使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子  2017-06-12 09:42:47     293     0     0 Trinity 将测序数据分为许多独立的de Brujin graph,理论上每一个图对应一个表达的基因. 整个流程分为三个步骤:Inchworm, Chrysalis, and Butterfly Inchworm: 从reads中提取所有的重叠k-mers,根据丰度递减的顺序检查每个k-mers,然后将重叠的k-mers延长到不能再延长,称为一个contig C

xls表格 拼接字段 拼json =CONCAT("{ code:'",A2,"',","codeName: '",B2,"',","flag: '",C2,"'},")

转载:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201241014835362/ http://blog.sina.com.cn/s/blog_4476400f0100iq0x.html   EST----对EST序列进行冗余查找,利用CD_HIT软件聚类,快速批量去除冗余序列 est-trimer(去掉帽子和尾巴,去掉太短而不可信的) RepeatMaster(去掉转座子等重复) seqclean(去除载体,线粒体叶绿体等序列) CAP

(1)SharePreferences: 存入: SharedPreferences setter = this.getSharedPreferences("spfile", 0);            SharedPreferences.Editor editor = setter.edit();            editor.putString("name", et.getText().toString());            editor.put

1.如何在allegro中取消花焊盘(十字焊盘) set up->design parameter ->shape->edit global dynamic shape parameters->Thermal relief connects ->Thru pins ,Smd pins -> full contact 2.allegro 中如何设置等长 setup -> constraints->electrical->net->routing-&

[题目链接] http://poj.org/problem?id=3080 [题目大意] 求k个串的最长公共子串,如果存在多个则输出字典序最小,如果长度小于3则判断查找失败. [题解] 将所有字符串通过拼接符拼成一个串,做一遍后缀数组,二分答案,对于二分所得值,将h数组大于这个值的相邻元素分为一组,判断组内元素是否覆盖全字典,是则答案成立,对于答案扫描sa,输出第一个扫描到的子串即可. [代码] #include <cstdio> #include <cstring> #inclu

面对这个问题 我最多做到表面笑嘻嘻 …… 真不知道测试怎么那么…… 啥都能给你测出来 有的没的都能给你测出来 算了算了  谁让本仙女本精灵本可爱温柔大方善解人意呢 …呵呵呵 ————————————正文开始了———————————— 这是一个动态更换登录页面背景图的功能 但是如果客户的相对应的文件夹没有更换过图片的话 就要有默认显示的图片 logoBg就是默认显示的图片 logoUrl是客户更换的背景图 最初的代码是这个样子的 工具文件: html引入 import {validateImage

前言: TCP协议是计算机的基础,他本身是一个非常非常复杂的协议. 本文只是蜻蜓点水,将从网络基础以及TCP的相关概念介绍开始,之后再将三次握手,四次挥手这些内容来阐述. 最后介绍一些常见问题,并给出解答. 网络分层 在实际的网络中,我们是四层网络结构: 网络传输层 网络传输层负责最底层的底层链路连接.两台主机之间进行互联,基于网线的物理硬件上的协议.在这个侧面,主机与主机之间只认得硬件mac编码.并不认识IP. 网络层 IP就是在网络层出现的,就像网络上,每个机器的地址.网络层可以理解为快递,

数组:是由一组具有相同数据类型的数据组合而来. 数组定义:元素类型修饰符 数组名[数组个数]={元素1,元素2....};  int arr[ 2 ]={1,2};    //正确 int arr[ 2 ]={1,2,3};     //错误,越界 其中,数组定义时,长度表示可以省略,如果省略,长度直接由元素的个数决定 int arr[ ]={1,2,3};   //该数组长度是3 数组的使用: 访问:数组下标从0开始,范围[0,元素个数-1] 随机数产生:arc4random%(m-n+1)+

HttpURLConnection 在这请求方式是Java包中的: AndroidManifest.xml配置权限: <!-- 访问网络是危险的行为 所以需要权限 --> <uses-permission android:name="android.permission.INTERNET" /> <!-- 设置壁纸是危险的行为 所以需要权限 --> <uses-permission android:name="android.perm

1  OpenStack高可用介绍 1.1  无状态和有状态服务 无状态服务指的是该服务接收的请求前后之间没有相关关系,接收并处理完该请求后不保存任何状态,在OpenStack的服务中常见的无状态服务有:nova-api.glance-api.keystone-api等服务,大部分都是一些用于接收请求的服务. 有状态服务跟无状态服务相反,它对后续请求的处理依赖于上一次请求的结果,保存了上一次请求处理的结果.在OpenStack的服务中常见的有状态服务有:数据库服务.高级消息队列服务等服务. 对于

