CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者,拥有比PTRAJ更强大的功能,本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项. 需要的文件: trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj命令可以打开cpptraj,log文件可以在cpptraj.log中找到. $ cpptraj CPPTRAJ: Trajectory Analysis. V16. ___ ___ ___ ___ |

Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology and the necessary force field parameters. inpcrd (or a restrt from a previous run) - a file containi

这篇博文专门讲述 Ambertools15的安装方法,尽管Ambertools16版本已经正是发行了,但两者在安装方式上没有任何区别.比较偏爱Ambertools15的原因主要还是在容量方面(230M),它比Ambertools14改进了不少,但其bz2型压缩容量只增加了27M,而Ambertools16已经有330M了(这个新功能如果在以后应用中涉略较多的话,我在专门开博讨论).网络中对如何安装ambertools较为缺乏,而且介绍非常简单,参考链接[1]和[2]. 在安装时,要了解tools