最近需要下载一大批GEO上的数据,问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件,换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载.但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包,不知道是网络问题还是怎么,GEOquery有时候运行也不太稳定,但是总体来说,很好地解决了我的问题. 首先假设我们想要下载的数据是GSE77445,这是一批DNA甲基化数据,我们可以在R语言中安装GEOquery之后,载入R包,然后直接输入: Data <- getGEO("GSE77445"
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1.注册一个NCBI账户 注册geo账户(老用户和新用户): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 有3个月的时间 GEO DataSets >> GEO Home >> Login to Submit >> Recover Account (老用户) 或者 Contact Information (新用户) 2.GEOarchive has three required components:(准备文件) 1)a m