读取fasta文件genome_test.fa,并计算染色体总长,同时输出最长染色体编号.序列以及长度 fasta文件genom_test.fa的内容如下: >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT>chr4ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG>chr5ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCG

#!/usr/bin/perl -w use strict; die "Usage: $0 <file>\n" unless (@ARGV == 1); my $lines = 0; my $bases = 0; while (my $line = <>){ # <> operator reads one line at a time from the file specified by $ARGV[0]. chomp $line; next if

Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta (2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中: awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f

package com.swift.jinji; import java.io.BufferedInputStream; import java.io.BufferedOutputStream; import java.io.File; import java.io.FileFilter; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileOutputStream; i

文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数,步长为1,用空格分割 $ seq -s ' ' 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数,步长为2 # 如果有3个数,中间的数为步长,最后一个始终为最大值 $ seq -s ' ' 1 2 10 1 3 5 7 9 $ cat

目标如题,有多个fasta文件和一个文件名列表,将文件名列表中包含的文件匹配出来并提取第一条序列合并成一个fa文件. 这个采用perl实现,用法和代码如下: 1 #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 4 sub usage{ 5 die "usage:perl $0 <fa.list> <Fasta_Dir> <merged.fa>\n",unless(@ARGV==3); 6 } 7 usage(); 8 9 ope

Linux平台Cpu使用率的计算 proc文件系统 /proc文件系统是一个伪文件系统,它只存在内存当中,而不占用外存空间.它以文件系统的方式为内核与进程提供通信的接口.用户和应用程序可以通过/proc得到系统的信息,并可以改变内核的某些参数.由于系统的信息,如进程,是动态改变的,所以用户或应用程序读取/proc目录中的文件时,proc文件系统是动态从系统内核读出所需信息并提交的. /proc目录中有一些以数字命名的目录,它们是进程目录.系统中当前运行的每一个进程在/proc下都对应一个以进程号

在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中,出了上述4种碱基之外,还包括其他的碱基,可以代表不同类型的碱基 代码 英文含义 中文含义 G   Guanine 鸟嘌啉 A   Adenine 腺嘌啉 T (U) Thymine (Uracil) 胸腺嘧啶 (尿嘧啶) C   Cytosine 胞嘧啶 R (A or G) PuRine 嘌啉 Y

#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fasta import sys import re FASTA= sys.argv[1] BED= sys.argv[2] fasta= open(FASTA, 'U') fasta_dict= {} for line in fasta: line= line.strip() if line == '':

1.使用ProgressMessageHandler 获取进度 using namespace System.Net.Http; HttpClientHandler hand = new HttpClientHandler(); ProgressMessageHandler processMessageHander = new ProgressMessageHandler(hand); HttpClient localHttpClient = new HttpClient(processMess

function y=myfun(n) y=1; for i in 1:n; y=y*(m-i+1)/i; end 给y赋初值 给i遍历 计算每一项的乘积之和 注意:要保存函数的名字为myfun,因为函数的命名要和定义的一样  不然会出错

修改可读取压缩格式文件 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #include <zlib.h> 5 6 #define RLEN 1024 7 8 static void getfq(char *fq); 9 10 int main(int argc, char *argv[]){ 11 12 if(argc!=2){ 13 fprintf(stderr,&qu

awk: awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' YourFile sed: sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' YourFile

import os path = r'/Users/authurchen/PycharmProjects/Demo' # print(os.listdir(path)) ls = os.listdir(path)files = [] def get_all_file(dir_path): global files for filepath in os.listdir(dir_path): tmp_path = os.path.join(dir_path,filepath) if os.path.

目前只能处理短序列,若要处理长序列,可按照https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/13036039.html的读取方法. 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #define RLEN 1024 5 6 static void getfq(char *fq, char *ofq); 7 8 int main(int argc, char *argv

一.关于程序: FUN:计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比,输出最大值及其id INPUT:FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACGCCGTCTGGCACATGCAACGAGCTGTAGCAGAC >seq2 ATGCCTAGAACGTTCGAGACTTCTCGGGTGCGGTAGAATTAGCCATTCGACCGACTTCCA GCATCTGCGAGCCGCCTGTTGATTGCATCCGCCGGGGACGCAACAAGGCAAG

前言 最近要开发一个基于python的合并文件夹/目录的程序,本来的想法是基于修改时间的比较,即判断文件有没有改变,比较两个文件的修改时间即可.这个想法在windows的pc端下测试没有问题. 但是当把一个文件从pc端复制到优盘时出现了一个问题,复制到优盘的文件比pc端的文件慢了两秒钟! 这里我用的复制函数是 shutil.copy2(),理论上它会把修改时间和最后访问时间也复制过来1,但是实际情况并不是完全相同. 详细情况我在segmentfault里提出了问题:为什么将一个文件从pc中复制到

代码: /// <summary> /// 计算文件的 MD5 值 /// </summary> /// <param name="fileName">要计算 MD5 值的文件名和路径</param> /// <returns>MD5 值16进制字符串</returns> public static string MD5File(string fileName) { return HashFile(fileName

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX

将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n"