前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

https://www.plob.org/article/9969.html Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,甚至高通量测序数据! GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号

tile38 是基于golang 编写的geo 数据库,支持地理空间索引.实时地理围栏,同时也支持leader-flower 的部署模型 备注: 下边测试一个简单的地理围栏功能 环境准备 docker-compose 文件 包含了一个简单的webhook 工具   version: "3" services:  app:    image: tile38/tile38    ports:    - "9851:9851"  benthos:    image: je

  目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测. 安装 安装较为复杂,可选用conda进行安装 使用 (1)若存在已经被训练的物种(augustus --species=help查看),则直接使用一下代码进行预测基因,以拟南芥为例: 1 augustus

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

16S基因作为mark gene在微生物群落结构的研究中发挥中重要作用, 但是候选的mark gene 肯定不止16S 一种,最新比较火热的功能基因,也可以作为mark gene.利用功能基因作为mark  gene, 相比16S有什么优势呢? 在功能基因的文献中指出了两点: 1) 不同物种的16S基因序列可能完全相同,尤其是在二代测序中,我们通常指扩增16S的部分序列,这样不同物种扩增出来的序列完全相同的概率大大增加,这样不同有效的区分物种,所以说利用16S基因做的species 水平的注释,

转自http://jeffblog.sinaapp.com/archives/501 首先我们先下载一个文件GetSummery,这里我提供了,大家可以直接下载:下载 我们在数据库建立一个表,并给表中字段添加说明,如图所示: 然后,我们创建一个解决方案,选择类库 继续,添加实体数据模型,具体步骤我就不演示了,大家设置好数据库,直接生成就可以了. 现在我们来看一下所生成的实体,大家可以看到并没有什么字段注释说明: 接来下就把我们下载下来的文件解压,将解压出来的文件放入解决方案中,如图所示: 接下来

我们知道,在MySQL数据库安装完成后,要对my.cnf配置文件进行适当的修改才能充分利用MySQL数据库的功能.但是对于初学者来说,修改my.cnf配置文件似乎是一个比较难的过程.为了解决这个问题,本文我们对配置文件进行了解释,以方便大家学习参考,希望能够对您有所帮助. 以下是my.cnf配置文件参数解释: [client] port = 3309 socket = /home/mysql/mysql/tmp/mysql.sock [mysqld] !include /home/mysql/m

使用PowerDesigner默认配置逆向工程是没有注释(name列为英文,comment列是空的),这样的不方便查看字段具体是什么意义,将注释一同导出,方便查看字段具体的意义,如下图 注释列导出步骤 1.新建脚本DBMS,选择菜单:Tools→Resources→DBMS 弹出List Of DBMS对话框,选择新建 弹出新建对话框,填写名称为“My Microsoft SQL Server 2008”(这个名称可以自己定义),选择“Microsoft SQL Server 2008”,点击O

1. maven依赖 <!-- mybatis生成 jar包 --> <dependency> <groupId>org.mybatis.generator</groupId> <artifactId>mybatis-generator-core</artifactId> <version>1.3.2</version> </dependency> <!-- oracle jar包 -->

前言 本文是根据<疯狂工作流讲义-Activiti6.0>一书中提取过来的,有兴趣的可以去当当网买这本书,讲的很不错,最后还有实战案例. 虽然是提取过来的,但完全靠手打梳理,觉得有用的小伙伴可以给予一定支持,谢谢. 共分为六大部分 1.通用数据表 2.流程存储数据表 3.身份数据表 4.运行时数据表 5.历史数据表 6.DMN规则引擎数据表 一.通用数据表 1.资源表,act_ge_bytearray 用于保存和流程引擎相关的资源,只要调用了Activiti存储服务的API,涉及的资源均会被转

最近发现一些代码生成器 有针对注释做一个很好的转化,之前建表的时候 没有这块的注释.现在想增加,专门去看了下 如何增加注释 1 -- 表加注释 2 EXEC sys.sp_addextendedproperty @name=N'MS_Description', @value=N'注释内容' , @level0type=N'SCHEMA',@level0name=N'dbo', @level1type=N'TABLE',@level1name=N'表名' 3 --例如: 4 EXEC sys.sp

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集

第一次接触这个软件,经过自己的捣鼓和百度,终于可以顺利的导入数据库中了,好开森,希望可以帮助到更多人. 数据库(mysql)其实和sqlserver差不多,以16.5版本为例 1.选中一个PDM项目,DataBase->Configure Connections..     2.点击圈住的红色部分,Add Data Source 3. 4. . 5. . 6. 7. . 注意:这个地方的Database是数据库中自己建的目标数据库的名字(用于导入表的数据库,16.5版本不会自动创建,12.5版本

mysql使用sql语句查询数据库所有表注释已经表字段注释(转载)   场景: 1. 要查询数据库 "mammothcode" 下所有表名以及表注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 所有表注释 */ SELECT TABLE_NAME,TABLE_COMMENT FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='mammothcode'; 2. 要查询表字段的注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 下表 ‘t

场景: 1. 要查询数据库 "mammothcode" 下所有表名以及表注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 所有表注释 */ SELECT TABLE_NAME,TABLE_COMMENT FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='mammothcode'; 2. 要查询表字段的注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 下表 ‘t_adminuser’ 所有字段注释 */ SELECT COLUMN_

GEO数据库 GEO数据库隶属于NCBI,是最大最全面的基因表达数据库,主要是芯片和转录组测序数据.除储存数据外,也提供一些数据挖掘工具,因此利用好这个数据库,没有实验,没有自己的数据也能发好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/   SRA文件的存放 从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的ana

1.要查询数据库 "mammothcode" 下所有表名以及表注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 所有表注释 */ SELECT TABLE_NAME,TABLE_COMMENT FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='mammothcode'; 2.要查询表字段的注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 下表 ‘t_adminuser’ 所有字段注释 */ SELECT COLUMN_NAME,c

最近在项目中需要把各个字段的释义写到数据库中,该项目已经上线很长时间了,数据库中的字段没有上千也有上百个,要是一个项目一个项目打开然后再去找对应字段查看什么意思,估计要到明年过年了.由于项目中使用EntityFramework,本身这个项目只有手动设置字段注释的功能,Coder平时写代码的时候都懒得写注释,更别提能在配置数据库的时候将注释配置进去,所以如何在EF中自动将实体注释写入数据库,减轻Coder的压力(ru he tou lan)尤为重要.gitee地址:https://gitee.co