高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]

转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等.这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq).其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化.如果是mRNA测

mycount=`cat SRR108114_new_1.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_1.fastq: '$((mycount/4)) >> SRR108114.stat mycount=`cat SRR108114_new_2.fastq | wc -l` echo 'Number of clean reads, SRR108114_new_2.fastq: '$((mycount/4)) >>

NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技术. Sanger法测序(一代测序):是一种利用DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物的测序技术.每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP).由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的

Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名:是利用三代测序长读长的特点,不打断转录本,直接测序,从而得到全长转录本的一种测序技术. 对于iso-seq 的分析而言,必须掌握以下几个基本概念: 1)ROI 了解过三代测序数据分析的人,对于CCS 环形一致性序列的概念肯定不会陌生,在iso-seq中,提出了比CCS 更加灵活的一个概念:ROI ROI , 全称 reads of insert,可以理解为插入片段,

Hybrid transaction memory systems and accompanying methods. A transaction to be executed is received, and an initial attempt is made to execute the transaction in a hardware path. Upon a failure to successfully execute the transaction in the hardware

下载地址与参考文档 https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz [https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARmanual.pdf](https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARma

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的

miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号: x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1.根据本物种已有的miRNA序列进行比对, 已知当miRNA序列从 miRBase或者 sRNAanno得到 (应该将clean reads比对到所研究物种到tRNA, rRNA, snoRNA,mRNA等数据,允许一个错配,将比对上等reads过

实验材料 构建的群体,或自然群体,如各地方品种. RAD文库构建 提取DNA后,构建文库,简要步骤如下: ① 限制性内切酶TaqI酶切: ② 连接P1接头: ③ DNA随机打断片断化: ④ 目的片段回收与末端修复: ⑤ 连接P2接头: ⑥ RAD片段富集: ⑦ 上机测序. 参考:Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD

鲤鱼基因组:http://www.ntv.cn/a/20140923/52953.shtml   关于鲤鱼基因组的测定,数据质量控制遭到质疑. Why you should QC your reads AND your assembly?   Graham Etherington http://grahametherington.blogspot.co.uk/2014/09/why-you-should-qc-your-reads-and-your.html The genome sequenc

使用ASSM表空间(默认模式)的时候,在dss系统中确实会出现truncate很慢的现象,但是他不会100%重现,得看概率.通过sql trace(对任何v$sysstat看起来资源消耗很低的情况,都可以通过sql trace找到根本原因,所以sql trace是个用来分析但是未必能够帮助解决问题的必备工具)可以看到内部时间如何消耗的.对于truncate,因为目前我们没有直接遇到过,就不分析了,但是在FDA的时候遇到了,顺便搜索了下(FDA是其他原因,见本博客其他帖子),truncate本身慢

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Repodata is over 2 weeks old. Install yum-cron? Or run: yum makecache fast的解决方法: 在命令行输入:yum clean all http://blog.andrewpike.co.uk/repodata-is-over-2-weeks-old/

Kaiju: Fast and sensitive taxonomic classification for  metagenomics   问题描述:However, nucleotide comparison using a fixed k-mer length often lacks the sensitivity to overcome the evolutionary distance between sampled species and genomes in the referen

SQL> drop table test; 表已删除. SQL> create table test as select * from dba_objects where 1!=1; 表已创建. SQL> create index idx_test_id on test(object_id); 索引已创建. SQL> insert into test select * from dba_objects where object_id is not null and object_i

http://entity-systems.wikidot.com/fast-entity-component-system Summary Create a generic System class which stores Components as a Vector array, allows access to them, and processes its data when called. Create an Entity Manager that re-uses expired e

Small Blocks and Indenting The blocks within if statements, else statements, while statements, and so on should be one line long. Probably that line should be a function call. Functions shouldn't be large enough to hold nested structures. The indent

**************************1************************************* 索引状态:          valid.      N/A .      unusable 解释 确认索引状态--user_indexes 确认该索引状态是 N/ASQL> select index_name,status from user_indexes where index_name='IND01';INDEX_NAME