后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary.    Source code    Linux x86_64 binary http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 下载好后解压,解压后将cuff* 复制到/usr/local/bin中即可. 步骤: 第一步: 产生各自的gtf文件 cufflinks -p 30 -o ROOT

转载▼http://blog.sina.com.cn/s/blog_48462a890102e0nu.html     1.在桌面上新建一个文本文档,如:“新建 文本文档.txt”,方法是:在桌面的空白处右键,选择:新建-文本文档,在文档中含有: @echo off set p=c:\program files\winrar\ "%p%rar.exe" a -sfx -p g:\temp.exe g:\temp @ echo. & pause (命令中红色部分是要压缩的文件,蓝

ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's/\;//g' | cut -f2,6,8 -d" " | sort | uniq > GRCh38.feature.info ENSG00000000003 TS

关于如何在eclipse.myeclipse导入本地注释文件 [xxx.xml]   请看操作方式 下面是code templates文件的内容 注意  把文件中的 @@@@@@@@@@@@@@@  替换为  作者名称即可   各注释详细可在eclipse工具中修改 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?><templates><template a

背景: 随机播放,所有的音乐播放器里面现在几乎都有这个功能吧.但是有没有发现,自己的播放器在选择随机播放的时候,经常会听到重复顺序的歌曲呢?反正我是有这样的感觉,无耐自己平时下的歌曲都是“歌手名—歌曲名”,所以在顺序播放的时候,还是会一连串的听到同一个人的歌曲.选择随机播放,又会遇到重复的顺序(这主要是跟算法有关).最后自己想到的办法就是把自己硬盘上的所有音乐文件重命名成“歌曲名—歌手名”,但是打开查看自己硬盘上的音乐发现,竟然有六百首左右,自己手动改,岂不是要累死. 而且网上的一些批量该文件名

首先我们需要弄清楚proc机制,来看看fs/proc/proc_misc.c这个文件,从入口函数开始看: proc_misc_init(void)         #ifdef CONFIG_PRINTK { struct proc_dir_entry *entry; entry = create_proc_entry("kmsg", S_IRUSR, &proc_root);//这里创建了一个proc入口kmsg if (entry) entry->proc_fops

GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列).而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息. GTF文件我一般喜欢去ensembl下载,gencode也可以. 这里给出链接: ftp://ftp.ensembl.org/pub/r

类注释: 如下图所示

CONTENTS *_annoTable.txt (ANNOVAR) *_annoTable.txt (SnpEff) *_genelist.txt (ANNOVAR & SnpEff) dbNSFP Information We provide here detailed Description about the files outputted from the somatic mutation annotators via ANNOVAR and SnpEff. *_annoTable.t

hg19有哪些染色体? chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chrX chrY chrM 其实还有其他“染色体”,只是我们的研究一般用不到,所以就没有合并进来.比如做同源分析,找变异什么的,还是要选好基因组. gene_type有哪些? cat gencode.v27.annotation

上一节的程序很振奋人心,我们自己实现了一个myprintk打印函数.但是这个函数存在一个致命的缺陷,那就是只能使用一次cat /proc/mymsg命令来读取mylog_buf的值.这是因为读到最后会出现:mylog_r == mylog_w,表示缓冲区为空,下一次就不能在读到数据了.在本节里面我们就着手来解决这个问题,我们要实现的就是每次使用 cat /proc/mymsg 时,都会从头打印.那么我们就需要将入口做一个拷贝,一个保存起来,一个进行变换.这样的话,当下一次读的时候,我们可以将保存

原创文章,欢迎转载.转载请注明:关东升的博客 前面说到Swift注释的语法有两种:单行注释(//)和多行注释(/*...*/).这里来介绍一下他们的使用规范. 1.文件注释 文件注释就在每一个文件开头添加注释,文件注释通常包括如下信息:版权信息.文件名.所在模块.作者信息.历史版本信息.文件内容和作用等. 下面看一个文件注释的示例: /* Copyright (C) 2015 Eorient Inc. All Rights Reserved. See LICENSE.txt for this s

  写在前面 利用vagrant保持开发生产环境一致是一个很好的方法,不过vagrant官网上的box文件下载是真的很慢,因此,这里教大家如何自制box文件. 这篇文章你会接触到: vagrant使用基础 如何定制vagrantfile 如何设置CentOS 7 Virtualbox使用基础 如何利用vagrant打包CentOS 7成box文件 学习前提,已经会使用Virtualbox,并且安装了CentOS 7,如果不会可以看我上一篇文章: VirtualBox下安装CentOS7系统 另外

http://www.fungenomics.com/article/30 [专题]基因组学技术专题(二)-- 为什么说FPKM/RPKM是错的 下载数据 wget是linux下一个从网络上自动下载文件的常用自由工具.它支持HTTP,HTTPS和FTP协议,可以使用HTTP代理.一般的使用方法是: wget + 空格 + 参数 + 要下载文件的url路径,例如: 1wget http://www.linuxsense.org/xxxx/xxx.tar.gz Wget常用参数 -b:后台下载,W

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量.前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了.在算法上来说Stringtie使用的是流神经网络算法,Cufflinks则是吝啬算法:

我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name

Tika常见格式文件抽取内容并做预处理 作者 白宁超 2016年3月30日18:57:08 摘要:本文主要针对自然语言处理(NLP)过程中,重要基础部分抽取文本内容的预处理.首先我们要意识到预处理的重要性.在大数据的背景下,越来越多的非结构化半结构化文本.如何从海量文本中抽取我们需要的有价值的知识显得尤为重要.另外文本格式常常不一,诸如:pdf,word,excl,xml,ppt,txt等常见文件类型你或许经过一番周折还是有办法处理的.倘若遇到database,html,邮件,RTF,图像,语音

当开发者使用 CodeFirst 开发模式,编写了大量的实体类,在代码中编写了完整的类型注释和属性注释,并自动生成数据库后,往往需要把实体类型和实体属性上的注释同时生成到对应的数据库表及字段上.这样,即方便在查看数据库时能清晰地看到每一个表及字段的含义,也方便使用一些第三方的工具(如 PowerDesigner 等)为数据库生成较为全面的文档. 使用方法 在为数据库生成注释之前,需要保证数据库已经全部生成成功(即和实体保持一致).否则更新字段的注释时,可能因为字段不存在而导致执行失败. 需要在编