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CNVnator 个体合并群体
2024-08-31
使用CNVnator分析动植物群体拷贝数变异CNV
目录 1.安装 2.测试 3.动植物群体检测CNV 知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发,对于动植物重测序分析有些尴尬.不过好在植物群体研究不必那么精细,用同样的工具也可做分析. 地址:https://github.com/abyzovlab/CNVnator 1.安装 建议直接用conda. conda create -n cnv cnvnator conda activate cnv 查看帮助: $ cnvnator Not enough parameters. CNVnato
PMBOK 指南 第三章 项目经理的角色
项目经理的角色 3.1 概述 项目经理类似于交响乐团的指挥 成员与角色 在团队中的职责 知识和技能:具备项目管理知识.技术知识.理解和经验. 3.2 定义 项目经理是由执行组织委派,领导团队实现项目目标的个人. 3.3 影响力范围 3.3.1 概述 项目经理的影响力范围示例 3.3.2 项目 领导项目团队实现项目目标和相关方的期望.利用可用资源,以平衡相互竞争的制约因素: 项目发起人.团队成员与其他相关方的沟通者. 与团队和发起人等相关方沟通的能力: 通过多种方法(口头.书面和非言语)培养完善的
GWAS中的名称概念
基因: 是指决定生物某一遗传性状的染色体DNA片段 基因型: `基因型`又称`遗传型`,是某一生物个体全部基因组合的总称.它反应生物体的遗传构成,即从双亲获得的全部基因的总和.遗传学中具体使用的基因型,往往是指某一性状的基因型.两个生物只要有一个基因座不同,那么它们的基因型就不相同,因此基因型指的是一个个体所有等位基因的所有基因座上的所有组合. `基因型`是生物性状表型的内在遗传基础,是肉眼看不到的,只能通过杂交试验根据表型来推断 单倍型 是`单倍体基因型`的简称,在遗传学上是指在同一染色体上进
PMP--1.6 项目经理
本节都是理论的东西,可以在管理没有思路的或者管理陷入困境的时候当做提升或解决问题的思路来看. 一.项目经理 1. 项目经理.职能经理与运营经理的区别 (1)职能经理专注于对某个职能领域或业务部门的管理监督. (2)运营经理负责保证业务运营的高效性. (3)项目经理是由执行组织委派,领导团队实现项目目标的个人. 基于组织结构,项目经理可能向职能经理报告. 而在其他情况下,项目经理可能与其他项目经理一起,向 PMO.项目组合或项目集经理报告. 2. 项目经理能力(特性)概述 --知
De novo 测序基础知识
名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl
SNPs & MAF
SNPs,全称是single nucleotide polymorphisms,SNPs等位基因频率的容易估计.采用混和样本估算等位基因的频率是种高效快速的策略.该策略的原理是:首先选择参考样本制作标准曲线,然后将待测的混和样本与标准曲线进行比较,根据所得信号的比例确定混和样本中各种等位基因的频率. SNPs概念 在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性.即:在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象. 只涉及到单个核苷酸碱基
Hello World -- 第一篇博客
今年注定是不寻常的一年,因为技术,接触了许多大牛.通过一篇篇博文,看到了大牛们勤奋好学.孜孜不倦的精神,于是决定也开个博客,向大牛学习. 博客开了,写点什么呢?奈何肚子里墨水不多,吐出来也多是白沫,不如写写自己的学习心得,一来可以鼓励自己,再者,也能给后来人提供些许思路. 第一篇博客,不谈实质,就谈谈虚的.把上周末码的一点文字发上来,以下: 活着的意义: 昨天看了一天的<封神纪>漫画,终于看完了,感觉像完成了一件自己感兴趣的事情,内心非常满足. 平时我们总是工作很忙,但不知道或者忘了自己真正忙
NGS概念大科普(转)
NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的
ES6躬行记(2)——扩展运算符和剩余参数
扩展运算符(Spread Operator)和剩余参数(Rest Parameter)的写法相同,都是在变量或字面量之前加三个点(...),并且只能用于包含Symbol.iterator属性的可迭代对象(iterable).虽然两者之间有诸多类似,但它们的功能和应用场景却完全不同.扩展运算符能把整体展开成个体,常用于函数调用.数组或字符串处理等:而剩余参数正好相反,把个体合并成整体,常用于函数声明.解构参数等.此处的整体可能是数组.字符串或类数组对象等,个体可能是字符.数组的元素或函数的参数等.
scrum学习笔记
http://www.scrumcn.com/agile/scrum-knowledge-library/scrum.html#tab-id-1 推荐电子书 <Scrum精髓_敏捷转型指南>.<凤凰顶目一个IT运维的传奇故事> 定义 SCRUM 是一个用于开发和维护复杂产品的框架 Scrum 是一个用于开发和维护复杂产品的框架 ,是一个增量的.迭代的开发过程.在这个框架中,整个开发过程由若干个短的迭代周期组成,一个短的迭代周期称为一个Sprint,每个Sprint的建议长度是2到4
PMP:3.项目经理角色
成员角色:整合指挥者 在团队中的职责:负终责 知识技能:综合技能&沟通 定义: 职能经理专注于对某个职能领域或业务部门的管理监督. 运营经理负责保证业务运营的高效性. 项目经理是由执行组织委派,领导团队实现项目目标的个人. 影响力: 项目:项目经理领导项目团队实现项目目标和相关方的期望.项目经理利用可用资源,以平衡相互竞争的制约因素.( 沟通.协调,人际关系) 组织:(与其他项目经理,与职能经理,项目集经理,项目组合经理,PMO,组织经理,主题专家,商业分析人员互动,整取资源,或
CPS(Cyber-Physical Systems)白皮书-摘选
<中国制造2025>提出,“基于信息物理系统的智能装备.智能工厂等智能制造正在引领制造方式变革”,要围绕控制系统.工业软件.工业网络.工业云服务和工业大数据平台等,加强信息物理系统的研发与应用.<国务院关于深化制造业与互联网融合发展的指导意见>明确提出,“构建信息物理系统参考模型和综合技术标准体系,建设测试验证平台和综合验证试验床,支持开展兼容适配.互联互通和互操作测试验证.”当前,<中国制造2025>正处于全面部署.加快实施.深入推进的新阶段,面对信息化和工业化深度融
Genomic signatures of evolutionary transitions from solitary to group living(独居到社会性的转变)
1.摘要 群居性的进化是进化的主要过渡之一,但其背后的基因组变化是未知的.我们比较了10种蜜蜂的基因组,它们的社会复杂性各不相同,代表了社会进化中的多种独立过渡,并报告了三项主要发现. 第一,许多重要的基因显示出中性进化的证据,这是随着社会复杂性的增加而放松选择的结果. 第二,没有单一的通往群居社会的路线图;社会性中的独立进化过渡具有独立的遗传基础. 第三,尽管这些转变在细节上明显独立,但它们确实具有类似的一般特征,包括受约束蛋白质进化的增加,伴随基因调控潜力的增加,以及转座因子多样性和丰度的减
响铃:蜗牛读书“文”、网易云信“武”:游戏之外网易的AB面
文|曾响铃来源|科技向令说(xiangling0815) 2019年开年,网易又"搞事情"了. 近日,网易集团旗下网易云信.网易七鱼主办的"网易MCtalk泛娱乐创新峰会"(以下简称"MCtalk峰会")在北京幻艺术中心举行. 从议程设置看,一边,是泛娱乐产品的内容.应用与商业模式探究(由网易蜗牛读书等产品参与分享),另一边,是技术迭代带来的产品机会交流(由网易云信等技术主体参与分享),"台前"+"幕后",
帕累托分布(Pareto distributions)、马太效应
什么是帕累托分布 帕累托分布是以意大利经济学家维弗雷多·帕雷托命名的. 是从大量真实世界的现象中发现的幂次定律分布.这个分布在经济学以外,也被称为布拉德福分布. 帕累托因对意大利20%的人口拥有80%的财产的观察而著名,后来被约瑟夫·朱兰和其他人概括为帕累托法则(80/20法则),后来进一步概括为帕累托分布的概念. 帕累托分布的概述 19世纪末期,意大利经济学家维弗雷多·帕累托认为,贫与富的存在,既是经济问题,也有政治原因. 帕累托在研究英国人的收入分配问题时发现,绝大部分社会财富最终总会流
全基因组测序 从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)
全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I
Linus与陈庆
Linus 1969年末,李纳斯出生于芬兰的赫尔辛基市,算是赶上了60后的尾巴.小时候他是个其貌不扬的孩子,除了一个鼻子长的「富丽堂皇」之外乏善可陈.他为了让鼻子看上去小一些,经常戴上眼镜就不愿意摘下来,这个策略和现在的很多大脸女生购买三星的 Galaxy Note 手机有异曲同工之妙.幼时的李纳斯不修边幅邋里邋遢,不怎么费劲数学和物理就学得极好,社交圈却一塌糊涂,他母亲经常和别人说,这孩子非常好养,只要把他放到一个有电脑的小黑屋里,然后再往里扔点薯条和意大利面,就行了.李纳斯对此表示认同. 李
虚拟社会(Virtual Society)
虚拟社会(Virtual Society),又称赛博社会(Cyber Society),是指不同网民之间经由计算机.远程通讯终端等技术设备相互连接起来以进行信息的共享.互动与交流,并在其中进行社会交往.社会活动而形成的一种亚社会性质的网络虚拟空间(金吾伦,1997).在一定意义上说,虚拟社会是现实社会的别样表达和延伸(冯斌元,2010).然而,作为一种亚社会形态和模式,虚拟社会有其独特的社会属性,与现实社会有着较为明显的区别.第一,时空的无形化.信息数字技术的发展使人们从物质“原子”时代迈入数字
zz《百度地图商业选址》
作者 | 阚长城 编辑 | 张慧芳 题图 | 站酷海阔 人类几千年的文明催生了城市的发展,计算机与复杂科学带给我们新的资源——大数据.罗马非一日建成,人力和时间成本极大,但试想一下,如果有了大数据,罗马的建成能够缩短多少天呢?如今,城市里藏了大量数据,那么它们到底是什么?又该如何被开采与利用?大数据如何辅助商业选址? 11月29日的数据侠实验室,百度地图资深研发工程师阚长城为大家介绍了如何开发和利用时空地理大数据,并结合百度慧眼的商业案例,解释了大数据在商业选址中的应用.本文是其演讲实录. 大家
Python 包:
分享一波油藏描述方面的Python开源包 前一阵去捷克参加了数学地质年会(IAMG2018),听完汇报,发现在数学地质领域用python的越来越多了,他们的很多成果都是用python做出来的.不管喜不喜欢,这个语言已经成了主流,特别是在人工智能领域,几乎所有的框架都有python接口,用起来很方便.秉承“人生苦短,我用python”的理念,也踏上了python学习之路,尽管感觉C#比python更优雅. 学习python的目的是帮助油气开发的智能化,特别是智能油田管理相关领域,为了避免重复造轮子
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log4j.properties 不同级别输出到不同文件
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ts中react hooks自定以子组件props属性
spring mvc附加的constraint