使用open babel产生小分子多重构象的方法有两种: 1. 使用遗传算法(Genetic algorithm)进行构象搜索,属于系统式搜索最低能量构象的方法 obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法 以下命令可以为小分子产生30个小分子构象,然后使用 -writeconformers 参数将所有的构象写成输出结构文件: obabel startingConformer.mol2 -O ga_conformers.sdf --conformer

时间不充分,简单记录下自己实践过程中的做法: 1. 首先,非标准残基都需要转换成.params文件,使用 <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n TPP TPP.mol2 --chain=F --clobber 转换,此命令会产生TPP_0001.pdb和TPP.params两个文件: 2. 其次,如果配体需要进行构象搜索,可以使用obabel,这个免费且简单,见博客http://w

Purpose: 主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer.主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash进行释放,使整个结构的能量更优. Demos: 关于relax的教程及相关文件可见 <path_to_Rosetta_directory>/demos/tutorials/Relax_Tutoria

SQLSERVER走起微信公众帐号已经开通搜狗微信搜索 请打开下面链接 http://weixin.sogou.com/gzh?openid=oIWsFt-hiIb_oYqQHaBMoNwRB2wM 可以查找所有历史文章,也可以关注本公众帐号,在电脑浏览器上看更方便! 可以看到最近推送的文章一目了然 妈妈再也不用担心我找不到历史文章了o(∩_∩)o  关注我

注意事项:首先要保证部署solr服务的Tomcat容器和检索solr服务中数据的Tomcat容器,它们的端口号不能发生冲突,否则web程序是不可能运行起来的. 一:solr服务的端口号.我这里的solr服务的tomcat容器的端口号已经修改为8083: 二:检索solr服务中数据的tomcat容器的端口号.我这里是8080: 最后必须要保证2个容器能正常访问. 需求:使用Solr实现电商网站中商品信息搜索功能,可以根据关键字搜索商品信息,根据商品分类.价格过滤搜索结果,也可以根据价格进行排序,实

这是一个很久以前的例子,现在在整理资料时无意发现,就拿出来再改写分享. 1.需求 1.1 基本需求: 根据输入的地址关键字,搜索出完整的地址路径,耗时要控制在几十毫秒内. 1.2 数据库地址表结构和数据: 表TBAddress 表数据 1.3 例子: e.g. 给出一个字符串如“广 大”,找出地址全路径中包含有“广” 和“大”的所有地址,結果如下: 下面将通过4个方法来实现,再分析其中的性能优劣,然后选择一个比较优的方法. 2.创建表和插入数据 2.1 创建数据表TBAddress use te

在做搜索框的时候无意间发现html5的input里有个placeholder属性能轻松实现提示文字点击消失功能,之前还傻傻的在用js来实现类似功能... 示例 <form action="demo_form.asp" method="get"> <input type="search" name="user_search" placeholder="我是提示文字 在此输入文本我会消失" /

题目大意:有n个木块排成一行,从左到右依次编号为1~n.你有k种颜色的油漆,其中第i种颜色的油漆足够涂ci个木块.所有油漆刚好足够涂满所有木块,即c1+c2+...+ck=n.相邻两个木块涂相同色显得很难看,所以你希望统计任意两个相邻木块颜色不同的着色方案. 题解:看到数据范围第一个想到的就是dp.但5^15显然不现实.注意到ci相等的颜色本质上是相同的,于是可以记忆化搜索. 时间复杂度:O(15^5) 代码: #include<iostream> #include<cstdio>

题目大意: 花花山峰峦起伏,峰顶常年被雪,Memphis打算帮花花山风景区的人员开发一个滑雪项目.    我们可以把风景区看作一个n*n的地图,每个点有它的初始高度,滑雪只能从高处往低处滑[严格大于].但是由于地势经常变动[比如雪崩.滑坡],高度经常变化:同时,政府政策规定对于每个区域都要间歇地进行保护,防止环境破坏.现在,滑雪项目的要求是给出每个n*n个点的初始高度,并给出m个命令,C a b c表示坐标为a,b的点的高度改为c:S a b c d表示左上角为a,b右下角为c,d的矩形地区开始

在Android3.0之后,Google对UI导航设计上进行了一系列的改革,其中有一个非常好用的新功能就是引入的ActionBar,他用于取代3.0之前的标题栏,并提供更为丰富的导航效果.ActionBar的主要目的是: 1．提供一个用于识别应用程序的标示和用户的位置的专用空间. 2．在不同的应用程序之间提供一致的导航和视觉体验. 3．突出Activity的关键操作(如"搜索"."创建"."共享"等),并且在可预见的方法内给用户提供快捷的访问.

