这是博客改版的第一篇博文,选择最近使用的生物信息学软件——circos开始写起.circos是用perl写的生物软件,从发表的文章来看 学习circos主要是熟悉配置文件的编辑方法,搞清楚其中的标签.参数的含义.只有完全清楚了这些东西才能够轻松自如的让circos绘制出主要用于基因组序列的可视化(绘制基因组圈图),至少目前我是用来干这个事情的.现在circos也被其他领域模仿用来做很多图形. 你想要的图片.如果你的英语基础还不错,推荐直接到官方网站看教程,一遍看教程一遍练习上手会很快(官方教

生物医学大数据 精准医疗 研发药物:特异性靶点&过表达靶点 Encode &roadmap找组织特异性的表观遗传学标记.TF.DNA甲基化的动态变化等信息. 生物大数据的标准化与整合----降维分析---聚类和功能分析----多组学----结合临床病理分型----生物信息学可视化分析(描述&预测) Regulation network:Multiple&dynamic&balance 单细胞测序:single-cell RNA-seq 大数据应用:将基础研究与临床医

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装.long insert library; preprocessed; Overlap-Layout-Consensus algorithm 混合de novo组装.combination of PacBio and short read d

Windows7环境下Circos使用教程 一.下载安装软件包 1.strawberry perl 因为Circos软件是依赖perl语言编译环境的,但是windows环境下默认是没有perl的,所以需要先安装perl编译环境才能正常运行Circos. (1).下载perl软件地址:http://www.perl.org.然后选择download菜单. (2).进入download菜单页面,会有三种操作系统的下载文件,我们选择windows,推荐下载strawberry perl这个版本. (3

2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+:可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测.   临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物.结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得能鉴定和描述基于宏基因组的天然产物途径,该过程与研究结果是天然产物研究领域中在近二十年来较为创新的技术.为使

Circos官网   http://circos.ca 在线绘图工具    http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/ Circos图的诞生 Circos图诞生于2009年,当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research(最新IF:9.944)上,其作者是Martin Krzywinski,可为“Circos之父”,我们姑且尊称他为“马老师”.从那时出现开始便多次出现在国际知名杂志,比如Nature.Science.Cell上.截

生命组学: 细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排. 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过一维发现特殊三维结构,再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg:基因保守与保守空间结构vs非保守空间结构,同时找两种不同结构的物理位置分布),并向应用上扩展. 重测序与泛基因组的差异在于,重测序是将新测得的genome与referencegenome比较,辨别其中的差异,而泛基因组是将同一个物种中不

目录 一.前沿概述 二.主要结果 重测序.组装与注释 泛基因组 SV特征 PAV与古多倍化,WGD事件 基因SV与基因融合 SV与大豆驯化 SV影响基因表达及其与性状关联 一.前沿概述 Pan-Genome of Wild and Cultivated Soybeans DOI:10.1016/j.cell.2020.05.023 2020年田志喜老师和梁承志老师强强联合发表大豆泛基因组,这篇文章具有里程碑意义,预示着作物泛基因组时代到来.今年水稻泛基因组同样的策略发在cell. 大豆泛基因组的

目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology) 2015年2月:大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显降低(Nature Biotechnology) 2017年8月:GWAS解析大豆重要性状网络(Genome Biology) 2018年8月:中国国审大豆品种中黄13的基因组完成(Science China Life Science

目录 一.来源 二.结果 一.来源 Whole-genome resequencing of 292 pigeonpea accessions identifies genomic regions associated with domestication and agronomic traits. Nat Genet. 2017 Jul;49(7):1082-1088. doi: 10.1038/ng.3872. Epub 2017 May 22. 单位:ICRISAT 二.结果 292 份木

目录 一.来源 二.结果 683份材料重测序 地方种landraces和育种品系breeding lines的多样性 表型和基因-环境互作(G by E) 菜豆产量潜力相关的MTAs(显著关联位点) 一.来源 Resequencing of 683 common bean genotypes identifies yield component trait associations across a north–south cline. January 2020 Nature Genetics

目录 研究一:G19833组装,2014NG 研究二:BAT 93组装,2016 genome biology 菜豆属(Phaseolus L.)为同源二倍体作物,包含有80 多个物种,多数为野生种,仅有5 个栽培种,分别为普通菜豆(P. vulgaris L.).多花菜豆(P. cocineus L.).利马豆(P. lunatus L.).丛林菜豆(P. dumosus L.)和宽叶菜豆(P. acutifolius L.),其中普通菜豆在世界范围内种植范围最广.栽培面积最大.食用人群最多.

目录 一.来源 二.结果 扁豆的染色体水平高质量组装 扁豆相关农艺性状的QTL定位 直系/旁系同源的演化和物种形成事件 与农艺性状相关基因的直系同源物 群体结构分析揭示扁豆遗传簇 豆荚发育过程中的基因表达 一.来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article nu

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque

NextPolish由未来组开发对基因组序列进行polish的工具,对三代以及二代均可进行polish. gituhp地址:https://github.com/Nextomics/NextPolish 基因组进行de novo组装后,得到contig,必须使用三代(尤其是没有consensus,比如minimap2+miniasm),二代进行纠错.NextPolish是一个非常不错的选择,同时支持三代,二代,hifi进行纠错. 1 安装 本次安装的最新版本为v1.3.1, 下载后 tar -v

目录 1. 简介 2. BLUP类模型 3. Bayesian类模型 4. 机器学习 5. GWAS辅助的GS 6. 杂交育种 7. 多性状 8. 长期选择 9. 预测准确性评估 10. GS到植物育种 11. 未来展望 2020年10月张志武老师联合多家单位的大佬撰写的植物GS育种的最新进展,目前还只是预印版(改到第二版).这篇综述涉及到GS在植物领域应用的最新进展,长达48页.不同于其他的综述描写空洞宽泛,这一篇特别对模型方法进行了介绍,正好解决了我的需求.缺点就是可能重点说明了他们自己开发

前言: 不要问我框架为什么从收费授权转到免费开源,人生没有那么多为什么,这些年我开源的东西并不少,虽然这个是最核心的,看淡了就也没什么了. 群里的网友:太平说: 记得一年前你开源另一个项目的时候我就说过 这么多年 秋天有两点没变 一是还是单身 另外一个就是cyq.data还没开源 终于等到开源了! 也许吧,只有把cyq.data最终开源了,才能解决单身问题,不然我在这上面花的时间太多,都没时间和妹子聊天了. 几个重要网址: 源码SVN地址:https://github.com/cyq1162/c

经过努力终于发现了最新的 解决cocoaPods安装的办法: taobao Gems 源已停止维护,现由 ruby-china 提供镜像服务 第一步:安装rvm, 不管需不需要升级ruby,rvm可以让你拥有多个版本的Ruby,并且可以在多个版本之间自由切换.如果已经安装过跳到第2步(rvm -v 查看是否安装) $ curl -L get.rvm.io | bash -s stable //需要等一会 $ source ~/.bashrc $ source ~/.bash_profile 等待

这几天一直在折腾在Linux下的ASP.NET 5,就下在看来在其它操作系统中ASP.NET 5或.NET应用,要想在完整的MS VM(CoreCLR)上运行还不远远达不到,应用的效果. 目前只能在Mono的CLR上跑,但是基本上能够完整的运行ASP.NET 5的各种框架和应用了. 如今.NET开源了,大家都在关注.Net能否完整的在Linux下运行,我整理了下这几天的安装过程. 以下我使用了Ubuntu 15 和 CentOS 7 进行了部署: 安装Mono 1.首先使用命令更新软件源: Ub