之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta

主流工具: FastQC fqcheck readfq 拿到测序数据的第一步就是做质量控制 fqcheck之后得到的结果: 它会统计每条reads,按read 1-100位点计算每个位置的ACGTN含量,以及0-41质量值的个数 最终会得到整体的错误率,GC,Q20,Q30 the default quality , sequences, total , average length:100.00 Standard deviations at 0.25: total 0.00%, per bas

就像人们用同一种语言才可以顺畅交流一样,语言是计算机编程的根本,是IT世界交流的工具.运用这些计算机语言,人们可以创造出一个美妙的世界.你点击某个网页或是安装一个应用程序软件,这简简单单动作的背后,就是通过计算机语言来实现的. 我们将带您走进微软公司开发的经典语言——Csharp.    两大应用方向:CS运用和BS运用 Csharp语言有两大运用:CS运用和BS运用.CS主要运用于程序开发,通俗地说就是桌面应用软件的开发.比如一些财务软件.统计软件的开发,就可以使用Csharp语言来完成.BS

Piwik是一个PHP和MySQL的开放源代码的Web统计软件. 它给你一些关于你的网站的实用统计报告,比如网页浏览人数, 访问最多的页面, 搜索引擎关键词等等… Piwik拥有众多不同功能的插件,你可以添加新的功能或是移除你不需要的功能,Piwik同样可以安装在你的服务器上面,数据就保存在你自己的服务器上面.你可以非常容易的插入统计图表到你的博客或是网站抑或是后台的控制面板中.安装完成后,你只需将一小段代码放到将要统计的网页中即可. 一,安装LAMP环境(过程不详述) 二,下载piwik压缩包

1.利用Kettle的"分组","JavaScript代码","字段选择"组件,实现数据质量统计.2.熟练掌握"JavaScript代码","分组"等组件的使用,实现数据质量统计. [实验原理]通过"JavaScript代码"对表格的记录进行质量分类,然后通过"字段选择"生成带质量标志位字段的数据,再通过"分组"统计数据的质量问题. [实验环境]操

表.约束.索引.表空间.分区.序列.统计信息 一.表及其操作 1.创建表 create table 表名 ( 字段名1 字段类型 默认值 是否为空 , 字段名2 字段类型 默认值 是否为空, 字段名3 字段类型 默认值 是否为空, ...... 字段名n 字段类型 默认值 是否为空 ); 2.删除表 delete from 表名; delete删除数据是一条一条的删除数据,后面可以添加where条件,不删除表结构.注意:如果表中有identity产生的自增id列,delete from后仍然从上

呵呵,作数据分析是数据监控后的动作. 思路是用监控系统产生数据, 如果监控本身提供统计最好,如果不提供,则可以用R来作分析统计和预测. 如果数据不符合规范,则用PYTHON进行处理转换. ~~~~~~~~~~~~~~

grep 从文件中筛选出 包含指定的字符或者正则表达式的行:默认只打印匹配到的行, 比如一个文件 test.txt, 其内容为: abc def ghi jkl grep a test.txt, 输出内容为: abc 指定了-A参数后可以输出匹配行以及后面的几行 grep -A 3 a  test.txt, 输出内容为 abc def ghi jkl -f 参数可以指定一个文件, 其中文件的每一行指定了需要匹配的内容, 比如 grep.txt ,内容为: a d grep -f grep.txt

二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of

一.一些函数包大汇总 转载于:http://www.dataguru.cn/thread-116761-1-1.html 时间上有点过期,下面的资料供大家参考基本的R包已经实现了传统多元统计的很多功能,然而CRNA的许多其它包提供了更深入的多元统计方法,下面要综述的包主要分为以下几个部分: 1) 多元数据可视化(Visualising multivariate data): 绘图方法: 基本画图函数(如:pairs().coplot())和 lattice包里的画图函数(xyplot().spl

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)

目录 Python实现C代码统计工具(一) 声明 一. 问题提出 二. 代码实现 三. 效果验证 四. 后记 Python实现C代码统计工具(一) 标签: Python 代码统计 声明 本文将基于Python2.7脚本语言,实现一个简易的C代码统计工具. 本文同时也发布于作业部落,视觉效果略有不同. 一. 问题提出 代码规模较大时,不易对其做出准确的评估.通过代码统计工具,可自动分析和统计软件项目中的文件行数.有效代码行数.注释行数及空白行数,提供准确而直观的代码量报告.基于这种定量报告,可以有

