dcm4che解析dicom

2024-11-03

DICOM：dcm4che工具包怎样压缩dcm文件探讨（续篇）

背景前段时间博文DICOM:dcm4che工具包怎样压缩dcm文件探讨(前篇)提到了一个问题:"利用dcm4che工具包中的dcm2dcm来进行dcm文件的压缩和加压缩.即改变dcm文件里的Transfer Syntax,比如由1.2.840.10008.1.2(Implicit VR Little Endian)变成1.2.840.10008.1.2.4.70(JPEG LossLess,Non-Hierarchical,First_order Prediction Process 14).

使用医学影像开源库cornerstone.js解析Dicom图像显示到HTML中

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医学图像之DICOM格式解析

最近导师给安排了新任务,由于刚进入实验室,对于医学图像这一块还一知半解,所以就想分享一下有关医学常见影像的学习(尤其是dicom后缀的图像文件),欢迎大家一起交流. 目录 1.医学影像学的介绍 2.DICOM信息的简介 3.DICOM内部信息详解(DICOM Tag与VR) 4.利用python+pydicom这个库解析DICOM文件 5.DICOM的三个切面 1.医学影像学 (1).医学影像学Medical Imaging,是研究借助于某种介质(如X射线.电磁场.超声波等)与人体相互作用,把人

Dicom图像解析

医疗图像解析 Dicom 后缀: .dcm..DCM Dicom中规定的坐标系是以人坐标系为绝对坐标系的,规定X轴正向指向病人的左侧,Y轴正向指向病人的背部,Z轴正向指向病人的头部.但是,坐标点的位置,每个厂商都有自己的看法下图展示了成像过程中对应的坐标系成像坐标系三视图图片信息中的Tag说明在DICOM中,是通过Image Position和Image Orientation来描述当前的图像和人体坐标系的相对位置的. 解析举例 import dicom import pylab im

dicom网络通讯入门（2）

第二篇,前面都是闲扯其实正文现在才开始,这次是把压箱底的东西都拿出来了. 首先我们今天要干的事是实现一个echo响应测试工具也就是echo 的scu,不是实现打印作业管理么.同学我告诉你还早着呢.本来标题取的就是<dicomviewer 第二弹之实现打印管理>名字多霸气,最后我又改回来了. 首先你得把数据组织方式搞懂那就是pdu 和dimse 元素数据元素.然后基于这之上你得把协商连接这块搞懂 ,协商连接都没通过不用说后面的了.然后你得把实现一个功能比如打印 ,scu跟sc

DICOM医学图像处理：WEB PACS初谈

背景: 周末看到了一篇原公司同事的文章,讲的是关于新的互联网形势下的PACS系统.正好上一篇专栏文章也提到了有想搭建一个worklist服务器的冲动,所以就翻箱倒柜将原本学生时代做课题时搭建的简易Web PACS找了出来,借着再次搭建的机会学习一下Web PACS相关的技术,例如WADO标准.CGI或者FastCGI等技术. WEB PACS技术浅谈: WEB PACS是一种利用互联网技术,跨越了医院和地域限制的,可随意查询和获取DICOM对象的PACS系统.目前常见的方式有两种:第一种是通过W

DICOM医学图像处理：fo-dicom网络传输之 C-Echo and C-Store

背景: 上一篇博文对DICOM中的网络传输进行了介绍.主要參照DCMTK Wiki中的英文原文.通过对照DCMTK与fo-dicom两个开源库对DICOM标准的详细实现,对理解DICOM标准有一个更直观的认识.此篇博文是对上一篇博文的补充.由于专栏前面的演示样例大多是利用DCMTK工具包来进行的,此次借着分析fo-dicom源代码结构的机会,參照fo-dicom的README.md,给出C-ECHO 和C-STORE服务的详细实现.在实现的同一时候给出DICOM3.0标准中的相关介绍,帮助我们理

基于HTML5的PACS－－HTML5图像处理

在此之前,此系统是结合DICOM的WADO标准,在浏览器里通过javascript操作返回的JPG图片.这种服务器端解析,客户端展现的方式,对实现图像的移动.缩放.旋转.测量等图像操作能够实现实时的交互.但这种方式存在着几个弊端: 1.获取图像上的CT值(钙化值)信息的时候,要频繁的和服务器进行交互. 2.调整图像的窗宽窗位或者对图像进行反色,也要和服务器进行频繁的交互. 3.对图像进行测量(长方形测量,椭圆测量等)只能获取到面值和周长的简单的信息,这对于医生的诊断没多大的用处,实际运用中需要知

Cornerstone.js使用相关

官网地址:https://github.com/chafey/cornerstone 简介: Cornerstone is an open source project with a goal to deliver a complete web based medical imaging platform. This repository contains the Cornerstone Core component which is a lightweight JavaScript libra

我所遭遇过的中间件--VTK

我所遭遇过的中间件--VTK Vtk是我接触的第一款软件开发包,它引导我对图形学的入门.我是先学的VTK,后学的OpenGL和D3D.VTK是专为图形学开发,特点是接口清晰,好上手,又含有大量的图像处理算法.从VTK入手3D图形学,要比从OpenGL和D3D容易的多. 最初接触VTK是研一那年暑假,研一时我做医学图像处理.VTK很适合由图像处理转到3D图形学,对做医学图像也很方便.它集成着DICOM图像文件格式的解析器.我看过解析DICOM文件的代码,大约5000多行.这代码量对当时的我来说如同

