• Cytoscape一款开源的网络显示和分析软件. 软件的核心部分提供了 网络显示.布局.查询等方面的基本功能. • Cytoscape源自系统生物学,通过Cytoscape,用户可以在可视化的 环境下将这些生物网络跟基因表达. 基因型等各种分子状态信息整合 在一起,还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起. • Cytoscape的核心是网络(图),其中的节点(node)是基因.蛋白 质或分子, 其中的连接则是这些生物结构之间的相互作用.

最近项目要使用到可视化分析工具Cytoscape,所以会花费很多的时间跟精力来整理Cytoscape软件使用和开发的相关资料,希望写下的文章能减少有兴趣的同行学习跟开发所走的弯路时间.同时也是因为百度跟CodeProject的资料太少,所以只能靠官网文档来慢慢摸索,不当之处望指出,大家一起进步. 官网: http://www.cytoscape.org/ 源码网址https://github.com/cytoscape/cytoscape-impl 下载源码并解压缩到D:\cytoscape-i

打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件 File ----> Import ----> Network from File 会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:

原创文章,转载请注明出处,谢谢. Android应用程序分析主要有静态分析和动态分析两种,常见的静态分析工具是Apktool.dex2jar以及jdgui.今天突然主要到Google code上有个叫做androguard的工具,提供了一系列的Apk以及dex.odex.arsc等文件的分析处理功能.很值得学习和分析. androguard项目主页:http://code.google.com/p/androguard/ androguard是基于python的,将Apk文件中的dex文件,类,

GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析.例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示). 富集分析工具    用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析.此服务连接到PANTHER分类系统的分析工具,该分类系统使用GO注释进行最新维护.PANTHER分类系统在Mi H等人,PMID:23868073中有详细说明.支持基因ID的列表可以从PANTHER网站获得. 使用GO富集分析工具 1.粘贴或键入要分析的基因的名称,每行一个或用逗号

GO富集分析对老师们来说想必都不陌生,几乎在任何项目中都会出现.今天就给大家介绍一款简单易学又好用的富集分析小软件---BiNGO.它是Cytoscape软件中很出色的一个插件.它提供的结果中除了文本格式的富集分析结果外,还会将结果以网络图的形式展现,非常美观. 第一, 安装BiNGO插件. 打开Cytoscape软件,点击选项栏“Apps”-“AppManager”,选择“BinGO”,点击“Install”,就可以下载了.可能会稍微有一点慢,请耐心等待一下. 下载完成后,在“Apps”的下拉

开发环境:Windows2008 R2 64位+Jdk1.7+Maven3.2.3 前提条件:安装好JDK1.7到C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_67,下载好Maven并解压缩到一个文件夹D:\apache-maven-3.2.3,然后配置两者的环境变量 详细步骤: 1.下载页面: https://github.com/cytoscape?page=1https://github.com/cytoscape?page=2 2.通过下载页面找到对应桌面程序源码下载地址

今天小编和大家分享如何借助Python脚本轻松构建cytoscape导入文件.Cytoscape是一个非常适合展示各种相互作用关系的可视化软件. 具体来说就是可以用于蛋白互作网络的展示,miRNA与蛋白质或者TF与RNA的相互作用等内容的可视化,是一个生信分析不可或缺的神器.但是当要处理的数据比较多,并且需要根据Cytoscape要求整理数据的时候,会不会整理到眼花?不知道你们会不会,反正小编每次都整理得想吐血~~~ 更多Python视频.源码.资料加群960410445免费获取 上一次的利用C

网络图(Network)看似复杂,其实构成非常简单,网络图是一种图解模型,形状如同网络,故称网络图,由节点(node)和连线(edge)两个因素组成的.其中 node 又分为 source node(源节点)和 target node(目标节点)两个因素组成的.这里的 node 就是我们的基因,edge 就是基因间的相互作用关系.任何网络图都不外乎这些构成成分.知道了网络图的构成之后,再做图分析就很简单了. 节点(node) 所谓的节点,就是我们要分析的基因.在一个网络图当中往往有数十个乃至上百

昨天开始学用Cytoscape,其tutorial分为两个部分,基础的和高级 的.基础教程又分成了四课:Getting Started.Filters & Editor.Fetching External Data和Expression Analysis.为防忘记,做个摘记. 第一课 新手上路 地址:http://wiki.cytoscape.org/Presentations/01_Get_Started Cytoscape可以本地安装,也可以web start.软件得用java,所以要装JR

DBImport V3.7介绍: 1:先上图,再介绍亮点功能: 主要的升级功能为: 1:增加(Truncate Table)清表再插入功能: 清掉再插,可以保证两个库的数据一致,自己很喜欢这个功能. 2:信息栏增加红色部分: 黑色的信息太多,有时候错误信息被淹陌,分拆出来单独红色块标识错误信息,清晰一些. 3:增加保存所有的配置及配置还原: 之前只保存数据库链接的配置,为了第4点,包起了所有的配置,包括表名等. 4:增加自启动参数,用于定时功能的开机启动: 自启动参数为 - true 或 - 1

