据往往不是一页可以显示完的, 所以要加分页:然后就是根据关键字段做排序, 做筛选过滤. 作为后端人员, 要考虑的是如何优雅的实现分页.排序.筛选的功能. 本文先谈谈筛选. 因为分页.排序.筛选这3个动作, 一定是先处理筛选的——筛选后的结果再去排序, 然后再做分页 , 才有意义. 筛选首先要考虑如下两个问题: 1) 字段类型 2) 比较方式

java.io使用了适配器模式装饰模式等设计模式来解决字符流的套接和输入输出问题. 字节流只能一次处理一个字节,为了更方便的操作数据,便加入了套接流. 问题引入:缓冲流为什么比普通的文件字节流效率高? 不带缓冲的操作,每读一个字节就要写入一个字节. 由于涉及磁盘的IO操作相比内存的操作要慢很多,所以不带缓冲的流效率很低. 带缓冲的流,可以一次读很多字节,但不向磁盘中写入,只是先放到内存里. 等凑够了缓冲区大小的时候一次性写入磁盘,这种方式可以减少磁盘操作次数,速度就会提高很多! 这就是两者的区别

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