• Cytoscape一款开源的网络显示和分析软件. 软件的核心部分提供了 网络显示.布局.查询等方面的基本功能. • Cytoscape源自系统生物学,通过Cytoscape,用户可以在可视化的 环境下将这些生物网络跟基因表达. 基因型等各种分子状态信息整合 在一起,还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起. • Cytoscape的核心是网络(图),其中的节点(node)是基因.蛋白 质或分子, 其中的连接则是这些生物结构之间的相互作用.

开发环境:Windows2008 R2 64位+Jdk1.7+Maven3.2.3 前提条件:安装好JDK1.7到C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_67,下载好Maven并解压缩到一个文件夹D:\apache-maven-3.2.3,然后配置两者的环境变量 详细步骤: 1.下载页面: https://github.com/cytoscape?page=1https://github.com/cytoscape?page=2 2.通过下载页面找到对应桌面程序源码下载地址

最近项目要使用到可视化分析工具Cytoscape,所以会花费很多的时间跟精力来整理Cytoscape软件使用和开发的相关资料,希望写下的文章能减少有兴趣的同行学习跟开发所走的弯路时间.同时也是因为百度跟CodeProject的资料太少,所以只能靠官网文档来慢慢摸索,不当之处望指出,大家一起进步. 官网: http://www.cytoscape.org/ 源码网址https://github.com/cytoscape/cytoscape-impl 下载源码并解压缩到D:\cytoscape-i

今天小编和大家分享如何借助Python脚本轻松构建cytoscape导入文件.Cytoscape是一个非常适合展示各种相互作用关系的可视化软件. 具体来说就是可以用于蛋白互作网络的展示,miRNA与蛋白质或者TF与RNA的相互作用等内容的可视化,是一个生信分析不可或缺的神器.但是当要处理的数据比较多,并且需要根据Cytoscape要求整理数据的时候,会不会整理到眼花?不知道你们会不会,反正小编每次都整理得想吐血~~~ 更多Python视频.源码.资料加群960410445免费获取 上一次的利用C

打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件 File ----> Import ----> Network from File 会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:

网络图(Network)看似复杂,其实构成非常简单,网络图是一种图解模型,形状如同网络,故称网络图,由节点(node)和连线(edge)两个因素组成的.其中 node 又分为 source node(源节点)和 target node(目标节点)两个因素组成的.这里的 node 就是我们的基因,edge 就是基因间的相互作用关系.任何网络图都不外乎这些构成成分.知道了网络图的构成之后,再做图分析就很简单了. 节点(node) 所谓的节点,就是我们要分析的基因.在一个网络图当中往往有数十个乃至上百

昨天开始学用Cytoscape,其tutorial分为两个部分,基础的和高级 的.基础教程又分成了四课:Getting Started.Filters & Editor.Fetching External Data和Expression Analysis.为防忘记,做个摘记. 第一课 新手上路 地址:http://wiki.cytoscape.org/Presentations/01_Get_Started Cytoscape可以本地安装,也可以web start.软件得用java,所以要装JR

DBImport V3.7介绍: 1:先上图,再介绍亮点功能: 主要的升级功能为: 1:增加(Truncate Table)清表再插入功能: 清掉再插,可以保证两个库的数据一致,自己很喜欢这个功能. 2:信息栏增加红色部分: 黑色的信息太多,有时候错误信息被淹陌,分拆出来单独红色块标识错误信息,清晰一些. 3:增加保存所有的配置及配置还原: 之前只保存数据库链接的配置,为了第4点,包起了所有的配置,包括表名等. 4:增加自启动参数,用于定时功能的开机启动: 自启动参数为 - true 或 - 1

第0.1节 HTML5和桌面软件开发的碰撞 当我们谈论桌面软件开发技术的时候,你会想到什么?如果不对技术本身进行更为深入的探讨,在我的世界里,有这么多技术概念可以被罗列出来(请原谅我本质上是一个Windows程序员的事实). 操作系统 API.操作系统发展到今日,几乎桌面应用的所有功能,都是基于系统API构建的.调用API和语言及技术无关,哪怕是使用汇编.例如(代码来源于网络,本地重新编译): ;我的第一个win32汇编程序 ;一个经典的hello world !程序 ;>>>>&

一.公司简介山东森普信息技术有限公司(以下简称森普软件)是一家专门致力于移动互联网产品.企业管理软件定制开发的技术型企业.公司总部设在全国五大软件园之一的济南齐鲁软件园.森普SimPro是由Simple+Professional组成,代表着公司一直秉承"森普,专业让管理更简单"的核心理念,致力于为广大的企业.政府客户提供操作简单.功能全面.技术专业的各种信息化产品及技术咨询服务.公司自2003年成立以来培养出了一支高素质,高水平,高专业,经验丰富的IT团队,并通过ISO9001认证(证

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在信息爆炸时代,如何避免持续性信息过剩,使自己变得专注而不是被纷繁的信息所累?每天会看到各种各样的新闻,各种新潮的技术层出不穷,如何筛选出自己所关心的? 各位看官会想,我们是来看开源软件的,你给我扯什么信息干嘛,别着急,听我慢慢道来. 背景 浏览器收藏夹应该是我们在收藏文章.网站的第一个利器,平时遇到喜欢的网站或者文章很方便的收藏到收藏夹中:很快我们的收藏夹就满了,于是就像我这样,创建文件夹来分组两层.三层都有: 有的也会借助百度首页导航这样的一些功能来整理自己收藏的网站,以前我记得QQ还有一款