前言 这次开发的博客主要功能或特点:    第一:可以兼容各终端,特别是手机端.    第二:到时会用到大量html5,炫啊.    第三:导入博客园的精华文章,并做分类.(不要封我)    第四:做个插件,任何网站上的技术文章都可以转发收藏 到本博客. 所以打算写个系类:<一步步搭建自己的博客> 一步步开发自己的博客  .NET版(1.页面布局.blog迁移.数据加载) 一步步开发自己的博客  .NET版(2.评论功能) 一步步开发自己的博客  .NET版(3.注册登录功能) 一步步开发自己

山坡网的用户抱怨"为什么搜索'二鬼子李富贵'找不到'二鬼子汉奸李富贵'?我用百度搜都能找到." 当时我就滴汗了,用户说的有道理,应该要能搜索到. 之前的方案很简单,用户输入的字串会在数据库里做正则表达式匹配,以便用"二鬼子"能搜到"二鬼子汉奸李富贵".事实证明,我想当然了,即便是这么简单的一个书名搜索,也不能马虎. 那就来分析一下怎么做吧,即便不是专业做搜索的,思路上也可以先YY一下.按照本能,先把问题大而化小. 1. 先把搜索字符串进行中文分词

问题 你想用LINQ写一个搜索查询,能被转换成更有效率的SQL.另外,你想用EF的CodeFirst方式实现. 解决方案 假设你有如下Figure 13-6所示的模型 Figure 13-6. A simple model with a Reservation entity            首先,这个例子用EF的CodeFirst方式实现,在Listing 13-10,我们创建实体类Reservation Listing 13-10. The Reservation Entity Obje

Atitit 知识管理的重要方法 数据来源,聚合,分类,备份,发布 搜索 1.1. Rss 简易信息聚合(也叫聚合内容 Really Simple Syndication1 1.1. Rss 简易信息聚合(也叫聚合内容 Really Simple Syndication 什么是RSS    联合供稿(Syndication)RSS是英文Rich Site Summary(丰富站点摘要) 缩写或者Really Simple Syndication(真正简单的整合,对rss2.0而言,是这三个词的缩

带搜索的ComboBox就是给ComboBox一个依赖属性的ItemSource,然后通过数据源中是否包含要查询的值,重新给ComboBox绑定数据源. public class EditComboBox : ComboBox { private bool t = true;//首次获取焦点标志位 private ObservableCollection<object> bindingList = new ObservableCollection<object>();//数据源绑定

空搜索: GET /_search hits: total 总数 hits 前10条数据 hits 数组中的每个结果都包含_index._type和文档的_id字段,被加入到_source字段中这意味着在搜索结果中我们将可以直接使用全部文档. 每个节点都有一个_score字段,这是相关性得分(relevance score),它衡量了文档与查询的匹配程度.默认的,返回的结果中关联性最大的文档排在首位:这意味着,它是按照_score降序排列的.没有指定任何查询,所以所有文档的相关性是一样的,因此所

目录 前言 前台实现 后台实现 总结 一.前言        看到这个题目有人肯定会说这有什么可写的,最简单的我只要用文件系统一个个查找.打开就可以实现,再高级一点我可以提取出所有数据的元数据,做个元数据管理系统就可以实现查找功能,有必要用geotrellis用分布式吗?这不是杀鸡用牛刀吗?理论上是这样的,但是要看我们考虑问题的尺度,如果你只是一些简单的数据用传统方法当然好,省事.省时.简单.速度快,但是当我们将数据的量放大到一个区域乃至全球的时候恐怕事情就不是那么简单了,比如我们有了全球Lan

图的遍历的定义: 从图的某个顶点出发访问遍图中所有顶点,且每个顶点仅被访问一次.(连通图与非连通图) 深度优先遍历(DFS): 1.访问指定的起始顶点: 2.若当前访问的顶点的邻接顶点有未被访问的,则任选一个访问之:反之,退回到最近访问过的顶点:直到与起始顶点相通的全部顶点都访问完毕: 3.若此时图中尚有顶点未被访问,则再选其中一个顶点作为起始顶点并访问之,转 2: 反之,遍历结束. 连通图的深度优先遍历类似于树的先根遍历 如何判别V的邻接点是否被访问? 解决办法:为每个顶点设立一个“访问标志”

原文:Adding Search 作者:Rick Anderson 翻译:魏美娟(初见) 校对:谢炀(Kiler) .孟帅洋(书缘).张仁建(第二年.夏) 在本节中,你可以为 Index 方法添加查询功能,使其能够根据电影的 genre 或 name 进行查找. 更新 Index 方法来开启搜索功能: public async Task<IActionResult> Index(string searchString) { var movies = from m in _context.Mov

对于一个网站来说,无论是商城网站还是门户网站,搜索框都是有一个比较重要的地位,它的存在可以说是 为了让用户更快.更方便的去找到自己想要的东西.对于经常逛这个网站的用户,当然也会想知道在这里比较“火” 的东西是什么,这个时候我们搜索框上的热词就起作用了.其实我觉得这一块的完善会对这个网站带来许多益处. 可能现在比较普遍的做法是把这些相应的信息存到我们的关系型数据库中,如sql server 和 oracle.方便起见 的话,可能每搜索一次就往表里插一次数据,用的时候要先统计数据,统计完后再排序,最