一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V

查看Linux文件的权限:ls -l 文件名称 查看linux文件夹的权限:ls -ld 文件夹名称(所在目录) 修改文件及文件夹权限: sudo chmod -(代表类型)×××(所有者)×××(组用户)×××(其他用户) 常用修改权限的命令: sudo chmod 600 ××× (只有所有者有读和写的权限) sudo chmod 644 ××× (所有者有读和写的权限,组用户只有读的权限) sudo chmod 700 ××× (只有所有者有读和写以及执行的权限) sudo chmod 6

第一章.概述什么是makefile?或许很多Winodws的程序员都不知道这个东西,因为那些Windows的IDE都为你做了这个工作,但我觉得要作一个好的和professional(专业)的程序员,makefile还是要懂.这就好像现在有这么多的HTML的编辑器,但如果你想成为一个专业人士,你还是要了解HTML的标识的含义.特别在Unix下的软件编译,你就不能不自己写makefile了,会不会写makefile,从一个侧面说明了一个人是否具备完成大型工程的能力.因为,makefile关系到了整个

XML文件与实体类的互相转换 一.将XML文件反序列化为实体类对象 1. 通常程序的配置信息都保存在程序或者网站的专门的配置文件中(App.config/web.config).但是现在为了演示XML序列化和反序列化,将配置信息保存在一个XML文件(config.xml)中,通过反序列化将配置信息读取出来保存到一个单独的类(Config.cs)中.这样如果需要用到配置信息,没必要每次都读写XML文件,只需要调用Config这个类就可以获取对应节点的信息. config.xml: <?xml ve

简介 XStream 是一个开源项目,一套简单实用的类库,用于序列化对象与 XML 对象之间的相互转换. 将 XML 文件内容解析为一个对象或将一个对象序列化为 XML 文件. 1.下载工具 xstream 下载最新版本地址: https://nexus.codehaus.org/content/repositories/releases/com/thoughtworks/xstream/ 下载完成后 把jar包导入到自己的android项目中 2. 常用的方法: (1)fromXML()方法

一.流的概念 在Java中,可以提供字节序列的对象,或者可以接收字节序列的对象,都可以抽象成流.系统中的文件,网络,内存这些设备都可以读入或者写入字节,自然也可以用流的方式来操作.能向程序中提供字节序列,即可以从其中读入字节序列,这样的对象显然就是输入流.相反的,能够接收程序送来的字节序列,也就是可以向其中写入字节序列,就是输出流. Java提供丰富的流类家族,实现了各种常用的输入输出操作功能,如文件.内存读写等.InputStream和OutputStream类分别是字节输入/输出流继承体系的

问题缘由: XML反序列化出错,XML 文档(2, 2)中有错误,不应有 <configuration xmlns=''> 解决方法: 其实这个是很简单的,因为一般来说都是XML文档书写错误的问题! 只要把你想反序列化的对象,再序列化为XML文档.之后再对比之前出错的XML文档对比,就知道错误在哪了! private void SerializeObject(string Xmlname) { XmlSerializer ser = new XmlSerializer(typeof(对象类型)

很详细.很移动的Linux makefile 教程 内容如下: Makefile 介绍 Makefile 总述 书写规则 书写命令 使用变量 使用条件推断 使用函数 make 的运行 隐含规则 使用make更新函数库文件 后序 近期在学习Linux下的C编程,买了一本叫<Linux环境下的C编程指南>读到makefile就越看越迷糊,可能是我的理解能不行. 于是google到了以下这篇文章.通俗易懂.然后把它贴出来,方便学习. 后记,看完发现这篇文章和<Linux环境下的C编程指南>

java类序列化成xml 方法[转] 今天看了下JAVA序列化.还是一知半解.怎么也没有弄明白,怎么序列化成XML文件.处入半解状态.在网上找了很多,大部分是理论上的.没有实际的例子.功夫不负有心人,终于找到了.做了下测试终于成功.忍不住记录的下来. JXmlSerializable   是一个利用java反射,通过调用对象中所有以get(不区分大小写)开头的方法除去getClass方法,生成xml格式,希望与大家分享一下     下面是一个parent对象,包含两个child对象  生成的xm

1.txt,xls,doc等文件的使用 f=open("filename","w")   打开一个用于写入的文件,要写入内容时使用f.write("内容") f=open("filename","r")         打开一个用于读的文件,读时使用f.read(),返回读取的到的字符串: f=open("filename","a")        打开的文件既可用于

1.1       文件名操作函数 下面我们要介绍的函数主要是处理文件名的.每个函数的参数字符串都会被当做一个或是一系列的文件名来对待. 1.1.1        取目录函数dir $(dir <names...> ) 名称:取目录函数--dir.功能:从文件名序列<names>中取出目录部分.目录部分是指最后一个反斜杠("/")之前的部分.如果没有反斜杠,那么返回"./".返回:返回文件名序列<names>的目录部分.示例: $

文件的操作介绍 文件打开的方法 主要有两种: no with 格式:open(file, mode='r', buffering=-1, encoding=None, errors=None, newline=None, closefd=True, opener=None) 常用:variable = open('路径\文件',mode,encoding=None) variable.close() #不使用with方法时,在文件操作结束时要关闭文件 with 格式:with open('路径\

文件及目录操作 - touch.tree 1.touch:创建文件或更改文件时间戳 touch命令的功能说明 touch命令用于创建新的空文件或改变已有文件的时间戳属性. touch命令的语法格式 touch [OPTION]... FILE... touch [参数选项] [文件] touch命令的选项说明 touch 选项不常用,就不细说了: touch命令的实践操作 范例1: 创建文件(文件事先不存在的情况) [root@oldboyedu ~]# mkdir -p /test [root

文件系统和文件        文件系统是os用于明确磁盘或分区上的文件的方法和数据结构--即在磁盘上组织文件的方法        计算机文件,是存储在某种长期储存设备或临时存储设备中的一段数据流,并且归属于计算机文件系统管理之下        概括来讲            文件是计算机中由os管理的具有名字的存储区域            在linux 系统上,文件被看做是字节序列 python 打开文件        python内置函数open()用于打开文件和创建文件对象        

1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip unzip Trimmomatic-0.38.zip wget http://www.usa

文件系统和文件 1.文件系统是OS用于明确磁盘或分区上的文件的方法和数据结构---即在磁盘上组织文件的方法: 文件系统模块:os 2.计算机文件(称文件.电脑档案.档案),是存储在某种长期储存设备或临时存储设备中的一段数据流,并且归属于计算机文件系统管理之下: 3.概括来讲: 文件是计算机中由OS管理的具有名字的存储区域: 在Linux系统上,文件被看做是字节序列 python打开文件 1.python内置函数open()用于打开文件和创建文件对象 open('/var/log/message.

在C++中读读写文件一般指的就是磁盘中的文本文件和二进制文件: 文本文件:以字符序列组成的文件 二进制文件:由二进制组成的文件 读写文件采用ofstream和ifstream文件流,两者可用头文件<fstream>包含,具体代码如下: #include <iostream> #include <vector> #include <fstream> using namespace std; int main() { ofstream out;//输出文件 ou

 Makefile的规则 -- 转自 :http://blog.csdn.net/ruglcc/article/details/7814546/ 在讲述这个Makefile之前,还是让我们先来粗略地看一看Makefile的规则.  target... : prerequisites ...           command           ...           ...         --------------------------------------------------