第0.1节 HTML5和桌面软件开发的碰撞 当我们谈论桌面软件开发技术的时候,你会想到什么?如果不对技术本身进行更为深入的探讨,在我的世界里,有这么多技术概念可以被罗列出来(请原谅我本质上是一个Windows程序员的事实). 操作系统 API.操作系统发展到今日,几乎桌面应用的所有功能,都是基于系统API构建的.调用API和语言及技术无关,哪怕是使用汇编.例如(代码来源于网络,本地重新编译): ;我的第一个win32汇编程序 ;一个经典的hello world !程序 ;>>>>&

一.公司简介山东森普信息技术有限公司(以下简称森普软件)是一家专门致力于移动互联网产品.企业管理软件定制开发的技术型企业.公司总部设在全国五大软件园之一的济南齐鲁软件园.森普SimPro是由Simple+Professional组成,代表着公司一直秉承"森普,专业让管理更简单"的核心理念,致力于为广大的企业.政府客户提供操作简单.功能全面.技术专业的各种信息化产品及技术咨询服务.公司自2003年成立以来培养出了一支高素质,高水平,高专业,经验丰富的IT团队,并通过ISO9001认证(证

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在信息爆炸时代,如何避免持续性信息过剩,使自己变得专注而不是被纷繁的信息所累?每天会看到各种各样的新闻,各种新潮的技术层出不穷,如何筛选出自己所关心的? 各位看官会想,我们是来看开源软件的,你给我扯什么信息干嘛,别着急,听我慢慢道来. 背景 浏览器收藏夹应该是我们在收藏文章.网站的第一个利器,平时遇到喜欢的网站或者文章很方便的收藏到收藏夹中:很快我们的收藏夹就满了,于是就像我这样,创建文件夹来分组两层.三层都有: 有的也会借助百度首页导航这样的一些功能来整理自己收藏的网站,以前我记得QQ还有一款

近年来,企业级软件开发市场暗流汹涌,呈现出多种态势.软件开发团队规模趋于小型化,工作方式趋于快捷化,超过半数的软件开发者在工作中会选择使用易用的软件开发工具.随着流程管理越来越受到企业的重视,流程开发亦成为近年来炽手可热的软件开发项目之一. 然而,以往的流程项目通常采用开源流程平台或纯代码开发,表面上减少了费用,实际总体成本更高,一般存在项目周期不可控,项目质量不可控,交付产品扩展性差,后期维护难度大等问题.如今,H3 BPM作为优秀的流程开发工具,为软件开发者提供了优秀的解决方案. 易学易用,

随着互联网+.中国制造2025.工业4.0等国家战略的支持与引导,企业在数字经济时代的信息化表现惊人,越来越多企业认识到,对于企业的发展来说,信息自动化远远还不够,企业的战略.业务和IT之间需保持高度一致,在苦练IT外功的同时,强化管理内功,才能大力提升企业运营效率与质量. 如何帮助企业提高管理质量与效率,被誉为架起了企业业务部门与IT部门之间的沟通桥梁的BPM的人气似乎越来越旺.然而,虽然BPM在世界500强企业中已占据半壁江山,国内BPM的市场份额仍不容乐观. BPM到底是哪路神仙 谈到BP

我是小林,一名普通的软件工程师,从事BPM(业务流程管理)软件开发工作.我没有几十年的技术底蕴,无法像大牛们一样高谈阔论,品评BPM开发之道:也不是资深的流程管理专家,能与大家分析流程管理的时弊.我只是一名有着一轮工作经历的软件开发者,更准确说是流程开发者,有那么几次特殊的经历,可以窥探一丝BPM开发的发展轨迹. 2004年,我初入软件行业.当时,国内BPM软件产品大多还处在概念阶段,它们基本都是非常专业的中间件级产品,复杂的状态机.活动.事件等概念充斥其中,只有高水平的开发实施人员才能驾驭.而

敏捷软件开发:又称敏捷开发,是一种从1990年代开始逐渐引起广泛关注的一些新兴软件开发方法,是一种应对快速变化的需求的一种软件开发能力. 与传统软件工程相比,它们的具体名称.理念.过程.术语都不尽相同,相对于"非敏捷",更强调程序员团队与业务专家之间的紧密协作.面对面的沟通(认为比书面的文档更有效).频繁交付新的软件版本.紧凑而自我组织型的团队.能够很好地适应需求变化的代码编写和团队组织方法,也更注重软件开发中"人"的作用. 本文将介绍敏捷软件开发的历史背景与发展,

Atitit.软件开发的三层结构isv金字塔模型 第一层,Implements 层,着重与功能的实现.. 第二次,spec层,理论层,设计规范,接口,等.流程.方法论 顶层,val层,价值观层,原则,法则,定律等. 这一建构应从界定内涵出发,从器物.制度和意识形式三个层面厘定其表征:并结合发展轨迹,通过比较,探索.建构有利于“本土”文化,必须着力追寻能推动这一文化特质生成的进路,并以发挥其实践功效为归宿点和落脚点. 作者::  ★(attilax)>>>   绰号:老哇的爪子 ( 全名: