Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

tructure是与PCA.进化树相似的方法,就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类,分子标记可以是SNP.indel.SSR.相比于PCA,进化树,群体结构分析可明确各个群之间是否存在交流及交流程度 1 软件安装 conda install -c bioconda admixture admixture **** ADMIXTURE Version 1.3.0 **** **** Copyright 2008-2015 **** **** David Alexander, Suyash

实验材料 构建的群体,或自然群体,如各地方品种. RAD文库构建 提取DNA后,构建文库,简要步骤如下: ① 限制性内切酶TaqI酶切: ② 连接P1接头: ③ DNA随机打断片断化: ④ 目的片段回收与末端修复: ⑤ 连接P2接头: ⑥ RAD片段富集: ⑦ 上机测序. 参考:Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD

作者前三本书<软件性能测试与LoadRunner实战>.<精通软件性能测试与LoadRunner实战>和<精通软件性能测试与LoadRunner最佳实战>面市后,受到广大软件测试和开发人员的关注与好评.鉴于很多功能测试人员.在校大学生以及众多零基础性能测试人员,对性能测试及LoadRunner工具的极大求知.学习欲望,结合零性能测试基础特点,<软件性能测试与LoadRunner实战教程>在前几本书的基础上,取其之精华部分内容,同时对书的内容进行了丰富,从零基

“C++很不错,PHP是世界上最好的语言,所以我选Java …” 在全球软件开发者群体中,关于最优语言与最优框架的争论从未停止. 本次 ActiveReports 大数据分析报告,将借助权威数据,为您呈现在人工智能.机器学习.区块链.物联网等新技术不断涌现的时代,最为流行的开发技能.编程语言以及市场最前沿趋势.通过软件工程的热门工作排行.薪酬待遇排行.最受雇主欢迎的编程语言排行.开发者最喜欢的编程语言排行.技术人才市场需求变化等维度,为您揭示 2019 软件开发者真实现状. 近日,美国知名互联网

转自公众号Eric生信小班.学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio的研究论文,利用全基因组和转录组数据,系统研究了开心果在驯化与环境适应上的遗传机制,研究内容和方法采用群体基因组学的常规分析,包括基因组de novo.转录组.群体进化.选择位点分析,可作为群体基因

重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来.群体结构分析,是重测序最常见的分析内容.群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性.我们之所以冠以 "群体结构三剑客"的称呼,那是因为这三张图(或者说三项分析)几乎总是在一篇文章中一起出现.虽然这三张图常常一起出现,但它们能够解释的生物学问题,以及绘制的方法都是有所不同的,所以我们还是

目录 材料与方法 结果分析 本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE,PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群,这些亚群表现出地理上的遗传分化.利用纬度相差10°的两个位置(北京.武汉)收集的表型数据,鉴定了17个与开花时间性状相关的SNP(TAS),包括一个稳定的基因位点Chr12:5914898和以前未检测到的在开花基因E1和E2附近的候选基因.利用与地方种收集地点相关的已公布数据,鉴定出与三个生物气候学变量(温度,日长和降水)

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1.企业成长的不同时期 初创期:初创前几年,最重要的创业激情,靠“蓝色小药丸”,断层期切入,不断试错玩命干(产品定位.商业模式.融资源.找关系.辅渠道),并最终完成赢利模式,得以生存. 成长期:通过快速扩张,形成一股强势的上升势头,人员快速增加,业绩也随之进入了上升通道,在各地跑马圈地,形成爆发式增长,此时要靠企业心智模式,“资源-流程-利润目标”,“使命愿景价值观”, 才能进行有效管理.这段时期也是企业最美好的日子,忙并快乐着. 很快企业就会成长到一个顶峰,眼看着业绩一年比一年高,企业这时已达

[中国,上海,9月20日] 在HUAWEI CONNECT 2019期间,华为云EI服务产品部总经理贾永利宣布--华为云AI重装升级,并重磅发布一站式AI开发管理平台ModelArts 2.0. 现场,贾永利表示:" 2019年华为完成从芯片到软件的全栈AI能力集结,华为云AI重装升级.通过技术创新,我们希望为AI开发带来全新体验,一方面大幅降低初学者的门槛,让更为广泛的AI初学者群体和庞大的软件开发者群体都能快速掌握AI技能,把AI用起来:另一方面显著提升专业AI开发者的效率,让算法工程师.数

