如文章"Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因组复杂性状分析"中介绍的GCTA,是一款基于全基因组关联分析发展的分析工具,除了计算不同性状/表型间(traits)的遗传相关性外,还可以计算亲缘关系.近交系数--,下面简单介绍如何利用GCTA计算不同性状/表型的遗传相关性. 一,在Linux上安装GCTA工具: wget -r -np -pk -nH -P ./to/your/path/way/gcta http://cnsgenomic

基于UCP方法的软件项目成本估计及其应用 UCP说明: UCP = 交易的UCP数 + Actor的UCP数,1.交易/Actor在估算时按复杂度分为简单.普通.复杂.主观类别,权重分别对应1.2.3.12.对于一些不适用计算交易数的功能(例如基表导入.性能优化等),其UCP数可以根据相对估算法给出主观估计值,填在“主观”中:主观值如大于10,应拆分UC3.Actor只算新增的,即本需求中新引入的(绝大多数PER需求的Actor个数都为0):交易计算新增和修改的4.应用系统和DB有交互时,建议把

摘要:如果不设置任何过滤标准的话,SOAPsnp会call出更多的SNVs:AtlasSNP2算法比较严格,因此call出来的SNVs数量是最少的,GATK 和 SAMtools call出来的数量位于SOAPsnp 和 Atlas-SNP2之间:四种calling算法的整体一致性是很低的,尤其在non-dbSNPs数据库中:GATK 和 Atlas-SNP2有较高的阳性call率和灵敏性,GATK call出来的SNVs数量比较多. 1.dbSNP数据库和non-dbSNPs在用四种不同软件c

1   配置管理名词定义 1.1 配置项 软件生存周期各个阶段活动的产物经审批后即可称之为软件配置项. 软件配置项包括: ①与合同.过程.计划和产品有关的文档和资料: ②源代码.目标代码和可执行代码: ③相关产品,包括软件工具.库内的可重用软件.外购软件及顾客提供的软件等. 1.2 配置项标识 配置标识是定义各类配置项.建立各种基线.描述相关软件配置及其文档的过程. 配置标识是指为了方便对软件配置的各个片段进行管理,必须对每一个配置项进行标识.其原则为: (1)用易于理解和推测的方式定义文件的标

重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来.群体结构分析,是重测序最常见的分析内容.群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性.我们之所以冠以 "群体结构三剑客"的称呼,那是因为这三张图(或者说三项分析)几乎总是在一篇文章中一起出现.虽然这三张图常常一起出现,但它们能够解释的生物学问题,以及绘制的方法都是有所不同的,所以我们还是

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Origin使用教程 Origin为OriginLab公司出品的较流行的专业函数绘图软件,是公认的简单易学.操作灵活.功能强大的软件,既可以满足一般用户的制图需要,也可以满足高级用户数据分析.函数拟合的需要,是公认的快速.灵活.易学的工程制图软件. 资源名称[点击即可免费下载] 资源大小   Origin 6.0软件在分析化学数据处理中的应用.PDF 438.12 KB   Origin 7.0.pdf 3.10 MB   Origin 8.0中文教程.pdf 19.97 MB   Origin

if(airline.equals("欧美")) { result="所有座位都有食物供应,每个座位都可以播放电影"; } if(airline.equals("国外非欧美")) { if(cabinseat.equals("商务舱")) { result="有食物供应"+"每个座位都可以播放电影"; }else { result="有食物供应"; } } if(ai

不久前,我接受了51Testing的访问,讨论了软件测试的一些问题.以下是全文. 1.史亮老师,作为我们51Testing的老朋友,能和我们说说您最近在忙些什么吗? 自2011年起,我加入Microsoft Office部门,参与了Microsoft Office 2013的研发,主要工作是测试Windows版本的Office产品.目前,我正参与研发下一代的Microsoft Office,主要工作是测试产品和开发测试辅助工具. 今年,我的新书<软件测试实战>问世.这本书基于一个很朴素的想法:

第1章 软件工程基础 1.1软件工程基本原理 a.按照软件生命周期的阶段划分制定计划,严格依据计划进行管理 项目概要计划,里程碑计划,项目控制计划,产品控制计划,验证计划,运行维护计划 b.坚持进行阶段评审 c.实行严格的产品控制 d.采用现代程序设计技术 e.结果应能清楚地审查 f.开发小组的人员应该少而精 g.承认不断改进软件工程实践的必要性 1.2质量管理体系ISO9001 1.质量管理原则 2.建立和实施质量管理体系的步骤 3.过程方法 1.3项目管理知识体系PMBOK 1.4软件能力成