DICOM医学文件的解析

最近导师一直让做智慧医疗的一个项目,这里面涉及到DICOM格式的文件处理,在这里分享一下自己学到的关于DCM文件的一些内容. DICOM DICOM(DigitalImaging andCommunications inMedicine)是指医疗数字影像传输协定,是用于医学影像处理.储存.打印.传输的一组通用的标准协定.它包含了文件格式的定义以及网络通信协议.DICOM是以TCP/IP为基础的应用协定,并以TCP/IP联系各个系统.两个能接受DICOM格式的医疗仪器间,可通过DICOM格式的文件

Dicom格式文件解析器

转自:http://www.cnblogs.com/assassinx/archive/2013/01/09/dicomViewer.html Dicom全称是医学数字图像与通讯,这里讲的暂不涉及通讯那方面的问题只讲*.dcm 也就是diocm格式文件的读取,读取本身是没啥难度的无非就是字节码数据流处理.只不过确实比较繁琐. 分析: 整体结构先是128字节所谓的导言部分,说俗点就是没啥意义的破数据跳过就是了,然后是dataElement依次排列的方式就是一个dataElement接一个d

【医疗行业】关于dcm4che DICOM Toolkit：C-Move与C-Get

在医学影像领域,DICOM标准与dcm4che的重要性毋庸置疑.幸好,这些开源的dcm4che DICOM 工具包,能对我们提供不少帮助. 在这里有很多的工具: Sources: https://github.com/dcm4che/dcm4che Binaries: https://sourceforge.net/projects/dcm4che/files/dcm4che3 dcm4che-tools:https://github.com/dcm4che/dcm4che/tree/maste

Dicom格式文件解析器[转]

Dicom格式文件解析器 Dicom全称是医学数字图像与通讯,这里讲的暂不涉及通讯那方面的问题只讲*.dcm 也就是diocm格式文件的读取,读取本身是没啥难度的无非就是字节码数据流处理.只不过确实比较繁琐.好了正题分析整体结构先是128字节所谓的导言部分,说俗点就是没啥意义的破数据跳过就是了,然后是dataElement依次排列的方式就是一个dataElement接一个dataElement的方式排到文件结尾通俗的讲dataElement就是指tag 就是破Dicom标准里

Orthanc+OHIF DICOM Viewer最佳Dicom解析、在线浏览实践指南（解决方案）

概念 DICOM identifiers Very importantly, the DICOM standard specifies DICOM tags that allow to index each single DICOM resource: Patients are indexed with PatientID (0x0010, 0x0020) (part of the patient module). Studies are indexed with StudyInstanceUI

DICOM：DICOM标准学习路线图（初稿）

题记: DICOM医学图像处理专栏撰写已有两个年头,积累了近百篇文章.起初只是用于记录自己科研.工作中遇到的疑难问题,专注于图像处理(主要是医学图像,这也正是专栏名称最初的由来):后来逐渐延伸到了DICOM数据传输方向,专注于医院内影像数据的传输和管理,遂将博文标题按照[DICOM医学图像处理:XXX]和[DICOM:XXX]划分,分别介绍图像处理和数据传输:到最后又添加了开源工具分析部分,诸如DICOM开源实现库(dcmtk.dcm4che.fo-dicom).开源PACS系统(Orthanc

DICOM：C-GET与C-MOVE对照剖析

背景: 之前专栏中介绍最多的两款PACS各自是基于dcmtk的dcmqrscp以及Orthanc.和基于fo-dicom的DicomService(自己开发的).该类应用场景都是针对于局域网,因此在使用DIMSE-C各项服务时并未遇到的复杂问题,学习和使用成本相对较低. 通过近一年的时间也已经对C-ECHO.C-FIND.C-STORE.C-MOVE.N-PRINT等各项服务都进行了详细介绍,而且从DICOM标准来看C-MOVE服务能够包括C-GET,因此今天之前专栏中从未介绍过C-GET服务.

DICOM：DICOM三大开源库对比分析之“数据加载”

背景: 上一篇博文DICOM:DICOM万能编辑工具之Sante DICOM Editor介绍了DICOM万能编辑工具,在日常使用过程中发现,“只要Sante DICOM Editor打不开的数据,基本可以判定此DICOM文件格式错误(准确率达99.9999%^_^)”.在感叹Sante DICOM Editor神器牛掰的同时,想了解一下其底层是如何实现的.通过日常使用以及阅读软件帮助手册推断其底层依赖库很可能是dcmtk,就如同本人使用dcmtk.fo-dicom.dcm4che3等诸多DIC

DICOM：Transfer Syntax传输语义之奇葩GE Private TS

背景: 专栏之前对Transfer Syntax(暂定中文翻译为传输语义,8月初博客中提到的DICOM3.0标准中文版开源书籍计划顺利启动.兴许会面临诸多专有名词的翻译工作,欢迎广大博友提意见)进行过多次的介绍.在DICOM医学图像处理:DICOM网络传输中差别过Abstract Syntax与Transfer Syntax,在DICOM:dcmqrscp.exe与storescu.exe中C-STORE服务的差别中介绍过在网络服务中Transfer Syntax的作用.以及上一篇DICOM:d

dicom网络通讯入门（3）

接下来可以进行消息传递了 ,也就是dimse ,再来复习下什么是dimse .n-set n-create c-echo 这些都是dimse 他们都是属于一种结构的pdu 那就是tf-pdu(传输数据和命令的都称之为tf-pdu 或者transfer pdu ,协商连接的都称之为associcate pdu) .dimse 由许多tag组成,就像文件解析那篇博文一样.tf-pdu数据结构分析如下: 如果你又要问此图是怎么来的 ,dicom标准第八章 33页.你可能又要问 dimse又是什

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