[摘要] modelarts自发布以来,不断地更新增加新的功能来为AI工程师们带来新的服务,在这次的全联接大会上EI服务产品部总经理贾永利宣布--华为云AI重装升级,并重磅发布一站式AI开发管理平台ModelArts2.0. 贾永利表示,"2019年华为完成从芯片到软件的全栈AI能力集结,华为云AI重装升级.通过技术创新,我们希望为AI开发带来全新体验,一方面大幅降低初学者的门槛,让更为广泛的AI初学者群体和庞大的软件开发者群体都能快速掌握AI技能,把AI用起来:另一方面显著提升专业AI开发者的

任何一个领域都遵循从新人到熟手,从熟手到专家的路径.在成长过程中,DevOps人经常会陷入没人带,没人管,找不到职业方向的迷茫. DevOps是在商业演进与企业协作的进化过程中诞生的一个全新职业,被很多人看成是一个“全栈”岗位,是能开发.会运维的复合型人才,但想要从事DevOps工作要从哪学起?如何入门?又该如何精进? 我们对101名DevOps专家进行调研,问题只有一个:从入门到熟手,再从熟手到专家的成长路径中都看了哪些书?最终选出了39本推荐度最高的书籍,分成基础敏捷实战.敏捷测试.精益系列

Worktile 宣布完成B+轮融资.本轮融资由亿联凯泰基金领投,老股东斯道资本.宽带资本跟投.该轮融资将用于公司产品技术研发及市场拓展. 作为企业服务行业的佼佼者,Worktile 始终以打造世界级的办公软件作为公司发展的核心目标.成立6年来,Worktile 服务了来自互联网. 电商.游戏.教育.外贸.零售. 金融.地产在内的 30 多个行业,付费企业近 4000 家,用户超 50 万,在用户群体中积累了良好的口碑. (Worktile发展历程) 过去几年,Worktile一直专注于协作办公

目录 一.前沿概述 二.主要结果 重测序.组装与注释 泛基因组 SV特征 PAV与古多倍化,WGD事件 基因SV与基因融合 SV与大豆驯化 SV影响基因表达及其与性状关联 一.前沿概述 Pan-Genome of Wild and Cultivated Soybeans DOI:10.1016/j.cell.2020.05.023 2020年田志喜老师和梁承志老师强强联合发表大豆泛基因组,这篇文章具有里程碑意义,预示着作物泛基因组时代到来.今年水稻泛基因组同样的策略发在cell. 大豆泛基因组的

目录 2010年1月:大豆基因组首次发表(Nature) 2010年12月:31个大豆基因组重测序(Nature Genetics) 2014年10月:野生大豆泛基因组(Nature Biotechnology) 2015年2月:大豆在驯化和改良过程中遗传多态性明显降低(Nature Biotechnology) 2017年8月:GWAS解析大豆重要性状网络(Genome Biology) 2018年8月:中国国审大豆品种中黄13的基因组完成(Science China Life Science

目录 一.来源 二.结果 扁豆的染色体水平高质量组装 扁豆相关农艺性状的QTL定位 直系/旁系同源的演化和物种形成事件 与农艺性状相关基因的直系同源物 群体结构分析揭示扁豆遗传簇 豆荚发育过程中的基因表达 一.来源 Comprehensive genomic resources related to domestication and crop improvement traits in Lima bean. Nature Communications volume 12, Article nu

本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤.如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling,那么可以考虑下面的标准 QD< 2.0 || FS> 60.0 || MQ< 40.0 || MQRankSum <−12.5 || ReadPosRankSum <−8.0 QUAL<30.0||QD<2.0||FS

Atitit.软件开发的三层结构isv金字塔模型 第一层,Implements 层,着重与功能的实现.. 第二次,spec层,理论层,设计规范,接口,等.流程.方法论 顶层,val层,价值观层,原则,法则,定律等. 这一建构应从界定内涵出发,从器物.制度和意识形式三个层面厘定其表征:并结合发展轨迹,通过比较,探索.建构有利于“本土”文化,必须着力追寻能推动这一文化特质生成的进路,并以发挥其实践功效为归宿点和落脚点. 作者::  ★(attilax)>>>   绰号:老哇的爪子 ( 全名:

这篇是我参加QCon北京2014的演讲内容: 提纲: 企业应用在软件行业中占有很大的比重,而这类软件多数现在也都采用B/S的模式开发,在这个日新月异的时代,它们的前端开发技术找到了什么改进点呢? B/S企业软件前端开发模式大体上与桌面软件类似,都是偏重量级的,在前端可能会有较多的业务逻辑,这些业务逻辑如何被合理模块化,与界面分离,以便测试,成为这个领域的一个重要挑战.另一方面,由于企业应用的界面相对规整,偏重的是数据存取,没有太多花哨的东西,所以常见的界面控件也是可枚举的,如何让开发界面的工作能