burrowswheeler变换

BWT (Burrows–Wheeler_transform)数据转换算法

1.什么是BWT 压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式,进行紧密的编码. BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本,转换后使得相同的字符位置连续或者相邻,之后可以使用其他技术如:Move-to-front transform 和游程编码进行文本压缩. 2.BWT原理 2.1 BWT编码 (1)首先,BWT先对需要转换的文本块,进行循环右移,每次循环一位.可以知道长度为n的文本块,循环n次后重复,这样就得到看n个长度为n的字符串.如下图中

Linux压缩那些事儿

tar简介 Linux的压缩命令的源文件只能有一个,这意味在压缩之前不得不先将要压缩的所有文件打包成一个包,然后再压缩包,这样来完成对多个文件的压缩.所以在了解解压缩之前就必须先了解打包命令. Linux的打包一般都是通过tar命令来完成的,用tar来完成不同的动作是通过指定不同的参数来完成的,通常使用的也就是——x/c,这两个参数,它们的字面含义是 c——create,x——extract,创建和分包提取,另外还有一些常用的参数,比如 a 将tar添加到另外一个tar包的末尾,t 列出包中的文

external 里面文件的介绍

搞了半天android,竟然对external下的库一无所知?不能容忍! 马上解决: android-mock:编译为java静态库.说明:Android Mock is a framework for mocking interfaces and classes on the Dalvik VM.资料http://code.google.com/p/android-mock/ antlr:编译为java静态库,开源语法分析器 apache-harmony:放源码 Java SE apache-

LAMP源码安装，搭建zabbix监控

#LAMP#httpd-2.2.32#mysql-5.7.17-linux-glibc2.5-x86_64 二进制压缩版#php5.3.27 1.系统环境优化检查 sed -i 's/SELINUX=enabled/SELINUX=disabled/g' /etc/selinux/configgetenforce 0/etc/init.d/iptables stopcat /etc/redhat-release CentOS release 6.7 (Final)uname -r2.6.32-4

速度之王 — LZ4压缩算法（一）

LZ4 (Extremely Fast Compression algorithm) 项目:http://code.google.com/p/lz4/ 作者:Yann Collet 本文作者:zhangskd @ csdn blog 简介 LZ4 is a very fast lossless compression algorithm, providing compression speed at 400MB/s per core, scalable with multi-cores CPU.

Programming Assignment 5: Burrows–Wheeler Data Compression

编程作业五作业链接:Burrows-Wheeler Data Compression & Checklist 我的代码:MoveToFront.java & CircularSuffixArray.java & BurrowsWheeler.java 问题简介 Burrows-Wheeler 数据压缩算法包括三个部分:Burrows-Wheeler transform,Move-to-front encoding 和 Huffman compression,前面两个部分把文本转换

RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析：扩展评论和软件工具

RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具正确鉴定特定条件之间的差异表达基因(DEG)是理解表型变异的关键.高通量转录组测序(RNA-Seq)已成为这些研究的主要选择. 因此,用于RNA-Seq数据的差异表达分析的方法和软件的数量也迅速增加. 但是,对于最合适的管道还是没有达成共识用于从RNA-Seq数据鉴定差异表达基因的方

用tophat和cufflinks分析RNAseq数据[转载]

转自:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213 //今天看到一篇非常好的讲解RNA-seq的文章,mark一下. 1.基本步骤 RNAseq分析大致分下面几个步骤: ①首先要把测到的序列map到基因组上, ②然后根据map到的区段对细胞构建转录本, ③然后比较几种细胞的转录本并且合并, ④最后衡量差异和可变剪切和其他的分析. 2.mapping 可以使用哈希的方法比对,但是由于

『言善信』Fiddler工具 — 8、Fiddler检查器（Inspectors）详解

目录 1.请求报文内容 2.响应报文内容 3.响应报文中Transformer选项说明 Inspectors意思是检查器.Inspectors可以使用多种方式,查看请求的请求报文和响应报文相关信息. Inspectors页签分为上下两部分,上部显示的是所发出请求的相关信息,下部显示的是所接收对应响应的相关信息. 所在位置,如下图所示: 1.请求报文内容 Inspectors面板中请求报文部分,如下图: 请求报文中各标签含义说明: 序号名称含义 1 Headers 显示客户端发送到服务器的 H

BWT(Burrows-Wheeler Transformation)的讲解及java实现

BWT(Burrows-Wheeler Transformation) 1.什么是BWT 压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式,进行紧密的编码. BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本,转换后使得相同的字符位置连续或者相邻,之后可以使用其他技术如:Move-to-front transform 和游程编码进行文本压缩. 2.BWT原理 2.1 BWT编码 (1)首先,BWT先对需要转换的文本块,进行循环右移,每次循环一位.可以知道长度

BZOJ 1692: [Usaco2007 Dec]队列变换 [后缀数组贪心]

1692: [Usaco2007 Dec]队列变换 Time Limit: 5 Sec Memory Limit: 64 MBSubmit: 1383 Solved: 582[Submit][Status][Discuss] Description FJ打算带他的N(1 <= N <= 30,000)头奶牛去参加一年一度的“全美农场主大奖赛”.在这场比赛中,每个参赛者都必须让他的奶牛排成一列,然后领她们从裁判席前依次走过. 今年,竞赛委员会在接受队伍报名时,采用了一种新的登记规则:他们把所

