处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

链接附带的是ucsc各种格式文件的说明,以后遇到新类型的文件可以先来这里看看! https://www.genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html

GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列).而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息. GTF文件我一般喜欢去ensembl下载,gencode也可以. 这里给出链接: ftp://ftp.ensembl.org/pub/r

eg:http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeAwgDnaseUniform/ 下载该路径下的所有文件 wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeAwgDnaseUniform/ 得到一个 index.html 文件 然后 wget -i index.html -F -B http://hgdownload.s

一.BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释的信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列. 每行的数据格式要求一致. 必须包含的3列: 1.chrom, 染色体名字(e.g. chr3, chrY) 2.chromStart, 目标区段在染色体起始位置,染色体第一个碱基的位置是0 3.chromEnd, 目标区段在染色体结束位置,染色体的末端位置没有包含到显示信息里面.例如,首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 . chrom

Mapreduce的文件和hbase共同输入 package duogemap;   import java.io.IOException;   import org.apache.hadoop.conf.Configuration; import org.apache.hadoop.fs.Path; import org.apache.hadoop.hbase.HBaseConfiguration; import org.apache.hadoop.hbase.client.Result; i

mapreduce多文件输出的两方法   package duogemap;   import java.io.IOException;   import org.apache.hadoop.conf.Configuration; import org.apache.hadoop.fs.Path; import org.apache.hadoop.io.LongWritable; import org.apache.hadoop.io.NullWritable; import org.apach

汇总篇:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#tsql 文章内容皆自己的理解,如有不足之处欢迎指正~谢谢 前天有学弟问逆天:“逆天,有没有一种方式可以让我一个表存到两个数据库文件中,或者说怎么把一个表的数据平摊到其他数据库文件中?” (⊙o⊙)…,逆天数据库优化不是很强悍,不过类似的情景倒是见过,可以给你一个思路.比如说我们在创建数据库的时候就可以好好利用文件组. 举个例子: 我们一般创建数据库都是这么来的: create database

一.本文所涉及的内容(Contents) 本文所涉及的内容(Contents) 背景(Contexts) 解决方案(Solution) 搬迁步骤(Procedure) 搬迁脚本(SQL Codes) 注意事项(Attention) 疑问(Questions) 参考文献(References) 二.背景(Contexts) 有一个数据库大概在700G左右,需要从服务器A搬迁到服务器B,两台服务器网络传输速度可以达到8MB/s,怎么做才能更快的搬迁并且宕机时间最短呢? 数据库业务逻辑概述:这个数据库

SQLSERVER将一个文件组的数据移动到另一个文件组 有经验的大侠可以直接忽视这篇文章~ 这个问题有经验的人都知道怎麽做,因为我们公司的数据量不大没有这个需求,也不知道怎麽做实验 今天求助了QQ群里的菠萝大侠,终于知道怎麽做了 我自己会把不明白的问题一定会问到底的,之前在论坛问过这个弱弱的问题,但是由于太弱了,人家随便答复了一下 然后斑竹就标记为答案了~ 移动数据: 1.有表分区 2.没有表分区 我这里只讨论没有表分区的情况,表分区的情况还不是很明白 例子 比如:你有三个文件组,其中一个是主文

    在谈到SQL Server的高可用性之前,我们首先要谈一谈单实例的高可用性.在单实例的高可用性中,不可忽略的就是文件和文件组的高可用性.SQL Server允许在某些文件损坏或离线的情况下,允许数据库依然保持部分在线,从而保证了高可用性.   文件和文件组     有关文件和文件组的基本概念,有很多文章已经阐述过了.这里我只是提一下,文件组作为SQL Server访问文件的一个抽象层而存在.因此SQL Server上所做的操作不是直接针对文件,而是针对文件组.     使用多个文件组和文

介绍C#如何对ini文件进行读写操作,C#可以通过调用[kernel32.dll]文件中的 WritePrivateProfileString()和GetPrivateProfileString()函数分别对ini文件进行读和写操作.包括:读取key的值.保存key的值.读取所有section.读取所有key.移除section.移除key等操作. 目录 1. ini文件介绍 2. 读取操作:包括读取key的值.读取所有section.读取所有key等操作. 3. 写入操作: 包括保存key的值

有一种场景, 手机内存卡空间被用光了,但又不知道哪个文件占用了太大,一个个文件夹去找又太麻烦,所以我开发了个小程序把手机所有文件(包括路径下所有层次子文件夹下的文件)进行一个排序,这样你就可以找出哪个文件占用了内存太大了. 使用例子如下,用JAVA 运行Sort 1, 输入你要排序的文件路径 , 如 例子是对H:\下的文件和它所有子文件夹下的文件进行排序 2, 输入需要进行排序显示的最新大小,如 例子是对10M 大小 以上的文件进行排序 3,从大到小排序后按 文件路径\文件名-------大小

上一篇文章介绍了Dex文件的热更新流程,本文将会分析Tinker中对资源文件的热更新流程. 同Dex,资源文件的热更新同样包括三个部分:资源补丁生成,资源补丁合成及资源补丁加载. 本系列将从以下三个方面对Tinker进行源码解析: Android热更新开源项目Tinker源码解析系列之一:Dex热更新 Android热更新开源项目Tinker源码解析系列之二:资源热更新 Android热更新开源项目Tinker源码解析系类之三:so热更新 转载请标明本文来源:http://www.cnblogs

一.使用Raw文件夹下的数据库文件 在使用GreenDao框架时,数据库和数据表都是根据生成的框架代码来自动创建的,从生成的DaoMaster中的OpenHelper类可以看出: public static abstract class OpenHelper extends SQLiteOpenHelper { public OpenHelper(Context context, String name, CursorFactory factory) { super(context, name,

背景 在网站开发中,文件上传是很常见的一个功能.相信很多人都会遇到这种情况,想传一个文件上去,然后网页提示"该文件过大".因为一般情况下,我们都需要对上传的文件大小做限制,防止出现意外的情况. 但是在有些业务场景中,大文件上传又是必须的,比如邮箱附件,或者内部OA等等. 问题 服务端为什么不能直接传大文件?跟php.ini里面的几个配置有关 upload_max_filesize = 2M //PHP最大能接受的文件大小 post_max_size = 8M //PHP能收到的最大PO

1.jquery.uploadify简介 在ASP.NET中上传的控件有很多,比如.NET自带的FileUpload,以及SWFUpload,Uploadify等等,尤其后面两个控件的用户体验比较好,无刷新,带上传进度等等.在最近的短信平台开发中,使用Uploadify进行文件上传. Uploadify官网地址是:http://www.uploadify.com/ 可满足项目开发需求. 下载地址:http://www.uploadify.com/wp-content/uploads/files/

aar aar 文件是android 类库项目的输出文件,其中可以包含普通的.class,清单,以及android项目特有的资源文件. 使用方式 将.aar文件放在在自己项目的libs目录下 在gradle中做如下配置: repositories { flatDir { dirs 'libs' } } dependencies { compile(name: 'serverapi-release', ext: 'aar') } 之后就可以在代码中import其中的类型,进行使用.

Web.config的读取 对于Web.config的读取大家都很属性了.平时我们用得比较多的就是appSettings节点下配置.如: 我们对应的代码是: = ConfigurationManager.AppSettings[“OAuth_QQ_ClientId”]; = ConfigurationManager.AppSettings[“OAuth_QQ_CallbackUrl”]; = ConfigurationManager.AppSettings[“OAuth_QQ_ClientScr