(组装方面):SOAPdenovo ,因为采用de Bruijn graph algorithm算法和stepwise strategy ,所以排错能力高,所以我们获得高质量数据. de Bruijn graph algorithm算法???? reads到contig :多个reads比对,比对后reads之间有重叠(overlap)区,拼接获得的序列称为Contig. contig到scaffold:把mate-pair得到的用于确立位置的短reads和insert组合,将原本孤立的cont

SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法,能组装出类似人类基因组大小的de novo草图. 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads,新的版本减少了在图创建时的内存消耗,解决了contig组装时的重复区域的问题,增加了scaffold组装时的覆盖度和长度,改进了gap closing,更加适用于大型基因组组装. (SOAPdenovo是为了组装大型植物和动物基因组而设计的,同样也适用于组装细菌和真菌,组装大型基因组大小如人类时,可能需要150G内存

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

1. Velvet的安装 Velvet用于基因组的de novo组装,支持各种原始数据,包括Illumina的short reads和454的long reads. 首先下载velvet的安装包,直接使用make命令来编译,即可获得可执行主程序velveth和velvetg.安装如下: $ wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz $ tar zxf velvet_1.2.10.tgz $ cd velvet_1.2.

MVC提供了基本的CRUD Scaffold Template模板,创建视图的时候,只要勾选创建一个强类型视图 , 并选择模型类,就可以选择支架模板了,这些模板包括List,Detail,Create,Edit,Delete,Empty等.这种方式大大简化了实现一个简单的增删改查,但是这些模板过于单一,根本没法直接使用,或者还要花更多的时间去修改,所以还是打造适合自己的模板吧,节省你的时间去和业务打交道. 一.使用nuget安装mvc支架模板 mvc3: Install-Package Mvc3

一,前言: MaterialApp和Scaffold是Flutter提供的两个Widget,其中: MaterialApp是一个方便的Widget,它封装了应用程序实现Material Design所需要的一些Widget. Scaffold组件是Material Design布局结构的基本实现.此类提供了用于显示drawer.snackbar和底部sheet的API.MaterialApp 的 child 是 Scaffold Widget. 二,MaterialApp属性介绍 * 22个参数

Scaffold 包含:appBar.body.floatingActionButton

实现一个应用基本的布局结构. 举个栗子: import 'package:flutter/material.dart'; void main() => runApp(MyApp()); class MyApp extends StatelessWidget { // This widget is the root of your application. @override Widget build(BuildContext context) { return MaterialApp( them

在上一节用一个插件生成了类似rails的scaffold,其实无非就是URLconf+MTV.让我们看看具体都生成了哪些东西. 首先是“入口”的定义即URLconf,打开urls.py: from django.conf.urls.defaults import patterns, include, url from depot.views import hello urlpatterns = patterns('', url(r'^hello/ hello), ) urlpatterns +=

rails有一个无用的”神奇“功能,叫做scaffold.能够在model基础上,自动生成CRUD的界面. 说它无用,是因为rails的开发者David说,scaffold”不是应用程序开发的目的.它只是在我们构建应用程序时提供支持.当你设计出产 品的列表该如何工作时,你依赖于“支架”“生成器”产生创建,更新,和删除的行为.然后在保留这个“动作”时你要替换由“生成器”生成的行为.有时候当你 需要一个快速接口时,并且你并不在乎界面的丑陋,“支架”就足够用了.不要指望scaffold能满足你程序的所

1. 访问 rails i18n 插件的官方网站 ,查看信息http://guides.rubyonrails.org/i18n.html2. 在Gemfile 中加入  测试rails4.2.1不用安装这个gem也可以gem 'rails-i18n' 3. 使用bundle install 来安装4. 配置 config/application.rb[ruby] view plaincopy1. # config/application.rb  2.   config.i18n.load_pa

If you’re just learning Ruby on Rails, you may be confused as to when to generate individual models, resources or scaffolding, and what files are created by each command. Say you want to generate a Test model with a name.  You could either generate t

scaffold是一个高速开发rails应用的代码框架.能够使用一条命令实现CRUD操作. 1: 创建一个应用 rails new scaffoldapp cd scaffoldapp rails s 在浏览器中打开http://localhost:3000/ 2: 创建一个名为blog的Scaffold 使用rails的scaffold创建模版.在此基础上进行添加.删除.改动.查询(CRUD)操作. rails g scaffold blog title:string content:text

如需转载,请注明出处:Flutter学习笔记(15)--MaterialApp应用组件及routes路由详解 今天的内容是Scaffold脚手架.AppBar组件.BottomNavigationBar组件,通过这三个组件,能大体构建出一个app的主页面,顶导和底导. Scaffold(脚手架组件) Scaffold实现了基本的Material Design布局,只要是在Material Design中定义过的单个界面显示的布局控件元素,都可以使用Scaffold来绘制. Scaffold组件属

#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- from __future__ import print_function import argparse import os import re import sys import jinja2 from . import Command class Scaffold(Command): """ Generates an Odoo module skeleton. "&qu

Flutter 目录结构介绍 文件夹 作用 android android 平台相关代码 ios ios 平台相关代码 lib flutter 相关代码,我们主要编写的代 码就在这个文件夹 test 用于存放测试代码 pubspec.yaml 配置文件,一般存放一些第三方库的依 赖. Flutter 入口文件.入口方法 每一个 flutter 项目的 lib 目录里面都有一个 main.dart 这个文件就是 flutter 的入口文件 main.dart 里面的 void main(){ ru

Scaffold   有利于我们快速的构建页面,使用也是十分的方便. 下面记录一下其简单的使用方法 Scaffold( appBar: AppBar( title: Text('课程'), ), body: Text('课程页面'), bottomNavigationBar: BottomAppBar( child: Container( height: , child: Text('), ), ), floatingActionButton: FloatingActionButton( onP

代码如下: import 'package:flutter/material.dart'; void main() { runApp(MaterialApp( title: 'Returning Data', home: HomePage(), )); } class HomePage extends StatelessWidget { @override Widget build(BuildContext context) { return Scaffold( appBar: AppBar(

大家在使用EntityFrameworkCore的DBFirst的脚手架(Scaffolding)时应该遇到过Build Failed的错误,而没有任何提示,我也遇到过不少次,目前已经完美解决并将排查方法分享给大家: (1)对于要使用脚手架的项目,首先要确保项目是可以正常编译运行的,在VisualStudio中Ctrl+Shift+B进行编译,如果报错,则要先处理好. (2)确保引用的EntityFrameWork相关包完整.正确,以下是我使用的版本: Microsoft.EntityFrame

生物信息学 Contig是reads拼成的连续的DNA片段,连续表达一个gene.通过双端测序的contig可确定contig之间的关系得到scaffold,Scaffold是reads拼成的有gap的DNA片段.理想情况下,一条染色体用同一个scaffold的表达.整个genome存在很多零碎片段,可舍弃.因为duplication产生很多overlap. N50,L50和NG50是评价genome assembly的quality的标准,评价长度时使用N50,N50是一个contig的长度.