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX

音频 Airtime – Airtime 是一款用于调度和远程站点管理的开放广播软件  Ardour – 在 Linux 上录音,编辑,和混音  Audacious – 开源音频播放器,按你想要的方式播放你的音乐,不占用你其它任务的电脑资源. Audacity – 免费,开源,跨平台的声音录制.编辑软件.  Audio Recorder – 简单的声音录制软件,就在 ubuntu ppa.  Clementine – 播放无数的有损和无损音频格式. Google Play Music – 非官方

应用 音频 Airtime - Airtime 是一款用于调度和远程站点管理的开放广播软件   Ardour - 在 Linux 上录音,编辑,和混音  Audacious - 开源音频播放器,按你想要的方式播放你的音乐,不占用你其它任务的电脑资源.  Audacity - 免费,开源,跨平台的声音录制.编辑软件.   Audio Recorder - 简单的声音录制软件,就在 ubuntu ppa.  Clementine - 播放无数的有损和无损音频格式.   Google Play Mus

最近刚刚看完<Google 软件测试之道>,受益颇多,遂记录下: 只有在软件产品变得重要的时候质量才显得重要 第一章:谷歌软件测试介绍 角色介绍 SWE(Software Engineer).SET(Software Test Engineer).TE(Test Enginee) SET也是开发角色 - 100%时间在编写代码,SET和SWE是合作伙伴 - 工作重心在可测试性和通用测试基础框架 - 参与设计评审 - 关注质量提升和测试覆盖率增加- 写代码的目的是可以让SWE测试自己的功能- 关

海量的超赞 Linux 软件 作者: VoLuong 译者: LCTT Mo | 2016-08-24 16:01   评论: 27 收藏: 38 这个仓库收集了对任何用户/开发者都超赞的 Linux 应用软件. 请随意 contribute / star / fork / pull request.欢迎一切推荐和建议. 更新:原英文库已经在 Gitbook 上发布,中文版阅读地址戳这里.你可以将这个链接分享给新用户,因为在上面阅读相比于在 github 上阅读会更加友好.可以在这里下载英文 p

一. 软件概念 1.软件是计算机系统中与硬件相互依存的另一部分,它是包括程序,数据及其相关文档的完整集合.2.程序是按事先设计的功能和性能要求执行的指令序列.3.数据是使程序能正常操纵信息的数据结构.4.文档是与程序开发,维护和使用有关的图文材料. 二. 软件特性 形态特性.智能特性.开发特性.质量特性.生产特性.管理特性.环境特性.维护特性.废弃特性.应用特性 三. 软件种类 1.系统软件:操作系统 数据库管理系统 设备驱动程序 通信和网络处理程序等 2.支撑软件(工具软件) ①.纵向支撑软件

目录 1. 简介 2.下载安装 3. 软件试用 4. 结果 5. FAQ 1. 简介 X!Tandem是GPM:The Global Proteome Machine(主要基于Web的开源用户界面,用于分析和显示蛋白质鉴定数据.关于GPM的更多内容可参考https://www.thegpm.org/GPM/faq.html)中的一个成员,此外还有X! P3 .X! Hunter等工具.顾名思义,X!表示X! series搜索引擎,Tandem表示串联质谱,所以X!Tandem用于串联质谱数据分析

提到格里芬-Griffin,大家想到更多的是篮球明星或者战队名,但在大数据领域Apache Griffin(以下简称Griffin)可是数据质量领域响当当的一哥.先说一句:Griffin是大数据质量监控领域唯一的Apache项目,懂了吧. ​ 在不重视数据质量的大数据发展时期,Griffin并不能引起重视,但是随着数据治理在很多企业的全面开展与落地,数据质量的问题开始引起重视. ​ 还是那句话,商用版的解决方案暂时不在本文的讨论范围内,目前大数据流动公众号对于数据治理工具的研究还是在开源方向,希

题目描述 Description "神州"载人飞船的发射成功让小可可非常激动,他立志长大后要成为一名宇航员假期一始,他就报名参加了"小小宇航员夏令营",在这里小可可不仅学到了丰富的宇航知识,还参与解决了一些模拟飞行中发现的问题,今天指导老师交给他一个任务,在这次模拟飞行的路线上有N个行星,暂且称它们为一个行星序列,并将他们从1至n标号,在宇宙未知力量的作用下这N个行星的质量是不断变化的,所以他们对飞船产生的引力也会不断变化,小可可的任务就是在飞行途中计算这个行星序列