ensembl获取基因的3‘UTR区

2024-10-19

如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列

庐州月光如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可: 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在UCSC数据库中,提供了3'UTR区序列的下载,以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列链接:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

利用KEGG的API获取基因对应的pathway 信息

KEGG 官网提供了API, 可以方便的访问KEGG 数据库中的内容,链接如下: http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一个基因参与的pathway 信息, 以human 为例: 1) 第一步,获取每条pathway具体的描述信息对应的API为 : http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa 内容如下: 可以看到,返回的内容一共两列,第一列为物种对应的pathway, 第二列为该pathway 对应

Python(phone)模块获取手机号归属地、区号、运营商等

Python(phone)模块获取手机号归属地.区号.运营商等一.我使用的是python3,可以自行搜索下载二.安装phone模块, pip install phone 三.测试代码如下: from phone import Phone if __name__ == "__main__": phoneNum = ' info = Phone().find(phoneNum) print(info) try: phone = info['phone'] province = info

【JavaScript与JQuery获取H2的内容】

撰写日期:2016-7-13 11:05:07 JavaScript与JQuery获取DOM内容是有区别的,接下来看一例子栗子: Jquery-获取H3中的内容然后Dom转换为Jquery <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xm

C++ 通过WIN32 API 获取逻辑磁盘详细信息

众所周知,在微软的操作系统下编写应用程序,最主要的还是通过windows所提供的api函数来实现各种操作的,这些函数通常是可以直接使用的,只要包含windows.h这个头文件, 下载源文件今天我们主要介绍的是几个常用的api函数,通过它我们可以获取用户磁盘的相关信息. 其主要函数原型说明如下: 1.获取系统中逻辑驱动器的数量 The GetLogicalDrives function retrieves a bitmask representing the currently availabl

C++通过WIN32 API获取逻辑磁盘详细信息

众所周知,在微软的操作系统下编写应用程序,最主要的还是通过windows所提供的api函数来实现各种操作的,这些函数通常是可以直接使用的,只要包含windows.h这个头文件. 今天我们主要介绍的是几个常用的api函数,通过它我们可以获取用户磁盘的相关信息. 示例程序:请点击附件下载. 其主要函数原型说明如下: 1.获取系统中逻辑驱动器的数量 The GetLogicalDrives function retrieves a bitmask representing the currentl

Jquery学习笔记：利用find和children方法获取后代元素

在很多场景下,需要根据一个已知的jquery对象,去查找其满足条件的后代节点. 这时可以利用 find函数和children来处理. find和children函数都可有一个参数,常见的是一个字符串,其值就是选择器,含义同利用 $()函数来获取元素. 两者的区别是children函数只获取其满足条件的第一层子节点,而find函数则获取所有下级子节点. 下面我们举例说明: <div id="mydiv"> <p id="pid"></p&

C#获取数字证书

string Thumbprint = "C2489D912F247C187AA14B1291A6fB612281225D"; X509Store store = new X509Store(StoreName.My, StoreLocation.LocalMachine); store.Open(OpenFlags.ReadOnly | OpenFlags.OpenExistingOnly); X509Certificate2Collection certificates = sto

Windbg调试关键区(CriticalSection)死锁

一. 准备工作这里一个有关键区锁死问题的程序,运行之后依次点击"CS锁死"按钮.右上角退出按钮,程序就会卡死.(图1) 对于眼下的这个问题,界面完全失去响应,这说明负责消息处理的UI线程阻塞了.对于几乎所有的windows GUI程序,编号为0的初始线程就是UI线程,windows发现该界面一段时间没有消息响应之后就会在标题后面加上"(未响应)". 二. 开始调试启动Windbg,附加到执行进程(F6),这时如果在windbg输出的上面看到如下内容(图2),说明

差异基因分析：fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性)

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

MFC窗口位置和大小的获取

最近在做一个项目,需要控件随对话框大小的变化而变化,因此需要准确获取对话框窗口.控件的大小和位置. 经过好一番查寻.测试,终于看到了希望.下面是一些获取窗口位置和大小的函数,示例如下: 1.获取屏幕分辨率 //下边两个函数获取的是显示屏幕的大小,但不包括任务栏等区域 int cx = GetSystemMetrics(SM_CXFULLSCREEN); int cy = GetSystemMetrics(SM_CYFULLSCREEN); //下边这两个函数获取的是真正屏幕的大小:屏幕分辨率 i