近年来,企业级软件开发市场暗流汹涌,呈现出多种态势.软件开发团队规模趋于小型化,工作方式趋于快捷化,超过半数的软件开发者在工作中会选择使用易用的软件开发工具.随着流程管理越来越受到企业的重视,流程开发亦成为近年来炽手可热的软件开发项目之一. 然而,以往的流程项目通常采用开源流程平台或纯代码开发,表面上减少了费用,实际总体成本更高,一般存在项目周期不可控,项目质量不可控,交付产品扩展性差,后期维护难度大等问题.如今,H3 BPM作为优秀的流程开发工具,为软件开发者提供了优秀的解决方案. 易学易用,

随着互联网+.中国制造2025.工业4.0等国家战略的支持与引导,企业在数字经济时代的信息化表现惊人,越来越多企业认识到,对于企业的发展来说,信息自动化远远还不够,企业的战略.业务和IT之间需保持高度一致,在苦练IT外功的同时,强化管理内功,才能大力提升企业运营效率与质量. 如何帮助企业提高管理质量与效率,被誉为架起了企业业务部门与IT部门之间的沟通桥梁的BPM的人气似乎越来越旺.然而,虽然BPM在世界500强企业中已占据半壁江山,国内BPM的市场份额仍不容乐观. BPM到底是哪路神仙 谈到BP

我是小林,一名普通的软件工程师,从事BPM(业务流程管理)软件开发工作.我没有几十年的技术底蕴,无法像大牛们一样高谈阔论,品评BPM开发之道:也不是资深的流程管理专家,能与大家分析流程管理的时弊.我只是一名有着一轮工作经历的软件开发者,更准确说是流程开发者,有那么几次特殊的经历,可以窥探一丝BPM开发的发展轨迹. 2004年,我初入软件行业.当时,国内BPM软件产品大多还处在概念阶段,它们基本都是非常专业的中间件级产品,复杂的状态机.活动.事件等概念充斥其中,只有高水平的开发实施人员才能驾驭.而

敏捷软件开发:又称敏捷开发,是一种从1990年代开始逐渐引起广泛关注的一些新兴软件开发方法,是一种应对快速变化的需求的一种软件开发能力. 与传统软件工程相比,它们的具体名称.理念.过程.术语都不尽相同,相对于"非敏捷",更强调程序员团队与业务专家之间的紧密协作.面对面的沟通(认为比书面的文档更有效).频繁交付新的软件版本.紧凑而自我组织型的团队.能够很好地适应需求变化的代码编写和团队组织方法,也更注重软件开发中"人"的作用. 本文将介绍敏捷软件开发的历史背景与发展,

Atitit.软件开发的三层结构isv金字塔模型 第一层,Implements 层,着重与功能的实现.. 第二次,spec层,理论层,设计规范,接口,等.流程.方法论 顶层,val层,价值观层,原则,法则,定律等. 这一建构应从界定内涵出发,从器物.制度和意识形式三个层面厘定其表征:并结合发展轨迹,通过比较,探索.建构有利于“本土”文化,必须着力追寻能推动这一文化特质生成的进路,并以发挥其实践功效为归宿点和落脚点. 作者::  ★(attilax)>>>   绰号:老哇的爪子 ( 全名:

atitit.attilax的软件 架构 理念.docx 1. 预先规划.1 2. 全体系化1 3. 跨平台2 4. 跨语言2 5. Dsl化2 5.1. 界面ui h5化2 6. 跨架构化2 7. 尽可能的功能为独立组件化,2 8. 独立分布化2 9. Hybrid化,集成化2 10. Vm化,再次封装化2 11. 二次封装化2 1. 预先规划. 不用功能可隐藏,但要预留 2. 全体系化 .避免某一方面核心技术受制于人 3. 跨平台 4. 跨语言 5. Dsl化 作者::  ★(attilax

Atitit.研发管理软件公司的软资产列表指南 1. Isv模型下的软资产1 2. 实现层面implet1 3. 规范spec层1 4. 法则定律等val层的总结2 1. Isv模型下的软资产 Soft assets就是“软资产”,指人力资源(human resources).品牌(brand).技术(technology)及知识储备等资产,研发能力也是软资产 2. 实现层面implet 产品 ,框架,类库 作者::  ★(attilax)>>>   绰号:老哇的爪子 ( 全名::Att

"工欲善其事必先利其器",在利用OpenFoam解决我们的工程问题之前,首先要做的事情是搭建一个OpenFoam运行环境.很遗憾的是,OpenFoam的原生开发系统是Linux,因此对于习惯使用Linux操作系统的使用者来讲,自然不存在任何的问题,但是对于长期使用Windows操作系统的人,就需要掌握一些简单的Linux操作基础了.本文存在的目的即在于此. 1 软件的获取 OpenFoam的获取很简单,在其官方网站可以下载. 不同于Windows安装程序,在Linux下安装软件的步骤略