1)下载各种数据bam.gtf.fasta.ded等的地址 ftp://ftp.ensembl.org/../pub/release-93/

以下是对Ensembl突变数据库中储存的数据的描述,对于Ensembl数据库中不同的物种,我们从各种来源(例如,dbSNP数据库)导入突变数据(SNP.CNV.等位基因频率.基因型等),导入的突变数据和等位基因经过质量控制过程来标记可疑数据. 我们将突变分成几个不同的类,并计算突变的预测结果,并且我们还创建了突变集以帮助人们从特定数据集中检索特定突变体组. 我们计算了人类每个突变在种群中的连锁不平衡. 突变数据类型 Ensembl突变数据库储存了从外部导入的数据以及就算得来的数据. 外部导入的数

Ensemble公共MySQL数据库 对于大量数据和更详细的分析,Ensemble的MySQL服务器ensembldb.ensembl.org,useastdb.ensembl.org或asiadb.ensembl.org,可以以匿名方式访问. 第三台服务器martdb.ensembl.org提供对BioMart数据库的公共访问. 如果您对人体GRCh37装配的数据感兴趣,只能在ensembldb.ensembl.org上获得(参见下面的连接细节). 从Ensembl数据库中检索数据有两种选择:

最近用到蛋白质序列数据,但是才发现蛋白质的编号主要分为两种:一种是ENSP开头,主要是在ensembl数据库查询asia.ensembl.org/Human/Search:而另一种是uniprot.www.uniprot.org/uniparc 另外还有几个非常有用的网站提供了大量资源. string-db.org/cgi/input.pl comppi.linkgroup.hu/protein_search biogps.org

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec

http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动态网页开发技术,要用它完成实践项目工程的开发,需要掌握的知识点比较多.为了让读者对JSP这一开发技术的知识体系有个全面.清晰的了解,为后续的学习打下基础,本章将首先讲述作为一名JSP程序员应该掌握的技术知识体系和本书的内容安排.接着,对JSP技术进行了简要的介绍,使读者了解JSP技术的功能和优势.读

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a

RNAcentral 是EBI 开发的一个非编码RNA的数据库. 网址如下: http://rnacentral.org/ RNAcentral 整合了包括 Ensembl, GENCODE,Greengenes, HGNC, LNCipedia, lncRNAdb, miRbase, NONCODE,RDP, RefSeq, Rfam, SILVA 在内的多个数据库,完整的数据库列表见如下链接:http://rnacentral.org/expert-databases.对于每一条非编码RNA

转自:http://www.biotrainee.com/thread-411-1-1.html 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accession number GLA, GLB, UG

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

accession编号的分子类型代号: Ensembl是2000年就开始开发的基因组自动注释软件,起初是只对真核生物基因组,2009年后开始对植物,细菌等开放.既然要注释,就要有注释对象(基因,转录本),并且有自己的一套命名体系(基因:ENSG; 转录本:ENST). 以下面例子为例,和是一样的转录本,只是一个是在ensemble系统,一个是在refseq数据库.

上周收到一条求助信息:“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异?” 所以以这个题目为记录分析过程如下: 一.下载数据 a)进入网站https://cancergenome.nih.gov/   网页截图如下: b)进入数据下载 Launch Data Portal   ,截图如下: 进入数据下载接口后,有Projects Exploration Analysis Repository 四个栏目,我们数据下载可进入Repository菜单栏,截图如下: 网页分成左

原文来源:x2yline在生信进化树上的评论,http://www.biotrainee.com/thread-626-1-1.html Ensemble( ensembl.org网站是常用真核生物参考基因组来源之一 )能够对人类基因自动进行注释,包括人类,小鼠,斑马鱼,猪和大鼠等,也包括来自HAVANA的人工注释信息.Ensembl是一项生物信息学研究计划,旨在开发种能够对真核生物基因组进行自动注释(automatic annotation)并加以维护的软件系统.该计划由英国Sanger研究所

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

欢迎来到"bio生物信息"的世界 有些人研究了很久的基因,都不一定知道他们研究的基因在小鼠模型上发挥什么作用--陈文燕 今天想介绍一个数据库MGI,全称Mouse Genome Informatics. 网站地址:http://www.informatics.jax.org/ 下面仔细讲一下MGI可以获得什么信息 1 基因在ENSEMBL, Havana/Vega, MGI,NCBI的可视化比较 下图是某个基因区域在几大数据库的可视化结果.可以很直接的比较小鼠和人类基因组的区别. 感兴

GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-24 4220 publications 107486 SNPs 157336 associations Genome assembly GRCh38.p12 dbSNP Build 151 Ense

首先介绍下两种方法: 一.本地分析 1.在STRING数据库下载人的互作文件,如下图,第一个文件 https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=HGrreq5g8nLI&species_text=Homo+sapiens 2.在本地电脑上(linux),用grep 检索该蛋白的互作关系:ENSP00000359708 ,发现结果是空 二.直接到STRING数据库进行互作关系分析 1.检索网址 (1)这个支持多个基因ID或者蛋白ID https:/

生物医学大数据: SRA:Sequence Read Archive (SRA) makes biological sequence data available to the research community to enhance reproducibility and allow for new discoveries by comparing data sets. 其中的reads是短reads,下机后得到的初级数据,是一次数据库,起到store的作用,该数据库最重要的是反应深度测序的

1. 建库连库 连接MySQL数据库需要安装支持 npm install mysql 我们需要提前安装按mysql sever端 建一个数据库mydb1 mysql> CREATE DATABASE mydb1; mysql> SHOW DATABASES; +--------------------+ | Database | +--------------------+ | information_schema | | mysql | | mydb1 | | performance_sch

一.使用Raw文件夹下的数据库文件 在使用GreenDao框架时,数据库和数据表都是根据生成的框架代码来自动创建的,从生成的DaoMaster中的OpenHelper类可以看出: public static abstract class OpenHelper extends SQLiteOpenHelper { public OpenHelper(Context context, String name, CursorFactory factory) { super(context, name,