简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 Posted: 五月 07, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据. 这两个都属于R包,其相同点在于都是对count data数据进行处理,都是基于负二项分布模型.因此会发现,用两者处理同一组数据,最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的,但是

1.简介 Git是一个开源的分布式版本控制系统,能用于快速高效地处理任何或小或大的项目,它是Linus Torvalds为了帮助管理Linux内核开发而开发的一个源码开放的版本控制软件. 2.Linux平台安装git Git的工作需要调用curl.zlib.openssl等库,因此在安装git之前需要安装这些依赖库,在Linux系统上使用apt-get或yum命令进行安装. (1)命令行安装 首先安装库依赖: $ sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev

161_可视化_Power BI 复刻 GitHub 贡献热力图 一.背景 在 GitHub 上,有用户的贡献度的热力图如下: Power BI 公共 web 效果:https://demo.jiaopengzi.com/pbi/161-full.html 我们使用 Power BI 来复刻一下,如下: 二.实现过程 1.依赖 上述热力图是基于日期维度的,所以日期表是必备的,且需要按照我们设计的日期表才能实现(参见:https://jiaopengzi.com/2635.html):可见在我们的

使用说明:此文档包含所有的Linux命令,只有你想不到的没有你看不到的,此文档共计10万余字,有8400多行,预计阅读时间差不多需要3个小时左右,所以要给大家说一说如何阅读此文档 为了方便大家阅读,我这里做了相关索引,建议使用搜索的方式阅读,如果您有大把时光去阅读的话您可以试着去 第二个方法就是找我要电子版文档 搜索的话直接使用浏览器的搜索方式就可以了,我这里使用谷歌浏览器进行演示 打开文档 打开谷歌的搜索,键入ctrl+f 右上角出现搜索框后,直接在搜索框中输入要查询的命令,但是查询结果有很多

简单使用limma做差异分析 Posted: 五月 12, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先需要说明的是,limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA-Seq的差异分析,按照其文章所说: limma is an R/Bioconductor software package that provides an integrated solution for analysing data from gene expressi

转载果子学生信  https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R 今天我们讲一下TCGA数据的标准化,以及差异分析,得到了标准化后的数据,我们就可以按照以前的帖子,做一系列操作 Y叔推荐的这个图有毒! 图有毒系列之2 多个基因在多亚组疾病中的展示 在得到了差异分析的结果后,我们可以完成热图,火山图,GO分析,KEGG分析,GSEA分析,就跟这个帖子中

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2):2) Read count(多重比对的问题):丢弃平均分配利用Unique region估计并重新分配表达量计算的本质目标基因表达量相对参照系表达量的数值.参照的本质:( 1)假设样本间参照的信号值应该是相同的:( 2)将样本间参照的观测值校

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

零基础照样做RNA-seq差异分析 GCBI知识库2018-08-24 14:43:36 基因表达谱的差异分析是RNA-seq中最常见的应用.你眼中的RNA-seq差异分析或许是酱紫的,对不会编程,不懂统计,纯正生物学出生的人, 内心简直SOS…… 但有些人眼中的RNA-seq差异分析却是这样的,借助云平台和图形化界面,生信零基础同样可以做RNA-seq差异分析. 小编也是第一次尝试,一起来看看云平台如何拯救你我于水火之中.RNA测序原始数据太大,就直接用了demo数据. 平台用的是GCBI(w

response设置编码的三种方式 在java后台的Action代码或者Servlet代码中用response的方法来设置输出内容的编码方式,有以下三个方法: 1.response.setCharacterEncoding("UTF-8"); 2.response.setContentType("text/html;charset=UTF-8"); 3.response.setLocale(new java.util.Locale("zh",&q

转自:http://yangl.net/2016/09/27/edger_usage/ 1.Quick start 2. 利用edgeR分析RNA-seq鉴别差异表达基因: #加载软件包 library("edgeR",verbose=0); # 1. 载入数据 读取read count数 data <- read.delim("pnas_expression.txt", row.names=1, stringsAsFactors=FALSE); head(d