01.自定义属性 1.自定义属性: 作用:保存数据 通用的自定义属性的前缀 data-属性="属性值" 注:自定义的属性不能通过 元素.属性 取属性值 ,需使用getAttribute(); 2.自定义属性的获取 元素.getAttribute('data-url'); 3.设置 节点.setAttribute('属性名称','修改后的属性值'): (修改后的属性值是一个变量的时候,不加引号) 4.删除 元素.removeAttribute('data-url'); 简单测试:<

一.介绍 Less (Leaner Style Sheets 简洁的样式表) 是一门向后兼容的 CSS 预处理语言,它扩展了CSS 语言. less is more. 好处: 1.具有部分编程语言的功能,提高编码效率 2.提供模块化 3.结构清晰.易于拓展 4.完全兼容 css 缺点: 1.学习成本提高了些 2.让调试变的复杂起来(但其实有办法解决,不赘述了) 几种 css 预处理语言的诞生先后顺序: Sass 诞生于 2007 年,Ruby 编写,其语法功能都十分全面,可以说它完全把 CSS

一直以来处理modis产品都是用的 modis conversion toolkit(MCTK),用 IDL 来跑感觉好像也没什么问题,好像并没有去验证结果到底对不对,因为用的气溶胶数据 MOD04_L2,没法验证到底对不对,不像反射率数据可以对照地图影像. 流程也都是重投影--重采样--拼接--裁剪,其实应该也没有问题,因为最主要的步骤重投影是通过 MCTK 做的,错不了. 那么问题来了,为什么重投影是最重要的呢? MODIS产品都是正弦投影 sinusoidal 投影坐标系,而我们一般要用的

DP&图论  DAY 1  下午  区间和序列上的DP 序列上的DP >序列上的dp状态设计最基本的形式 F[i]表示以 i 结尾的最优值或方案数.◦ F[i][k]表示以 i 结尾附加信息为k的最优值或方案数.◦当然可以有多维附加信息.◦转移的话往往是枚举上一个断点.◦ F[i]=max { F[j]+ w(j+1,i) | j是一个满足转移条件的断点}.◦另一个很常见的是: f[i][j]前i个位置分成j段/选出j个的最优值.◦这是最简单的一类序列上的dp. >bzoj1003◦有

今天是赵和旭老师讲课(也是 zhx) 动态规划 利用最优化原理把多阶段过程转化为一系列单阶段问题,利用各阶段之间的关系,逐个求解(有点像分治?) 更具体的,假设我们可以计算出小问题的最优解,那么我们凭借此可以推出大问题的最优解,进而我们又可以推出更大问题的最优解.(要满足最优子结构) (从小问题答案推到大问题的答案) 而最小的问题也就是边界情况我们可以直接计算出答案来. 动态规划的状态 动态规划过程中,需要有状态表示和最优化值(方案值). 状态表示:是对当前子问题的解的局面集合的一种(充分的)描

Allegro PCB 1.如何在allegro中取消花焊盘(十字焊盘) set up->design parameter ->shape->edit global dynamic shape parameters->Thermal relief connects ->Thru pins ,Smd pins -> full contact 2.allegro 中如何设置等长 setup -> constraints->electrical->net-&

从头到尾都是手码的,文中的所有示例也都是在Pycharm中运行过的,自己整理笔记的最大好处在于可以按照自己的思路来构建矿建,等到将来在需要的时候能够以最快的速度看懂并应用=_= 注:为方便表述,本章设s为pandas.core.series.Series的一个实例化对象,设df为pandas.core.frame.DataFrame的一个实例化对象 1. Pandas简介 Pandas是基于NumPy的python数据分析库,最初被作为金融数据分析工具而开发出来,因此Pandas为时间序列分析提

网络编程之C10K 虽然在过去的十几年里C10K问题已经可以很好的解决,但学习网络编程时研究C10K问题仍然价值巨大,因为技术的发展都是有规律和线索可循的,了解C10K问题及其解决思路,通过举一反三,或许可以为以后面对类似问题提供更多可借鉴的思想和解决问题的实践思路. HTTP Server 是什么 当我们用浏览器打开一个网页的时候,浏览器想服务器发出了一个使用 HTTP 协议描述请求信息的 TCP 连接.服务器收到了这个连接后就去寻找相应的资源,找到后仍然按照 HTTP 协议把它包装好,并通过

​ IoC不是一种技术,只是一种思想,一个重要的面向对象编程的法则,它能指导我们如何设计出松耦合.更优良的程序.传统应用程序都是由我们在类内部主动创建依赖对象,从而导致类与类之间高耦合,难于测试:有了IoC容器后,把创建和查找依赖对象的控制权交给了容器,由容器进行注入组合对象,所以对象与对象之间是松散耦合,这样也方便测试,利于功能复用,更重要的是使得程序的整个体系结构变得非常灵活 IoC很好的体现了面向对象设计法则之一-- 好莱坞法则:"别找我们,我们找你":即由IoC容器帮对象找相应