FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www.stbates.org/guilds/app.php 对于数据库而言,最直接的就是看一下数据库中存储的字段信息: 点击下面的链接,可以返回FUNGuild 数据库中所有的记录,返回的文件格式是json, 这种格式是网络中数据传输的标准格式,但是对于我们来讲看起来不够直观,可以通过脚本语言处理,格式化

文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分: 基因执行的分子功能(Mole

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN

文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation(SAAVpedia:蛋白质基因组解释的单氨基酸突变的识别.功能注释和检索) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年10月 IF:3.78 单位: 韩国基础科学研究所,生物融合分析研究中心 韩

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

作者信息 作者名称:金云龙 个人网站:http://www.longestory.com 个人公众帐号:搜索"longestory"或"龙哥有话说" 须要注意的是,假设使用Servlet 3.0版本号的话:首先Tomcatserver必须使用7.0版本号以上的(老版本号不提供3.0版本号).其次Eclipse创建Webproject时选择3.0版本号. Servlet 3.0版本号同意使用注解方式来替代web.xml文件里配置Servlet.Filter和Liste

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs.Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可

继上一篇文章介绍了Jayrock组件开发接口的具体步骤和优缺点之后,今天给大家带来的就是,如何修复这些缺点. 首先来回顾一下修复的缺点有哪些: 1.每个接口的只能写大概的注释,不能分开来写,如接口的主要功能,输入的参数是什么意思,输出的字段是什么意思. 2.测试页面中,针对每个接口的功能注释是没有的,这样非常不方便,因为接口一多,开发人员很难快速的定位要使用的接口. 3.测试页面中,选择的下拉框不能输入搜索,只能一个个选择,接口一多,绝对是个悲剧的活. 那么下面就展示我是如何修复这些缺点的: 1

一.WebService中常用的属性(Attributes)1. Web Service(Web服务)提供以下三个属性.    Namespace:此属性的值包含 XML Web Service的默认命名空间.XML命名空间提供了一种在XML文档中创建名称的方法,该名称可由统一资源标识符(URI)标识.如果不指定命名空间,则使用默认命名空间 http://tempuri.org/.     Name:此属性的值包含XML Web Service的名称.在默认情况下,该值是实现XML Web Se

代码整洁,规范,可读,注释是关键之一. 1.整个类文件注释 注释结构:/* * @(#){类名称}.java       {创建时间} * * {某人或某公司具有完全的版权} * {使用者必须经过许可} */ 2. 具体类功能注释 注释结构: /** * 类 <code>{类名称}</code>{此类功能描述} * * @author {作者} * @version {版本,常用时间代替} * @see     java.lang.Class * @since   JDK{jdk版

但凡是做过基因表达数据分析的(芯片.RNA-seq,scRNA-seq),肯定是跑过基因集功能注释和通路富集的,因为它是研究未知基因集的利器. 但跑过之后老板肯定会给反馈,通常得到的注释都是没有太多意义的,偶尔能随缘得到一些满意的注释,所以常见的注释数据库是有显而易见的缺点的. 而往往我们是在验证时才使用注释,这种拿不准确数据来验证新的数据的方法确实值得思考. 那么GO和KEGG常见注释库到底有些什么缺点呢? 那就不得不去了解GO.KEGG是怎么来的 The Gene Ontology Cons

1.GO资源简介 由于生物系统的惊人复杂性和需要分析的数据集的不断增加,生物医学研究越来越依赖于以可计算的形式存储的知识.基因本体论(GO)项目为基因功能和基因产物的可计算知识提供了目前最全面的资源.GO知识库由两个主要部分组成: 基因本体论Gene Ontology (GO),提供了生物功能(“术语”)及其相互关系的逻辑结构,表现为有向无环图. GO注释(GO annotations)的语料库,将特定的基因产物(蛋白质.非编码RNA或大分子复合物,为简单起见,我们通常将其称为“基因”)与特定的

最近发现一个比较好用的插件,可根据api的功能注释说明一键生成文档以及功能demo: swaggerUI 是一个简单的Restful API 测试和文档工具.简单.漂亮.易用.通过读取JSON 配置显示API. 项目本身仅仅也只依赖一些 html,css.js静态文件. 你可以几乎放在任何Web容器上使用. 这里可以直接创建一个默认的项目: 添加nuget 组件库 Swashbuckle 代码注释生成文档说明.Swashbuckle 是通过生成的XML文件来读取注释的,生成 SwaggerUI,

何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来. 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发了很多基因功能注释数据库,.这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书,K

Gene Ontology (GO) 注释  Posted on 2017-06-11 |  In 生信 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分:

在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号. 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组.其中 304 个为真核生物,3,600 个为原核生物.在真核生物中,共有 299 个物种(一个物种可能不止一个基因组),分为 172 科,227 属:在原核生物中,共有 1,858 个物种,分为 809 属. KEGG 对这些物种的基因序列构成了一个非冗余的 KEGG

摘要 本文给出主Python版本标准库的编码约定.CPython的C代码风格参见​PEP7.本文和​PEP 257 文档字符串标准改编自Guido最初的<Python Style Guide>, 并增加了Barry的​GNU Mailman Coding Style Guide的部分内容.本文会随着语言改变等而改变.许多项目都有自己的编码风格指南,冲突时自己的指南为准. 本文给出主Python版本标准库的编码约定.CPython的C代码风格参见PEP7. 本文和PEP 257 文档字符串标准改

1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,

PHI是一个致病菌的数据库,截止到2017年8月1号为止,最新的版本是4.3,数据库中收录了实验验证过的致病菌的信息,其中有176个来自动物的致病菌,227个来自植物的致病菌,3个来自真菌的致病菌; 4.3版本中数据库的具体信息如下: 共收录了4775个基因, 相互作用有8610条, 致病菌有264种, 宿主有173种,疾病有428种,References 参考文献有2330种 数据库网址如下: http://www.phi-base.org/index.jsp 在数据库的记录中,包含以下几个比