1)简介 edgeR作用对象是count文件,rows 代表基因,行代表文库,count代表的是比对到每个基因的reads数目.它主要关注的是差异表达分析,而不是定量基因表达水平. edgeR works on a table of integer read counts, with rows corresponding to genes and columns to independent libraries. The counts represent the total number of

git的基本配置 git是一个版本控制工具,既然是工具,那么就可以根据人的个人喜好来进行设置,git也提供了配置,可以根据自己的喜好来对它进行个性化的设计,以让自己舒服的玩. git有三个配置文件 /etc/gitconfig 文件:系统中对所有用户都普遍适用的配置.若使用 git config 时用 --system 选项,读写的就是这个文件. ~/.gitconfig 文件:用户目录下的配置文件只适用于该用户.若使用 git config 时用 --global 选项,读写的就是这个文件.

欢迎收看本期的<老周吹牛>节目,由于剧组严重缺钱,故本节目无视频无声音.好,先看下面一个类声明. [DataContract] public class DemoObject { [DataMember] public double Part1 { get; set; } [DataMember] public int Part2 { get; set; } [DataMember] public byte Part3 { get; set; } [DataMember] public str

每次设置root和远程访问都容易出现问题, 总结了个通用方法, 关键在于实用 step1: # mysql -u root mysql mysql> Grant all privileges on *.* to 'root'@'%' identified by 'root' with grant option; //增加远程访问权限mysql> UPDATE user SET Password=PASSWORD(’newpassword’) where USER=’root’;  //增加ro

Visual Studio Code (简称 VS Code)是由微软研发的一款免费.开源的跨平台文本(代码)编辑器,在十多年的编程经历中,我使用过非常多的的代码编辑器(包括 IDE),例如 FrontPage.Dreamweaver.EditPlus.EmEditor.Notepad++.VIM.Sublime Text.Xcode 等等.它们都是很优秀的编辑器,尤其是 Sublime Text ,十分适合 web 开发. VS code有着 软件设计理念和它背后的团队,从软件架构.资金资源和

1.每次我们在MyEclispe中创建Jsp页面,生成的Jsp页面的默认编码是"ISO-8859-1".在这种情况下,当我们在页面中编写的内容存在中文的时候,就无法进行保存.如下图所示: 2.对于这种情况,如果我们想在jsp页面中编写中文内容,该怎么解决呢.其实我们可以通过设置每次生成Jsp默认的编码为utf-8,这样子我们就可以在jsp页面中写中文的内容了,而且还可以一劳永逸.具体步骤如下: MyEclipse,点击菜单上的     window--->preferences-

Linux scp 设置nohup后台运行 1.正常执行scp命令 2.输入ctrl + z 暂停任务 3.bg将其放入后台 4.disown -h 将这个作业忽略HUP信号 5.测试会话中断,任务继续运行不受影响 1.正常执行scp命令 从oradb30机器拷贝一个文件夹到oradb31机器: scp -r /u01/media/Disk1/ 192.168.1.31:/u01/media/ [root@oradb30 ~]# scp -r /u01/media/Disk1/ 192.168.

网站部署之~Windows Server | 本地部署 http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#iis DNS服务器部署不清楚的可以看上一篇:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/5439816.html 公司内部的pc,基本上dns都是内部的服务器(因为有一些内部站点和系统) 那么DNS服务器怎么设置才能让公司PC访问外网呢? 开下转发器就可以了 输入ISP提供的DNS服务器的IP地址等:(此图不全,只当参考)

在PowerDesigner中的设计SQL Server 数据表时,要求通过vbScript脚本实现下面的功能: 主键:pk_TableName 外键:fk_TableName_ForeignKeyColumnList 当字段作为主键,而且类型为smallint,int,bigint,那么要设置Identity =true. 当字段作为主键,而且类型为uniqueidentifier,那么要设置默认值为newid(),而且设置扩展属性rowguidcol. Option Explicit Val