SurfaceView获取本地视频播放

1.定义可以直接从内存或者DMA等硬件接口取得图像数据,是个非常重要的绘图容器. 它的特性是:可以在主线程之外的线程中向屏幕绘图上.这样可以避免画图任务繁重的时候造成主线程阻塞,从而提高了程序的反应速度.在游戏开发中多用到SurfaceView,游戏中的背景.人物.动画等等尽量在画布canvas中画出. 2.实现首先继承SurfaceView并实现SurfaceHolder.Callback接口使用接口的原因:因为使用SurfaceView 有一个原则,所有的绘图工作必须得在Surface

BOS中定区关联客户

1. 首先发布crm服务第一步:创建动态的web项目crm,导入hessian的jar 第二步:创建一个crm数据库和t_customer表第三步:在crm项目的web.xml中配置spring的DispatcherServlet <servlet> <servlet-name>remoting</servlet-name> <servlet-class>org.springframework.web.servlet.DispatcherServlet&

[原创]JAVA号码工具类：实现手机固话号码判断与区号截取

工具类说明该工具类主要是用于判断号码的类型,如果是手机类型,则返回号码前7位,便于后面继续判断号码归属地:如果是固话类型,则截取固话的区号,同样也是为了后面判断号码的归属地. 在获取到这些信息之后,在结合号码归属地数据库,就能实现完整的归属地功能了. 注:通过淘宝购买手机归属地数据库也算是一个不错的注意,推荐下! 特点 1.使用正则表达式判断手机.固话,基本满足现有手机固话的规则 2.返回的判断结果封装到一个结果类中,结果类中包括号码类型.号码前缀或区号.号码正则表达式说明下面是这次主要用

项目一:第七天 CRM 和bos系统实现定区关联客户,关联快递员. 通过CXF框架实现

定区关联客户需求:为了快递方便客户下订单(发快递),派快递员上门取件. 所以说需要让定区关联客户(知道客户属于哪个定区),定区跟快递员关系:多对多.知道让哪个快递员上门取件. 将CRM系统中,客户表中逻辑外键c_fixed_area_id 设置为定区ID 实现步骤: 第一步:在服务端CRM系统扩展方法(CXF服务端) ***注意服务端扩展新增方法后需要自测第二步:在客户端BOS中调用CRM中查询客户方法-展示客户记录 ***判断选中定区记录数 ***发送ajax请求获取客户记录 ***将返

项目一:第五天 1、区域数据（pinyin4j-简码，城市编码） 2、Web层代码重构（model对象，分页代码提取） 3、区域分页查询 3、分区添加功能 4、定区管理管理-添加，分页

Service: /** * @Description: 1.保存定区 2.让分区关联定区 * 对象三种状态 1.持久态(被session管理对象-一级缓存中有对象) 2.托管态(有OID标识,数据库中有记录) 3.瞬时态 new对象对象关联:持久态可以关联持久态 / 持久态关联托管态 */ public void save(FixedArea model, String[] subAreaId) { //问题:保存完成参数定区对象是瞬时态 //解决:使用save方法返回对象(返回结果是持

C/C++获取Windows系统CPU和内存及硬盘使用情况

//1.获取Windows系统内存使用率 //windows 内存使用率 DWORD getWin_MemUsage(){ MEMORYSTATUS ms; ::GlobalMemoryStatus(&ms); return ms.dwMemoryLoad; } //2.获取windowsCPU使用率 __int64 CompareFileTime(FILETIME time1, FILETIME time2) { __int64 a = time1.dwHighDateTime <<

使用js获取url中的get参数并转成json格式

写在前面的没啥说的上代码思路就是先获取到?后面的参数区,然后利用字符串转数组方法获取到各个参数 var json = {}; var url = 'https://www.baidu.com/index.html?a=12&b=asdf&c=&d'; url = url.replace(/.*\?/,''); var arr = url.split('&'); var temp; for (var i = 0;i < arr.length;i++) { tem

vue+Element-ui 的 el-cascader 做高德地图的省市区三级联动并且是异步加载，点击省市区跳转到对应的区（地图可以通过后端返回的点进行标点）

// 完整版高德地图,可以复制代码直接使用 index.html <script type="text/javascript" src="https://webapi.amap.com/maps?v=1.4.15&key= 这里的key 自行去高德地图申请 &plugin=AMap.DistrictSearch"></script> template <el-cascader size="large"

GlimmerHMM指南

GlimmerHMM指南官方用户手册 GlimmerHMM是一种De novo的新基因预测软件. 新基因发现基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM). GlimmerHMM把一个基因看做几种特征序列(状态)的有序切换,这些特征序列包括内含子,基因间隔区,四种外显子(第一个外显子,中间的外显子,最后一个外显子,唯一的外显子),切换的过程形成马尔科夫链. 特征序列内部序列基于Nth-order interpolated Markov models (IMM)

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