之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)

#!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = @ARGV; open(FASTQ, $fastq) or die "Can't open $fastq\n"; while (my $readid = <FASTQ>) { chomp $readid; chomp (my $sequence = <FASTQ>

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include

TortoiseGit 内置的文件比对工具是 TortoiseMerge,用于文件比对和解决冲突合并,TortoiseGit 还支持外部的比对工具使用,比如 Beyond Compare 和 DiffMerge,配置很简单. Beyond Compare: Diff Viewer: C:\Program Files (x86)\Beyond Compare 3\BComp.exe %base %mine /title1=%bname /title2=%yname /leftreadonly Me

Java相关技术 - 文件内容检索工具 拿到一个几百M甚至上G的project让你去学习 有时候你会想知道某个关键词是在哪个文件里 比如:spring MVC配置的@RequestMapping,你从页面源知道了Action是 index/login.sftl 然后你想知道,这个@RequestMapping到底是配置在哪个Java类里,你怎么找到这个类呢 又比如,你想知道你当前看到的页面的源文件到底在项目的哪个路径下,你又要什么寻找 别告诉我,你会把项目里的文件一个个打开,直到找到你要的文件

用C#Winform写个简单的批量清空文件内容和删除文件的小工具 本文介绍这个简单得不能再简单的小项目.做这个项目,有以下目的. 1 当然是做个能用的工具 2 学习使用Github 关于用VS2013创建一个项目并添加到Github的教程,请参考(http://www.admin10000.com/document/4004.html).简单来说,就是先用VS创建项目:然后在Github网站上创建一个Respo(本项目的代码托管项目),记下(https://*.git)那个地址:最后用"提交&q

文件比对工具: 工具名称:Beyond Compare 版本号:v3.3.13 下载地址:http://i.cnblogs.com/Files.aspx 官网最新版本下载地址:http://www.scootersoftware.com/download.php 说明: 可进行比较的文件类型: 注:如果进行excel文件比对,则请选择[数据比较]

pscp使用详解 Windows与Linux文件互传工具 pscp使用方法详解:pscp是putty安装包所带的远程文件传输工具,是一款十分常见windows与linux系统之间文件互传的工具,使用方法与linux中的scp相似,这里来介绍一些详细的使用方法. PSCP下载地址,版本:Release 0.60 ------------------------------------------分割线------------------------------------------ 免费下载地址

package com.util; import java.io.BufferedInputStream; import java.io.BufferedOutputStream; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileOutputStream; import java.io.InputStream; import java.io.OutputStream; import java.util