1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas

1.为什么要做这两步(why): indel的重新比对:这是由于比对软件的自身限制,其可能将包括indel的read解释为snp的read,这就导致calling的错误和后面的碱基质量分数的重新校准. 碱基质量分数的重新校准:这是由于测序机器的系统性误差导致的,假设机器能识别5亿个碱基有99%的概率是对,那么也就说有5千万可能是错的,这些错误就可能被作为mutation calling出来,即假阳性. 2.怎么做的(how): indel的重新比对: 1.先找到需要重新比对的区域:GATK之Re

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基质量分数的,现在已成为存储Illumina Genome Analyzer(Illumina基因组分析仪)等高通量测序仪的标准输出格式. FASTQ文件格式 第1行,以“@” 字符开头,后面跟着一个序列标识符和一个可选的描述

一开始拿到三代测序的下机数据时,蒙了,readme ?三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴下了… 测序结果 根据SMRTbell的

转载:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴

phred-scale quality score起源于人类基因组计划,最初是用来评估碱基质量分数,后来,被广泛的推广到基因领域的其他内容. phred-scalequality score表示这件事情做对的可能性,值越高,则做对的可能性越高.一般说来,值可以从0到无穷大. phred-scale quality score的计算公式:Q=-10 * logE :Q表示score ,E表示这件事情出错的概率. 下表为一一对应的Q值和E值: 下图为上表的曲线图: 可以看得出来,phred scor

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX

Fastqc 能够自动识别序列的碱基编码格式,我查看一下源代码,发现是碱基编码格式一共分为 1)sanger/illumina 1.9 2) illumina 1.3 3) illumina 1.5 其核心的代码为 public static PhredEncoding getFastQEncodingOffset(final char lowestChar) { if (lowestChar < '!') { throw new IllegalArgumentException("No

sra文件转换为fastq格式 1 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个

fastQ格式 FASTQ是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式. 他们都是以ASCII编码的.现在几乎是高通量测序的标准格式.NCBI Short Read Archive也是这格式,多了一些描述性词汇而已. 基本格式 包含四行,第一行由'@'开始,后面跟着序列的描述信息,这点跟FASTA格式是一样的: 第二行是序列: 第三行由'+'开始,后面也可以跟着序列的描述信息: 第四行是第二行序列的质量评价(quality values,注:应该是测序的质量评价),字符数跟

sra文件转换为fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是说如果SRA文件中只有一个文件,那么这个参数就会被忽略.如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开.如果还出现了第三个文件,就意味着这个文件本身是未成配对的部分.可能是当初提交的时候因为事先过滤过了一下,所以有一部分数据被删除了.   --gzip 输出文件压缩成gzip格式(通常gzip仅用来压缩单个文件.多个文件的压缩归档通常是首先将这些文件合并成一个ta

之前写的一个小工具,写的很简陋,名字取的也很随意就叫skr,哈哈.主要是fq转fa.合并多个染色体的vcf文件等,功能不多(主要是C写起来太操蛋了T_T),通常我也只用来统计fastq文件信息: 这里给出工具地址:https://github.com/sharkLoc/skrTools usage: Program: skr Usage: skr <command> [options] fq2fa translate fastq file to fasta fqstat summary sta

例如一个6位数的10进制密码,共有106个密码,如果把每个6位数的密码编成号就是[0,106-1].这是十进制的情况,即6个位,每个位有10种选择.如果要遍历所有密码,需要6重for循环,每个循环10次.假如是100位的密码,每位15中选择呢,那就需要100重for循环根本,不可能写代码遍历. 那么对于n个位,每位m种选择呢,如何遍历每个密码?如果也把这样的密码编号成一个十进制数,如何由这个十进制数得到每个位上的数字呢? 下面的代码可以实现这种转换. void convert(int m,int

1475 m进制转十进制  时间限制: 1 s  空间限制: 128000 KB  题目等级 : 白银 Silver 题解  查看运行结果   题目描述 Description 将m进制数n转化成一个十进制数 m<=16 题目保证转换后的十进制数<=100 输入描述 Input Description 共一行 n和m 输出描述 Output Description 共一个数 表示m进制的n化成十进制的数 样例输入 Sample Input 1010 2 样例输出 Sample Output 1

1474 十进制转m进制  时间限制: 1 s  空间限制: 128000 KB  题目等级 : 白银 Silver 题解  查看运行结果   题目描述 Description 将十进制数n转换成m进制数 m<=16 n<=100 输入描述 Input Description 共一行 n和m 输出描述 Output Description 共一个数 表示n的m进制 样例输入 Sample Input 样例1:10 2 样例2:100 15 样例输出 Sample Output 样例1:1010

package com.ds.detect; import java.util.Scanner; public class ToHEX{ public static void main(String[] args) { Scanner sc = new Scanner(System.in); System.out.println("请出入一个十进制数"); int num = sc.nextInt(); toHex(num); System.out.println("输入数字

short s = 0; //一个16位整形变量,初值为 0000 0000 0000 0000 byte b1 = 1; //一个byte的变量,作为转换后的高8位,假设初值为 0000 0001 byte b2 = 2; //一个byte的变量,作为转换后的低8位,假设初值为 0000 0010 s = (short)(s ^ b1); //将b1赋给s的低8位 s = (short)(s << 8); //s的低8位移动到高8位 s = (short)(s ^ b2); //在b2赋给s

十进制转换为二进制: var num = 100; console.log(num.toString(2)); toString()方法可把一个 Number 对象转换为一个字符串,并返回结果. 语法 NumberObject.toString(radix); 其中,radix为可选.规定表示数字的基数,使 2 ~ 36 之间的整数.若省略该参数,则使用基数 10.但是要注意,如果该参数是 10 以外的其他值,则 ECMAScript 标准允许实现返回任意值. 返回值 数字的字符串.例如,当 r