一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 2)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation")#聚类线长度优化 3)pheatmap(data

热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果.  热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现.   热图优点   因为人读数字需要思考和比较,而对颜色识别能力非常强,采用颜色的深浅代替数据表是非常高效的呈现方式,也便于从中挖掘规律.  热图在非常小的区域展示了大量的基因表达/细菌丰度数据,即可以快速比较组间的变化,同时还可以显示组内每个样品的的丰度,以及组内各样品间的

热图可以聚合大量的数据,并可以用一种渐进色来优雅地表现,可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低. 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图.参数像积木,拼凑出你最喜欢的热图即可,如下图: 基因和样本都可以单独聚类,排序,聚类再分组,行列注释,配色调整,调整聚类线以及单元格的宽度和高度均可实现. 载入数据,R包 #R包library(pheatmap)# 构建测试数据 set.seed(1234)test = matrix(rnorm(200), 20, 10)test[1

先来看两张图: (1)10年世界杯决赛,冠军西班牙队中门将.后卫.中场及前锋的跑位热图 通过热图,我们可以很清楚的看出四个球员在比赛中跑动位置的差异. (2)历史地震震源位置的热图 也可以很清楚的看出,哪个地方是地震的高发地区(频率最高). HeatMap简介 上面两张就是热图的典型应用,通过热图可以简单地聚合大量数据,并使用一种渐进的色带来优雅地表现,最终效果一般优于离散点的直接显示,可以很直观地展现空间数据的疏密程度或频率高低.但也由于很直观,热图在数据表现的准确性并不能保证. 生成原理 热

在前一篇文章 深入探索Android热修复技术原理读书笔记 -- 热修复技术介绍中,对热修复技术进行了介绍,下面将详细介绍其中的代码修复技术. 1 底层热替换原理 在各种 Android 热修复方案中,Andfix 的即时生效令人印象深刻,它稍显另类, 并不需要重新启动,而是在加载补丁后直接对方法进行替换就可以完成修复,然而它的使用限制也遭遇到更多的质疑. 1.1 Andfix 回顾 我们先来看一下,为何唯独 Andfix 能够做到即时生效呢? 原因是这样的,在 app 运行到一半的时候,所有需

Heatmap热图通过众多数据点信息,汇聚成直观可视化颜色效果,热图已广泛被应用于气象预报.医疗成像.机房温度监控等行业,甚至应用于竞技体育领域的数据分析. http://www.hightopo.com/guide/guide/plugin/forcelayout/examples/example_heatmap2d.html http://www.hightopo.com/guide/guide/plugin/forcelayout/examples/example_heatmap3d.ht

Heatmap热图通过众多数据点信息,汇聚成直观可视化颜色效果,热图已广泛被应用于气象预报.医疗成像.机房温度监控等行业,甚至应用于竞技体育领域的数据分析. 已有众多文章分享了生成Heatmap热图原理,可参考<How to make heat maps>和<How to make heat maps in Flex>,本文将介绍基于HTML5技术的实现方式,主要基于Cavans和WebGL这两种HTML5的2D和3D技术的应用,先上最终例子实现的界面效果和操作视频: 实现Heat

tomcat的热部署实现原理:tomcat启动的时候会有启动一个线程每隔一段时间会去判断应用中加载的类是否发生变法(类总数的变化,类的修改),如果发生了变化就会把应用的启动的线程停止掉,清除引用,并且把加载该应用的WebappClassLoader设为null,然后创建一个新的WebappClassLoader来重新加载应用. tomcat中热部署发现类变法之后要做的一系列停止工作的时序图如下:   上面时序图中只把关键的流转步骤画出来了,还有一些细节的处理没有完全画出来,这部分代码的继承的结构

本文框架 什么是热修复? 热修复框架分类 技术原理及特点 Tinker框架解析 各框架对比图 总结   通过阅读本文,你会对热修复技术有更深的认知,本文会列出各类框架的优缺点以及技术原理,文章末尾简单描述一下Tinker的框架结构. 一.什么是热修复? 正常开发流程 热修复开发流程 热修复优势 修复什么? 二.热修复框架分类 现状:百花齐放百家争鸣 简单分类 更合理的分类 三.技术原理及特点 3.1 阿里Dexposed -- native解决方案 原理: 直接在native层进行方法的结构体信

一.简述 热修复无疑是这2年较火的新技术,是作为安卓工程师必学的技能之一.在热修复出现之前,一个已经上线的app中如果出现了bug,即使是一个非常小的bug,不及时更新的话有可能存在风险,若要及时更新就得将app重新打包发布到应用市场后,让用户再一次下载,这样就大大降低了用户体验,当热修复出现之后,这样的问题就不再是问题了. 目前较火的热修复方案大致分为两派,分别是: 阿里系:DeXposed.andfix:从底层二进制入手(c语言).    腾讯系:tinker:从java加载机制入手. 本篇

