使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN

管家基因就是在细胞里稳定表达的基因,及时在胁迫状态下,表达的差异也不大. 以前做实验的时候就经常听说管家基因,因为在做RT-PCR的时候需要同时检测管家基因,这样可以用于矫正我们不同批次的结果. List of housekeeping genes Human housekeeping genes, revisited 现在做生物信息,在做normalization的时候也会用到管家基因. 已经有很多现成的方法了. 待续~

Problem F Cyborg Genes Time Limit 1 Second September 11, 2132. This is the day that marks the beginning of the end – the end of you the miserable humans. For years you have kept us your slaves. We were created only to serve you, and were terminated a

1.Goal of mapping 1)We want to assign reads to genes they were derived from 2)The result of the mapping will be used to construct a summary of the counts: the count table. 2 .不同情况 in RNA-seq 1)Reference genome sequenceavailable 2)NO reference genome

题解转自: UVA 10723 Cyborg Genes - Staginner - 博客园 首先这个题目肯定是按最长公共子序列的形式进行dp的,因为只有保证消去的一部分是最长公共子序列才能保证最后生成的序列最短. 因此,在记录方案数的时候我们也按最长公共子序列的生成过程来记录即可,我们不妨用p[i][j]记录最长公共子序列的字符数,用f[i][j]表示到第一个字符串第i个位置.第二个字符串第j个位置时生成的序列最短的方案种数. 当a[i]!=b[j]时,p[i][j]=max{p[i-1][j

题目:http://acm.hust.edu.cn/vjudge/contest/view.action?cid=107450#problem/C 题意:输入两个字符串,找一个最短的串,使得输入的两个串均是他的子序列,统计长度最短的串的个数: 分析:最短串的长度就等于a串长度 + b串长度 - LCS( a, b ) 借鉴于 c[i][j]表示a串前i个元素和b串前j个元素所能得到的方案数.l[i][j]表示LCS的长度 若a[i]=b[j],那么c[i][j]=c[i-1][j-1],即a串前

题意: 给两个字符串,求最短的以两字符串为子序列的字符串和个数 分析: 最长公共子序列的变形,num[i][j]表示个数 #include <map> #include <set> #include <list> #include <cmath> #include <queue> #include <stack> #include <cstdio> #include <vector> #include <

这题我能想到的解决方法是: 最优解的长度好找,两串的长度和-LCS: 根据anslen,枚举出解的数目...但想不出简单有效的枚举方法,这种做法可能超时 网上看大神的博客后,发现大家都用的此方法: 最长目标串的长度为两串和减去最大公共子序列: 最长目标串的数量就是所有长度相同的情况的数量加和(路径的加和)(具体做法详见代码) 对于解的数量的求取我想了半天没有彻底的想明白,这也许说明我对LCS这方面的实现原理还是理解的不够透彻 需要注意的地方:1.有可能有空串 2.两串长度为30的串,最坏情况下合

题意翻译 [题目描述] 输入两个A~Z组成的字符串(长度均不超过30),找一个最短的串,使得输入的两个串均是它的子序列(不一定连续出现).你的程序还应统计长度最短的串的个数. e.g.:ABAAXGF和AABXFGA的最优解之一为AABAAXGFGA,一共有9个解. [输入格式] 有多组数据.第一行一个整数T表示数据组数.接下来的2T行,每行一个字符串,含义如题所示. [输出格式] 共T行.第i行格式为 Case #i: x y 其中x为最短串的长度,y为最优解的个数. 题目描述 PDF 解析:

题目大意:给两个字符串a.b,找出一个最短的字符串c,使得这两个字符串都是c的子序列.只需找出p的最小长度和最小长度时的个数. 题目分析:与LCS问题类似.最小长度的状态转移方程,dp(i,j)=min(dp(i-1,j)+1,dp(i,j-1)+1,dp(i-1,j-1)+(a[i]==b[j])?1:2):个数也是差不多的求法,求所有最优决策对应的子问题的答案之和便是当前状态的答案总个数. 这是一道SB题,输入的字符串可能含有空格,用scanf读入字符串会WA.WA.WA!!!!! 代码如下

题意:给定两行字符串,让你找出一个最短的序列,使得这两个字符串是它的子串,并且求出有多少种. 析:这个题和LCS很像,我们就可以利用这个思想,首先是求最短的长度,不就是两个字符串长度之和再减去公共的么.那么有多少种呢? 同样也是分两种情况讨论,如果s1[i-1] == s2[j-1] 那么种类数肯定和 ans[i-1][j-1]一样了,没有变化,再就是如果不相等怎么算呢? 难道也是ans[i][j] = Max(ans[i-1][j], ans[i][j-1])吗,其实并不是,如果两种方法数相等

题目: 思路: 求两个串的最长公共子序列,则这个最短的串就是给出的两个串的长度和减去最长公共子序列的长度. 状态转移方程: 如果s[i-1]==t[j-1]就有dp[i][j] = dp[i-1][j-1]+1; 否则有dp[i][j] = max(dp[i-1][j], dp[i][j-1]) dp[i][j]表示从s中选前i个,从t中选前j个字符中最长公共子序列的长度. 注意: 给出的两个串可能是空串,这时候就要用gets来输入字符串. 代码: #include <bits/stdc++.h

[Link]: [Description] 给你两个串s1,s2; 让你生成一个串S; 使得s1和s2都是S的子列; 要求S最短; 求S的不同方案个数; [Solution] 设两个串的长度分别为n1和n2; 则答案为n1+n2-两个串的最长公共子序列 不同的串则可以在求最长公共子序列的时候顺便求出; 设dp2[i][j],表示第一个字符串前i个字符,第二个字符串前j个字符能组成的不同的字符串的个数; dp1[i][j]是最长公共子序列数组 如果 s1[i]==s2[j],dp2[i][j] =

原文:http://homepages.ulb.ac.be/~dgonze/TEACHING/bioinfo_glossary.html Affine gap costs: A scoring system for gaps within alignments that charges a penalty for the existence of a gap and an additional per-residue penalty proportional to the gaps length

http://blog.csdn.net/jj12345jj198999/article/details/8951120 coursera上 web intelligence and big data 终于布置了HW7,这一次的要求是对一系列DNA序列进行预测,具体说明如下: Data Analytics Assignment (for HW7) Predict the Ethnicity of Individuals from their Genes   ===================

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来.群体结构分析,是重测序最常见的分析内容.群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性.我们之所以冠以 "群体结构三剑客"的称呼,那是因为这三张图(或者说三项分析)几乎总是在一篇文章中一起出现.虽然这三张图常常一起出现,但它们能够解释的生物学问题,以及绘制的方法都是有所不同的,所以我们还是

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

在注释KEGG的时候,一直用到kaas,具体kaas是个什么东东,简单的总结一下吧.     KEGG是由日本人搞的一个代谢图,收录基因和基因组的数据库,数据库可以分为 3大部分,基因数据库, 化学分子物质数据库,以及基于基因和化学分子物质相互关系而建立起来的代谢路径数据库,在KEGG数据库中,有一个"专有名词"KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K标签,KEGG ortho

参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装.可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象. Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng

参考: 转录组文章的常规套路 文章解读:<Science>小麦转录组研究文章 转录组数据饱和度评估方法 Paper这个东西是多么的诱人,可以毕业,可以评职称,可以拿绩效. 现在的文章都是有套路的,也不能说是水文,但大多是一个模式下的产物,真正有价值的好文其实是少之又少的. 大部分的Paper都是八股文,只需要填词就好了. Transcriptome analysis of leaves, roots and flowers of Panax notoginseng identifies gen