Hilbert-Huang Transform（希尔伯特-黄变换）

在我们正式开始讲解Hilbert-Huang Transform之前,不妨先来了解一下这一伟大算法的两位发明人和这一算法的应用领域 Section I 人物简介希尔伯特:公认的数学界“无冕之王”,1943年去世于瑞士苏黎世.除此之外,自不必过多介绍. 黄锷:1937年出生于湖北省:1975年进入NASA(美国国家宇航局):美国国家工程院院士. Section II Hilbert-Huang的应用领域医学领域:探测心率不齐.登革热的扩散.血压的变化交通领域:探测公路桥梁安全安全领域:辨识

【Win 10 应用开发】三维变换

所谓三维变换,其实是在二维平面上产生三维的视觉效果.前面老周简单提了一下透视效果,如果透视效果不能满需求,那可以考虑用三维变换. UIElement类有一个属性叫Transform3D,它定义的类型为Transform3D,但,这个类是没有公共的构造函数的,困为它只作为基类.从这个类派生出两个类: PerspectiveTransform3D——这个类的作用是设置观察点的位置,它不能单独使用,单独使用这个类,看不到变换效果.所谓观察点,就好比咱们照相时照相机的观察窗口,照相机放到什么位置,就会看

CSS3之3d变换与关键帧

3d变换是在transform基础上实现的 transform-style:preserve-3d; 建立3d空间 perspective:; 景深(设置用户看的距离) perspective-origin:center center;(默认) 景深基点(设置用户从哪个方向看) backface-visility 隐藏背面 -transform:; 在3d中新增了以下函数: rotateX() rotateY() rotateZ() translateZ() scaleZ() 注: X表示屏幕水

纯CSS3实现多层云彩变换飞行动画

查看效果:http://hovertree.com/texiao/css3/4/效果2 效果图: 代码如下: <!doctype html> <html lang="zh"> <head> <meta charset="UTF-8"> <meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge,chrome=1"> <

CSS3之过渡及2D变换

transition过渡 transition-duration:; 运动时间 transition-delay:; 延迟时间 transition-timing-function:; 运动形式 ease 逐渐变慢 (默认) linear 匀速 ease-in 加速 ease-out 减速 ease-in-out 先加速后减速 cubic-bezier 贝塞尔曲线(x1,y1,x2,y2) 通过控制曲线走势来改变运动效果注:多样式同时进行过渡(需要异步过渡则需在完成时间后再加一个参数:延迟时

为什么FFT时域补0后，经FFT变换就是频域进行内插？

应该这样来理解这个问题: 补0后的DFT(FFT是DFT的快速算法),实际上公式并没变,变化的只是频域项(如:补0前FFT计算得到的是m*2*pi/M处的频域值, 而补0后得到的是n*2*pi/N处的频域值), M为原DFT长度,N变成了补0后的长度.将(-pi,pi)从原来的M份变成了N份,如果将补0前后的这些频域值画在坐标上,其中m*2*pi/M和n*2*pi/N重合的部分,它所对应的频域值(变换后的值)是不变的,而在原来的M份里多了(N-M)份的分量,即在频域内多了(N-M)份插值,这样理

相机变换与Ray-Casting

p { margin-bottom: 0.1in; direction: ltr; line-height: 120%; text-align: justify; orphans: 0; widows: 0 } 世界坐标系:本文都记为xyz坐标系,在体绘制中可以理解为物体空间坐标系.xyz坐标系可以根据体数据的特点人为规定,比如对于一个立方体数据,可选一个顶点为原点,与该顶点相连的三条棱为x,y,z轴. UVN系统:本文都记为UVN坐标系,可以理解为图像空间坐标系.当物体空间坐标系确定后,可认为

关于CSS3的小知识点之2D变换

transition过渡 transition-duration:; 运动时间 transition-delay:; 延迟时间 transition-timing-function:; 运动形式 ease 逐渐变慢 (默认) linear 匀速 ease-in 加速 ease-out 减速 ease-in-out 先加速后减速 cubic-bezier 贝塞尔曲线(x1,y1,x2,y2) 通过控制曲线走势来改变运动效果注:多样式同时进行过渡(需要异步过渡则需在完成时间后再加一个参数

CSS学习笔记2-2d变换和过渡属性

前言:今天又是一个周末,心情不错,趁着闲暇之余,把剩下来的CSS3学习的内容全部整理出来,练习用的源码也稍微整理了一下. 2D转换 transform:translate||rotate||scale||skew 平移.旋转.缩放.斜切 1. 平移 transform:translate() 参数说明: 只有一个值的情况下,表示水平方向运动,正值向右,负值向左,也可以接受百分比,百分比参照的是自身的宽,高两个值分别控制水平和垂直移动不会影响其他的元素,类似于相对定位我们可以通过盒子的绝对定

归一化变换 Normalizing transformations

归一化变换包含两个部分,图像坐标的平移和尺度的缩放.进行归一化的变换不但能够提高处理结果的精确度,而且通过选择一个标准的坐标系预先的消除了图像尺度和坐标原点的选择对算法最终结果的影响. 归一化变换的步骤: 对点进行平移,让这些点的图心(Centroid)移到原点进行尺度缩放,让这些点的到原点的平均距离为数据的归一化在一些算法中是必须得,特别是对一些不太良定的问题,例如:基本矩阵的计算以及三焦张量的DLT算法. 归一化变换矩阵T的求解: 是的平均值尺度S为

burrowswheeler变换

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