实际应用中,异常值的出现会毁掉一张热图.这通常不是我们想要的.为了更好的可视化效果,需要对数据做些预处理,主要有对数转换,Z-score转换,抹去异常值,非线性颜色等方式. 对数转换 为了方便描述,假设下面的数据是基因表达数据,4个基因 (a, b, c, d)和5个样品 (Grp_1, Grp_2, Grp_3, Grp_4),矩阵中的值代表基因表达FPKM值. data <- c(rnorm(5,mean=5), rnorm(5,mean=20), rnorm(5, mean=100), c

生成测试数据 绘图首先需要数据.通过生成一堆的向量,转换为矩阵,得到想要的数据. data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, (1:6)/10, (1:6)/10, (6:1)/10, 1:6, 6:1, 6:1, 1:6, 6:1, 1:6, 1:6, 6:1) [1] 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 6.0 5.0 4.0 3.0 2.0 1.0 6.0 5.0[15] 4.0 3.0 2.0 1.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0

Java中AWT.Swing与SWT三大GUI技术的原理与效率差异 转 https://blog.csdn.net/weixin_37703598/article/details/81843810   看了一下对Java GUI讨论的帖子,所以写了一篇文章来阐述一下各种GUI技术的优劣.Java世界中,目前最知名的三大GUI库分别是:1.AWT(Abstract Window Toolkit)抽象窗口工具包库,包含于所有的Java SDK中2.Swing高级图形库,包含于Java2 SDK中3.

阿里Dexposed -- native解决方案 原理: 直接在native层进行方法的结构体信息对换,从而实现完美的方法新旧替换,从而实现热修复功能   他的思想完全来源于Xposed框架,完美诠释了AOP编程,这里用到最核心的知识点就是在native层获取到指定方法的结构体,然后改变他的nativeFunc字段值,而这个值就是可以指定这个方法对应的native函数指针,所以先从Java层跳到native层,改变指定方法的nativeFunc值,然后在改变之后的函数中调用Java层的回调即可.

1.1 什么是热修复 对于广大的移动开发者而言,发版更新是最为寻常不过的事了.然而,如果你 发现刚发出去的包有紧急的BUG需要修复,那你就必须需要经过下面这样的流程: 这就是传统的更新流程,步骤十分繁琐.总的来说,传统流程存在这几大弊端: 重新发布版本代价太大 用户下载安装成本太高 BUG 修复不及时,用户体验太差 相应的,许多开发者找到了比较合适的解决办法. Hybrid 方案.也就是把需要经常变更的业务逻辑以 H5 的方式独立出来.而这种方案, 需要传统的 java 开发者学习前端语言,不仅

该系列文章: 深入探索Android热修复技术原理读书笔记 -- 热修复技术介绍 深入探索Android热修复技术原理读书笔记 -- 代码热修复技术 1 普遍的实现方式 Android资源的热修复,就是在app不重新安装的情况下,利用下发的补丁包 直接更新本app中的资源. 目前市面上的很多资源热修复方案基本上都是参考了 Instant Run的实现. 简要说来,Instant Run中的资源热修复分为两步: 构造一个新的 AssetManager,并通过反射调用 addAssetPath,把这

热修复系列文章: 深入探索Android热修复技术原理读书笔记 -- 热修复技术介绍 深入探索Android热修复技术原理读书笔记 -- 代码热修复技术 深入探索Android热修复技术原理读书笔记 -- 资源热修复技术 1. SO库加载原理 Java Api 提供以下两个接口加载一个 so 库 System. loadLibrary (String libName):传进去的参数:so 库名称, 表示的 so 库文件,位于apk压缩文件中的 libs 目录,最后复制到 apk 安装目录下. S

若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大,进行log缩小不同样本的差距 1.热图全体 1 ##加载包 2 library(pheatmap) 3 4 ##缩小表达量差距 5 exprSet <- log2(exprSet+1) 6 7 ##取最大标准差前1000个基因名字 8 cg <-names(tail(sort(apply(exprSet,1,sd)),1000)) 9 10 ##标准化,只关注样品间基因差异,不关注基因之间的,将离群点拉平 11 n <-t(scale(t(e

http://jingyan.baidu.com/article/64d05a0240ec75de55f73bd8.html 利用Excel 2010及以上版本的"条件格式"--"色阶"功能可以制作热图(heatmap).可选用Adobe Illustrator软件加工.美化之. 这里以Excel 2010为例介绍具体步骤. 工具/原料   Excel 2010或以上版本 Adobe Illustrator 方法/步骤     在Excel中选中要做热图的全部数据

Heatmap 是用来呈现一定区域内的统计度量,最常见的网站访问热力图就是以特殊高亮的形式显示访客热衷的页面区域和访客所在的地理区域的图示.Heatmap.js 这个 JavaScript 库可以实现各种动态热力图的网页,帮助您研究和可视化用户的行为. Heatmap.js V2.0 是目前网络上最先进的热图可视化库.新的2.0版本 Heatmap.js 更快,拥有更强的渲染模块,使用更方便,因此您可以快速掌握和扩展自定义功能. 插件下载     效果演示 下面是一个简单的调用示例: // mi