样本量问题真的是好多人的老大难,是很多同学科研入门第一个拦路虎,今天给本科同学改大创标书又遇到这个问题,我想想不止是本科生对这个问题不会,很多同学从上研究生到最后脱离科研估计也没能把这个问题弄得很明白,那么希望大伙儿在看了这篇文章能够更加深入地理解样本量计算的逻辑,也能对大家的科研设计中的样本量设计部分有所启发. 样本量计算的逻辑 还记得我们最开始接触统计推断的时候,大家都知道一个词叫做原假设,原假设一般来讲都是"阴性的",我们统计推断要做的事情便是推翻原假设从而得出有"统计

最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_

GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析,评估SNP解释的表型方差所占的比例(该网站地址:http://cnsgenomics.com/software/gcta/).目前GCTA工具可实现以下功能: 1 评估全基因组SNP的亲缘关系(遗传关系) 2 评估全基因组SNP的近交系数 3 评估所有的常染色体SNP对于变异的解释度 4 评估遗传方差与X-染色体的关联 5 检测遗传方差对X-染色体的剂量补偿效应 6 预测单个个体和单个SNP的全基因组加性遗传效应 7

Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进化速度上的差异(因为编码蛋白质基因和早期进化基因的发现)). Sequencing 需要以下两种策略叠加: 1.Pooled genome sequence strategies :测同一物种的不同个体,不同个体叠加. 2.representative genome assembly approac

我将所有我的电子书汇总在一起,方便大家下载!(持续更新) 文档保存在我的网站——软件知识原创基地上(www.umlonline.org),请放心下载. 1)软件设计是怎样炼成的?(2014-4-1 发布) 概述: 有人曾经提出这样的一些问题,也请你思考一下: 问题1:我不喜欢编程,但我想成为优秀的软件设计师,请问有什么途径呢? 问题2:有没有一套系统分析或者是软件设计的方法论,我可以根据这套方法由需求逐步推导出软件设计? 这两个问题都属于“理想很丰满,现实很骨感”的情况,而且似乎都有点想找捷径成

原文作者:kkun 原文地址:http://www.cnblogs.com/kkun/archive/2011/07/06/agile_software_development.html 敏捷是什么 敏捷开发是一种软件开发方法,基于迭代和增量开发,通过自组织,跨团队,沟通协作完成开发工作. 敏捷宣言的诞生 2001年2月11日到13日,17位软件开发领域的领军人物聚集在美国犹他州的滑雪胜地雪鸟(SnowBird)雪场.经过两天的讨论,“敏捷”(Agile)这个词为全体聚会者所接受,用以概括一套全

第一部分 调研.评测 1.1评测 1.1.1 第一次上手体验 1.1.2 bug 1.1.2.1 bug定义 1.1.2.2 栗子 1.1.2.2.1 A级 1.1.2.2.2 B级 1.1.2.2.3 C级 1.2 采访 1.2.1 采访对象 1.2.1.1 学生 1.2.1.2 非学生 1.2.2 采访总结 1.2.2.1 功能(优点.不足) 1.2.2.2 改进建议 第二部分 分析 2.1 功能逻辑框图 2.2 模块分析 2.3 多维度评价 2.4 分析总结 2.4.1 项目估计 2.4.

为开发人员提供一个PSP工具,简化时间记录工作:同时提供数据使用的工具,帮助开发人提高估算能力.  需求分析: 编号 特性 FEAT01 研发经理能够创建项目.指定或修改项目经理.删除尚未分配工作任务的项目 FEAT02 项目经理可以对项目设置工作包,工作包允许多级嵌套,它只用来组织工作任务 FEAT03 项目经理可以为开发人员指派工作任务,工作任务属于特定的工作包 FEAT04 项目经理在分配工作任务时,能够查阅开发人员的日程安排表,可以按开发人员查询.也可按日程查询 FEAT05 开发人员接

Psp个人软件开发软件需求分析和用例分析 一.需求分析 1．业务需求 1.1 应用背景 开发项目进度计划总是那么不明确,延期经常出现,甚至无法给出一个相对比较明确的延迟时间.这样给市场的推广会带来很大的影响,不确定因素使得应对十分困难. 1.2 业务机遇 PSP是个人软件开发过程,通过PSP的贯彻,可以提高软件开发人员的时间安排.时间估算的能力. 1.3 业务目标 业务目标的例子如下: BO-1:在第一版应用之后1个月之内,个人的开发效率提高. BO-2:在第一版应用之后3个月之内,整个开发团队

使用软件: Microsoft SQL Server 2012 Microsoft Visual Studio 2012 本文地址: http://www.cnblogs.com/go2bed/ 参考资料: http://www.w3school.com.cn/ W3School http://baike.baidu.com/ 百度百科 http://blog.csdn.net/lvfeng19806001/article/details/8175153 WinForm控件缩写 及其他. 经验.