目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3.安装可用pip: pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git pip可能会安装很慢.建议还是用conda,要快很多,最好新建环境. conda

当我们想要从genbank 中下载序列的时候,总需要点击右上角的download 按钮,选择对应的格式,然后通过浏览器进行下载,这样反复的点击很费时间了 其实可以通过bioperl 自动化的完成下载: 代码如下: #!/usr/bin/env perl use Bio::SeqIO; use Bio::DB::GenBank; my ($acc, $out_dir) = @ARGV; ; system qq{mkdir -p $out_dir} if not -d $out_dir; my $s

目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意

扫描左上角二维码,关注公众账号 数字货币量化投资,回复“1279”,获取以下600个Python经典例子源码 ├─algorithm│       Python用户推荐系统曼哈顿算法实现.py│      NFA引擎,Python正则测试工具应用示例.py│      Python datetime计时程序的实现方法.py│      python du熊学斐波那契实现.py│      python lambda实现求素数的简短代码.py│      Python localtime()方法计

简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外,还提供FTP方式下载序列比对工具.这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索.这些实用程序没有图形用户界面,通过类似DOS的命令窗口运行,并通过基于文本的命令行开关接受输入. 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统的PC上安装BLAST+和示例NCBI数据库所需的步骤. 下载 BLAST+软件包ncbi-blast-#.#.#+-win64.exe,适用于运行64位Windows操作系统的PC上.

# 激活工作环境 source activate qiime2-2017.8 # 建立工作目录 mkdir -p qiime2-importing-tutorial cd qiime2-importing-tutorial 导入带质量值的测序数据 地球微生物组标准混样单端数据 “EMP protocol” multiplexed single-end fastq 此类数据标准包括两个文件,扩展名均为fastq.gz,一个是barcode文件,一个是样品混样测序文件. # 建样品目录 mkdir

详见:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视.不介绍Windows系统中的安装方法,一是因为思路一样,二是因为Linux中BLAST效率更高,系统更稳定,不会卡死.所以,请用Linux服务器,我想你也不忍心让自己心爱的本本跑几十个小时的程序吧. 请不要因为篇幅长,而觉得很困难,只是为了初学者能懂,叙述比较详(luo)细(s

最新3DV通用测试条件Common TestConditions of 3DV Core Experiments(JCT3V-E1100)中给出了所有标准测试序列的下载地址,有需要的朋友可以看看! 标准测试序列 Seq. ID Test Sequence Frames to be encoded 2-view input 3-view input S01 Poznan_Hall2 200 7-6 7-6-5 S02 Poznan_Street 250 5-4 5-4-3 S03 Undo_Dan

EST:表达序列标签,expressed sequence tags . 顾名思义,很好理解,就是表达出来的序列,即从基因组DNA上表达出来的RNA,但是我们没法测序RNA,所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段. “标签”:就是指这些序列可能比较短,但是可以用来标定一个物种. 常见下载方式有两种: 1. NCBI Web下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 打开,搜索你要的物种,比如 Camellia ,可以看到结果EST (50287). Web下载

http://blog.csdn.net/scotfield_msn/article/details/60339415 在TensorFlow (RNN)深度学习下 双向LSTM(BiLSTM)+CRF 实现 sequence labeling  双向LSTM+CRF跑序列标注问题 源码下载 去年底样子一直在做NLP相关task,是个关于序列标注问题.这 sequence labeling属于NLP的经典问题了,开始尝试用HMM,哦不,用CRF做baseline,by the way, 用的CR

缺点:需要联网,经常出错,不是操作问题而是因为网络问题 安装 if("seqinr" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("seqinr")} suppressMessages(library(seqinr)) ls('package:seqinr') ###Retrieving a

毕竟原网站一个是14年前的一个是16年前的…… 1,http://ifdo.ca/~seymour/nottingham/nottingham.html 这个网站可以下载zip包. 2,https://github.com/jukedeck/nottingham-dataset 这个网站下载的是ABC格式的优化版,做了若干优化性处理.

打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据所在位置. 点击Genome sequence files and select annotations (2bit, GTF, GC-content, etc)后继续点击Standard genome sequence files and select annotations (2bit, GTF

提示:最下面有最新的下载地址  历史记录: ).-- :: 支持Mysql,Sqlserver(点击下载) ).2013年9月14日,代码重构,加入oracle.复合主键功能(点击下载) )--,为db添加GetDynamicList方法(点击下载) )-- ::,添加xml sql功能(点击下载) )add_getdbbyconfigname.7z )-- :: )-- :: 添加如下 连接:点击下载chm文档 -----------------------------------------

FlowChart.NET是一款专业的.NET平台下的流程图及图表控件,它可以运行在任何C#, VB.NET或Delphi.NET语言编写的软件中.能够帮助你创建工作流程图.对象层次和关系图.网络拓扑图.实体关系图.IVR.工业自动化.genealogy trees .算法流程图.组织结构图.XML文档.类图等,该控件可轻松的整合到您的应用程序中,且不需要太多的程序编写.详细的文档可帮助您快速掌FlowChart.NET的使用方法,且包含了多种编程语言的实例.FlowChart.NET提供多种功

最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装 与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里

摘要 NHibernate从3.0开始支持Linq查询.写Linq to NHibernate查询就跟写.net linq代码一样,非常灵活,可以很容易实现复杂的查询.这篇文章使用Linq to NHibernate重写之前所有的查询. 本篇文章的代码可以到NHibernate查询下载 1.创建IQueryable对象,返回所有Customer对象信息 public IList<Customer> QueryAllLinq() { return Session.Query<Custome

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"><html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"><head><title>CSS无序列实现表宽度自适应的表格_网页代码站(

本文主要参考:MDN 分析并操作 responseXML属性 如果你使用 XMLHttpRequest 来获得一个远程的 XML 文档的内容,responseXML 属性将会是一个由 XML 文档解析而来的 DOM 对象,这很难被操作和分析.这里有五种主要的分析 XML 文档的方式: 使用 XPath 定位到文档的制定部分. 使用 JXON 将其转换成 JavaScript 对象树. 手工的 解析和序列化 XML 为字符串或对象. 使用 XMLSerializer 把 DOM 树序列化成字符串或

2015升级版再次来袭! 更新日志: Slack Integration 新版本集成了Slack,你只需要注册一个Slack帐号然后就可以发送和接收代码片段.你甚至不需要登录Slack就可以直接在Eclipse中查看分享的代码. Gerrit Tools 如果你用Gerrit审查代码或者Git存储库管理,会感受到整个过程相当的流畅,你可以轻松的在多个功能模块间切换.此外,在提交代码前你可以得到高质量的代码和测试体验. 改进支持JavaScript 最新版已经集成了最新版的Tern Java,改进

写在前面:个人总结,如有不对请指出 操作环境: 操作系统:window7 企业版 处理器:Intel Core i5-4200U CPU @ 1.6GHz 内存:8G 系统类型:64位操作系统 需要安装的文件: ubuntu系统:http://mirrors.yun-idc.com/ubuntu-releases/14.10/ubuntu-14.10-desktop-amd64.iso (版本:Ubuntu 14.10 jdk 工具包:www.oracle.com/technetwork/jav