前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

https://www.plob.org/article/9969.html Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,甚至高通量测序数据! GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号

tile38 是基于golang 编写的geo 数据库,支持地理空间索引.实时地理围栏,同时也支持leader-flower 的部署模型 备注: 下边测试一个简单的地理围栏功能 环境准备 docker-compose 文件 包含了一个简单的webhook 工具   version: "3" services:  app:    image: tile38/tile38    ports:    - "9851:9851"  benthos:    image: je

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

sqlalchemy和flask-sqlalchemy之间的东西不是太清晰. sqlalchemy文档太他妈多了.日. 今天遇到的实例. 用户进行随机匹配,系统随机返回一个一定筛选条件下的用户.为了用户体验,还得去掉已关注的人. 首先获取满足筛选条件的用户列表: users = User.query.filter_by(school=form.school.data, sex=form.sex.data, status=form.status.data).all() 且要获取已关注用户列表: f

# Example MySQL config file for small systems. # # This is for a system with little memory (<= 64M) where MySQL is only used # from time to time and it's important that the mysqld daemon # doesn't use much resources. # # You can copy this file to # C

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集

16S基因作为mark gene在微生物群落结构的研究中发挥中重要作用, 但是候选的mark gene 肯定不止16S 一种,最新比较火热的功能基因,也可以作为mark gene.利用功能基因作为mark  gene, 相比16S有什么优势呢? 在功能基因的文献中指出了两点: 1) 不同物种的16S基因序列可能完全相同,尤其是在二代测序中,我们通常指扩增16S的部分序列,这样不同物种扩增出来的序列完全相同的概率大大增加,这样不同有效的区分物种,所以说利用16S基因做的species 水平的注释,

GEO数据库 GEO数据库隶属于NCBI,是最大最全面的基因表达数据库,主要是芯片和转录组测序数据.除储存数据外,也提供一些数据挖掘工具,因此利用好这个数据库,没有实验,没有自己的数据也能发好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/   SRA文件的存放 从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的ana

转载自:http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1000479.html 随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,特别是像The Cancer Genome Atlas(TCGA).International Cancer Genome Consortium(ICGC)等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成,积累了大量的基因组学数据,这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山,同时也产生了各种各样的数据库以

OMIM数据库:大神私藏的数据库,99.9%的人都不知道! 2019-03-04 11:00乳腺癌/医生/肺癌 “ GEO.NCDB.TCGA.SEER数据库这些我都知道,但OMIM是什么鬼? OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)数据库,中文称在线人类孟德尔遗传数据库.OMIM包括了现在所有已知的遗传病和超过15000个基因的信息.OMIM侧重于疾病表型与其致病基因之间的关联. ” 也就是说当你知道某个病的时候,但不知道它受什么基因影响 ——选OMI

JanusGraph:图数据库系统简介 图(graph)是<数据结构>课中第一次接触到的一个概念,它是一种用来描述现实世界中个体和个体之间网络关系的数据结构. 为了在计算机中存储图,<数据结构>中初步介绍了图的逻辑结构和存储结构.本文对图的定义.图的作用.图的逻辑结构.图的存储结构进行了回顾,继而引出了图数据库.主流的图数据库产品,最后重点介绍了JanusGraph图数据库的基本知识. 本文提纲: 1.图的简介 2.图数据库的概念 3.JanusGraph的简介 1.图的简介 ==

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES

1. 删除数据库或者恢复数据库时,一定要先将数据库离线,在执行删除.恢复操作. SQL代码如下: /*使数据库离线*/ ALTER DATABASE [数据库名] SET OFFLINE WITH ROLLBACK IMMEDIATE /*使数据库重新上线*/ ALTER DATABASE [数据库名] SET online 2. 删除数据库用户时,同样也要将用户帐号的进程给关闭,否则会提示:SQLServer无法删除登录名'***',因为该用户当前正处于登录状态 SQL代码如下: /* 要关闭

11 月 2 号 - 11 月 3 号,以"大爱无疆,开源无界"为主题的 2019 中国开源年会(COSCon'19)正式启动,大会以开源治理.国际接轨.社区发展和开源项目为切入点同全球开源爱好者们共同交流开源. 作为图数据库技术的代表,Nebula Graph 总监--吴敏在本次大会上将会讲述了大规模分布式图数据库设计思考和实践.在信息爆发式增长和内容平台遍地开花的信息时代,图数据库在当中扮演了什么样的角色?同传统数据库相比,图数据库又有什么优势?图数据库开发需要哪些新技术?就此,开

Java生鲜电商平台-商品分类表和商品类型表的区别与数据库设计   二者服务的对象不一样 目的也是不一样的 商品分类是为商品服务的 用来管理商品 商品类型是为扩展属性服务的 用来管理属性 举例:[转]通常我们看到的某宝.某东左侧的导航栏,它其实就是商品分类.比如女装.男装.手机等,而它下面又会有子分类,比如女装下有连衣裙.半身裙.牛仔外套等. 分类是可无限分下去的. 现在我们点击一个分类,比如笔记本,最上面的筛选条件:品牌.适用场景.显卡类型.CPU型号等,这些就是商品的属性. 商品分类起导航作

GEO  Gene Expression Omnibus 基因表达数据库 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO的数据存储方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.GPL GEO Series Study  GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能会涉及不同平台. GEO DataSet  GDS号(GDSxxx)对应的是一个同一平台的数据集,这些包括包括从微整列和高通量序列技术生成的数据. GEO Sample 

clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数. 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 可以看到输入的是GO数据库,选定类别,基因名字类型,输出的就是整个数据库. 但是想调用这个函数没那么简单,得导入一系列的基础函数. 一个常见的任务就是获取GO数据库里所有的cell cycle相

数据库 参见<Thinkphp5.1完全开发手册>学习 Mirror王宇阳 数据库连接 ThinkPHP采用内置抽象层对数据库操作进行封装处理:且基于PDO模式,可以适配各种数据库. 数据库连接的配置文件(config/database.php)设置数据库的连接信息 class DataTest extends Controller// 数据库连接 { // url => http://localhost/tp5.1/public/index.php/index/data_test pu

一.安装和配置数据库: 下载mysql地址:https://dev.mysql.com/downloads/mysql/ windows下载的版本是installer msi版本:https://dev.mysql.com/downloads/windows/installer/5.7.html 环境变量的配置: 书上80页. 路径:C:\Program Files\mysql\MySQL Server 5.7\bin 环境变量配置地址:电脑-->属性-->系统属性-->高级-->