庐州月光 如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列 在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可: 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在UCSC数据库中,提供了3'UTR区序列的下载,以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列 链接:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

核糖体没有DNA,但是有RNA(rRNA 核糖体RNA) 有DNA的细胞器是线粒体和叶绿体.

RNA提取和建库流程对mRNA-Seq的影响 已有 10460 次阅读 2014-8-14 14:21 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:转录组测序,RNA-Seq,,链特异性RNA-Seq,转录组文库构建,总RNA提取| RNA-seq, 转录组测序, 链特异性RNA-Seq, 转录组文库构建, 总RNA提取   目前RNA-Seq是挖掘不同生长时期及不同胁迫条件下.不同组织细胞中其差异表达基因通常所采用的研究方法,同时还可以鉴定获得新的转录本信息以及不同的可变剪切事件,因而

The top 100 papers Nature explores the most-cited research of all time. The discovery of high-temperature superconductors, the determination of DNA’s double-helix structure, the first observations that the expansion of the Universe is accelerating —

处理文本是每一种计算机语言都应该具备的功能,但不是每一种语言都侧重于处理文本.R语言是统计的语言,处理文本不是它的强项,perl语言这方面的功能比R不知要强多少倍.幸运的是R语言的可扩展能力很强,DNA/RNA/AA等生物序列现在已经可以使用R来处理. nchar 字符的个数 toupper 转换为大写字符 tolower 转换为小写字符 substr 求字符串的字串 grep 基于正则表达式的匹配 sub 基于正则表达式的替换 strsplit 字符串分割 paste 字符向量连接 match

注:从进入生信领域到现在,已经过去快8年了.生物信息学包含了我最喜欢的三门学科:生物学.计算机科学和数学.但是如果突然问起,什么是生物信息学,我还是无法给出一个让自己满意的答案.于是便有了这篇博客. 起源 据说在1970年,荷兰科学家Paulien Hogeweg和Ben Hesper最早在荷兰语中创造了"bioinformatica"一词,英语中的"bioinformatics" 在1978年首次被使用.这两位科学家当时使用该词来表示: The study of

Real-time qPCR So Easy? [2016-05-27]       实时荧光定量PCR技术是在定性RCR技术基础上发展起来的核酸定量技术,于1996年由美国Applied biosystems公司推出.是目前确定样本中DNA(或cDNA)拷贝数最敏感.最准确的方法.实时荧光定量PCR法最大的优点是克服了终点PCR法进入平台期或饱和期后定量的较大误差,实现DNA/RNA的精确定量.该技术具有灵敏度和特异性高.能实现多重反应.自动化程度高.无污染.实时和准确等特点,所以该技术从产生

#===============================      版本1  ===============================================InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能.是EBI开发的一个集成了蛋白质家族.结构域和功能位点的非冗余数据库.Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库,并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释.以下介绍3中interp

R语言:文本(字符串)处理与正则表达式 (2014-03-27 16:40:44) 转载▼ 标签: 教育 分类: R 处理文本是每一种计算机语言都应该具备的功能,但不是每一种语言都侧重于处理文本.R语言是统计的语言,处理文本不是它的强项,perl语言这方面的功能比R不知要强多少倍.幸运的是R语言的可扩展能力很强,DNA/RNA/AA等生物序列现在已经可以使用R来处理. R语言处理文本的能力虽然不强,但适当用用还是可以大幅提高工作效率的,而且有些文本操作还不得不用.高效处理文本少不了正则表达式(r

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址:http://cd-hit.org :http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ : 下载:http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT  去冗余,也可以叫做相似序列的聚类. 简介:CD-HIT stands for Cluster Database at High Identity with Toler

1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f

生物医学命名实体识别(BioNER)研究进展 最近把之前整理的一些生物医学命名实体识别(Biomedical Named Entity Recognition, BioNER)相关的论文做了一个BioNER Progress放在了github(https://github.com/lingluodlut/BioNER-Progress)上.主要内容包括BioNER进展中的代表论文列表,以及目前各个主要数据集上的一些先进结果和相关论文,希望对入门的同学有所帮助. 论文列表首先给出一些综述论文,然后

Evolutionary approaches towards AI: past, present, and future 2019-10-06 07:28:13 This blog is from: https://towardsdatascience.com/evolutionary-approaches-towards-ai-past-present-and-future-b23ccb424e98 Table of Contents Introduction Genetics and na

1. 纪录片:非自然选择 1.1 CRISPR-Cas9的出现 1.2 故事1:先天性基因缺陷而失明的小孩 1.3 故事2:基因变异的蚊子 1.4 基因技术应用的现状 1.5 担忧 2. CRISPR基因编辑 2.1 Cas9 2.2 Cas12a(以前称为Cpf1) 2.3 Cas9与Cpf1 2.4 Anti-CRISPR 2.5 CRISPR/Cas工具 3. 基因敲除 4. DNA,RNA,染色体,基因,蛋白质 4.1 概念 4.2 DNA和RNA 4.3 物质关系: 4.4 功能关系:

生命组学 同义突变虽然不改变蛋白质种类,但是影响量,修饰的稳定性. SNP vs mutation SNV单核苷酸变化,mutation,SNP是从群体角度思考的,约有1%,mutation比SNP还低. Alleles and genotype 多种效应叠加比孟德尔遗传出现的概率高. 依据SNP将人群分开,分别用药,研究不同人群(不同变异)对该药物的反应. 疗效研究药物靶点,药物动力学研究药物代谢途径. ====================================== 药物动力学

转载:http://blog.csdn.net/duqi_yc/article/details/9817243 目录 Table of Contents 1 正则表达式简介 2 字符数统计和字符翻译 2.1 nchar和length 2.2 tolower,toupper和chartr 3 字符串连接 3.1 paste函数 4 字符串拆分 4.1 strsplit函数 5 字符串查询: 5.1 grep和grepl函数: 5.2 regexpr.gregexpr和regexec 6 字符串替换

本文使用深度神经网络完成计算蛋白质设计去预测20种氨基酸概率. Introduction 针对特定结构和功能的蛋白质进行工程和设计,不仅加深了对蛋白质序列结构关系的理解,而且在化学.生物学和医学等领域都有广泛的应用.在过去的三十年里,蛋白质设计取得了显著的成功,其中一些设计是由计算方法指导的.最近一些成功的计算蛋白设计的例子包括新折叠,酶设计,疫苗,抗体,新的蛋白质组装,配体结合蛋白和膜蛋白. Results Networks architecture, input, and training

Problem An RNA string is a string formed from the alphabet containing 'A', 'C', 'G', and 'U'. Given a DNA string tt corresponding to a coding strand, its transcribed RNA string uu is formed by replacing all occurrences of 'T' in tt with 'U' in uu. Gi

Problem An RNA string is a string formed from the alphabet containing 'A', 'C', 'G', and 'U'. Given a DNA string tt corresponding to a coding strand, its transcribed RNA string uu is formed by replacing all occurrences of 'T' in tt with 'U' in uu. Gi

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框). CDS的英文展开是coding sequences (编码区). CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含其它非该蛋白质对应的序列,不考虑mRNA加工等过程中的序列变化,总之,就是与蛋白质的密码子完全对应. ORF:理论上的氨基酸编码区,一般是在分析DNA核酸图谱中(主要是利用电脑程序)得到的.程序会自动在DNA

Problem A string is simply an ordered collection of symbols selected from some alphabet and formed into a word; the length of a string is the number of symbols that it contains. An example of a length 21 DNA string (whose alphabet contains the symbol