bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fa bwa index 指令更多的用法及 options,通过以

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro

-.gapcloser.fa | > t1.fa bwa index -a bwtsw -p t1 t1.fa >t1.bwa_index.log >& #$ ll #total 292K #-rw-r--r-- XXX Jul : t1.amb #-rw-r--r-- XXX Jul : t1.ann #-rw-r--r-- XXX 98K Jul : t1.bwt #-rw-r--r-- XXX 99K Jul : t1.fa #-rw-r--r-- XXX 25K Jul

一 建立索引 比对之前,需要对fasta文件构建FM-index索引:bwa index -a bwtsw hg19.fasta 生成 hg19.fasta.amb.hg19.fasta.ann.hg19.fasta.bwt.hg19.fasta.pac.hg19.fasta.sa四个文件. 起可参数 -a 有两种构建index算法: bwtsw 大的基因组数据,必须大于10MB,比如人的全基因组. is 默认的算法,速度较快,需要较大的内存,不能构建大于2GB的数据库 -P  str  输出数

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

bwa的使用需要两中输入文件:    Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)    Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File    bwa index -a bwtsw reference.fabwa index 指令更多的用法及 options,通过以下的

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge ) ht

BWA算法简介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装: # installing BWA .tar.bz2 -C /opt/biosoft/ cd /opt/biosoft/bwa-/ make echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/bwa-0.7.10' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc BWA使用步骤: 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack

名称    bwa –   Burrows-Wheeler  Alignment Tool 内容摘要描述命令行与选项SAM 比对格式短序列比对注意事项  比对精确性  估计插入大小分布  内存需求  速度Bwa-0.6中的改变其他作者引用与授权历史 摘要 b w a   i n d e x   r e f . f ab w a   m e m   r e f . f a   r e a d s . f q   >   a l n - s e . s a mb w a   m e m   r e

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools 1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make 2.Samtools的安装a.下载Samtools (download from Samtools Source Forge )

http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml http://www.plob.org/?p=25 bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq) step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File bwa

一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

ICP技术是在MySQL5.6中引入的一种索引优化技术.它能减少在使用 二级索引 过滤where条件时的回表次数 和 减少MySQL server层和引擎层的交互次数.在索引组织表中,使用二级索引进行回表的代价相比堆表中是要高一些的.相关文档地址:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/index-condition-pushdown-optimization.html Index Condition Pushdown optimization is use

<li v-for="(el,index) in event" v-bind:class="{ 'm-swipe-active': !index}"></li> index来源于v-for,el表示遍历的数组的元素,index表示索引.index从0开始,所以第一项!0就是true,这样就可以添加m-swipe-active这个类.

需要开启Apache2的rewrite模块 1.打开/etc/apache2/apache2.conf 将文件中的AllowOverride None改为AllowOverride All 2.修改mods-enable配置,添加一个软件链接 cd /etc/apache2/mods-enable ln -s ../mods-avaiable/rewrite.load rewrite.load 3.在项目根目录下添加.htaccess文件,修改rewrite规则 <IfModule mod_re

前言 本节我们再来穿插讲讲索引知识,后续再讲数据类型中的日期类型,简短的内容,深入的理解,Always to review the basics. 强制索引查询条件 前面我们也讲了一点强制索引查询的知识,本节我们再来完整的讲述下 (1)SQL Server使用默认索引 USE TSQL2012 GO SELECT * FROM Sales.Orders 上述就不用我再啰嗦了,使用默认主键创建的聚集索引来执行查询执行计划. (2)SQL Server使用强制索引 USE TSQL2012 GO S

类别 时机 函数 建Heap vetex buffer 在Draw函数中 ID3D12GraphicsCommandList::IASetVertexBuffer 否 index buffer 在Draw函数中 ID3D12GraphicsCommandList::IASetIndexBuffer 否 constant buffer 在Draw函数中 ID3D12GraphicsCommandList::SetGraphicsRootSignature 是

thinkphp URL_MODEL=2,访问链接http://i.cnblogs.com/Online/index.html  报错: Not Found The requested URL /online/index.html was not found on this server. =0的访问http://i.cnblogs.com/index.php/Home/Test/test 改为2,去掉了index.php,并且实现了伪静态(URL重写). 重写方法:1.配置config.php

首先按照升序排列好盒号和盒质量,使其一一对应, 盒号    盒重量    随机值rand()     随机值大小排列rank 1         2001       0.01                10 2         2002       0.59                 4 3         2003       0.58                 5 4         2004       0.64                 3 5         2

Given an array of integers with possible duplicates, randomly output the index of a given target number. You can assume that the given target number must exist in the array. Note: The array size can be very large. Solution that uses too much extra sp