前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

ORACLE怎么比较两个数据库的差异 方法1:使用PL-SQL工具 点击 工具->比较用户对象

我生信入门,老师就要求我学好blast比对,说得也确实是很有道理,是个人都知道比对是最基本的东西,现在再想想那老师的建议,也只能呵呵一笑. 北大生物信息公开课有一章专门讲得序列数据库搜索,可以好好看看,快速入门. 序列数据库搜索 BLAST算法 Basic Local Alignment Search Tool BLAST使用

tile38 是基于golang 编写的geo 数据库,支持地理空间索引.实时地理围栏,同时也支持leader-flower 的部署模型 备注: 下边测试一个简单的地理围栏功能 环境准备 docker-compose 文件 包含了一个简单的webhook 工具   version: "3" services:  app:    image: tile38/tile38    ports:    - "9851:9851"  benthos:    image: je

随着MySQL数据库的应用越来越广泛,DB2向MySQL数据库的迁移需求也越来越多.进行数据库之间迁移的时候,首先遇到的并且也是最基本最重要的就是两种数据库数据类型之间的转换. 相关阅读: 从商用到开源:15个维度,全面剖析DB2与MySQL数据库的差异 从商用到开源:DB2迁移至MySQL的最佳实践 下面结合中国证券等级结算深圳分公司开源数据库研究测试项目的DB2数据库向MySQL数据库迁移项目,说明两种数据库数据类型的差异以及迁移过程中的一些注意事项. 无论是DB2数据库,还是MySQL数据

根据一个打分系统,怎么样排对起来打分能够最大.就认为历史上应该是这样子的. 数据同源搜索软件Fasta和Blast 是目前功能最全,使用最广的同源性数据库搜索软件包.他们在Needleman的动态算法的基础上做了很多技术上的改进,如采用启发式算法.使得在精确度牺牲较小的情况下,速度快了很多.   FASTA.是1985年提出的一个全局联配算法. BLAST.是1990年提出的.最初被设计用于序列局部比对. BLAST更适合于protein序列比较,FASTA更适用于DNA序列比较.

https://www.plob.org/article/9969.html Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,甚至高通量测序数据! GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号

ES的基本内容介绍的已经差不多了,最后我们再来看看GEO位置搜索,现在大部分APP都有基于位置搜索的功能,比如:我们点外卖,可以按照离我们的距离进行排序,这样可以节省我们的配送费和送餐的时间:还有找工作时,也可以按照离自己家的距离进行排序,谁都想找个离家近的工作,对吧.这些功能都是基于GEO搜索实现的,目前支持GEO搜索功能的中间件有很多,像MySQL.Redis.ES等.我们看看在ES当中怎么实现GEO位置搜索. GEO字段的创建 GEO类型的字段是不能使用动态映射自动生成的,我们需要在创建索

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

转载请注明出处:jiq•钦's technical Blog Hbase特征: 近期在学习Hbase.Hbase基于行健是建立了索引的,查询速度会很快,全然实时. 可是Hbase要基于行健之外的字段进行查询.那么就仅仅能是全盘扫描,基本上不可接受. 所以Hbase一般来说会针对详细的应用场景来设计行健,利用基于行健的查询的实时性来达到Hbase数据的实时查询. 关系型数据库基于索引字段的实时查询: 然后联想到关系型SQL数据库,他们针对主键是建立了B/B+/B-树索引的,基于主键的查询是实时的.

使用solr的DIH (data import handler) 可以操作后台数据库,前端solr自带的search ui (localhost:8983/solr/collection1/browse) 自带生成xml文件,在搜索结果的页面底端.

网上对于SQL数据库的使用比较详细,但是对于Oracle的使用比较少,本文特别适合学过SQL数据库但是工程需要使用Oracle数据的编程人员查看, 时间匆忙,文章可能写得不够详细,希望有人指出错误或者不同见解. 1.VS工作环境的设置    VS中Oracle的功能在2010左右已经停止的更新,如果需要最新的功能可以去Oracle官网上下载 ODP.NET的插件,装好之后手动添加两个引用分别为: -->using Oracle.DataAccess.Client; -->using Oracl

参考资料: Python 集合(set)   此脚本用于两个数据库之间的表.列.栏位.索引的差异对比. cat oracle_diff.py #!/home/dba/.pyenv/versions/3.5.2/bin/python#coding=utf-8import cx_Oracleimport timeimport difflibimport os v_host=os.popen('echo $HOSTNAME') class Oracle_Status_Output():    def

点击搜索,然后输入关键字,注意要全选或者部分选择表(一个数据库的表),点击右下角的执行   会提示有多少个匹配,可以在浏览器中直接搜索"1个匹配"来定位到哪个数据表找到了匹配项,然后浏览      

我配置的是: 一个月执行一次完整备份数据库,删除三个月前备份文件.每天执行一次差异备份,删除一个月钱备份文件. 1.管理-维护计划   右键-新建维护计划 2.创建子计划 3.分别配置作业计划属性(执行时间) 4.为子计划添加“备份数据库”任务和“清除历史记录”任务 5.备份数据库配置和清除历史记录配置(截图为完整备份的配置) 6.配置报告与记录日志写入本地 本次配置保存路径: 完整数据库保存路径:   D:\DbBackupFiles\Medusa_Full 差异数据库保存路径:   D:\D

近项目用sphinx做地理搜索,可是结果总是不对,明明很近却搜不到 结果检查sphinx源文件: static inline double sphSqr ( double v ) { return v*v; } float ExprGeodist_t::Eval ( const CSphMatch & tMatch ) const { const double R = 6384000; float plat = tMatch.GetAttrFloat ( m_tGeoLatLoc ); floa

1.倒排索引 1.倒排索引和正向索引 在全文搜索里,文档数据离不开搜索,而搜索离不开索引(没有索引搜索会很低效),倒排索引(Inverted index)是全文搜索系统里最高效的索引方法和数据结构,ES的索引就是倒排索引. 也称反向索引/置入索引或反向档案,用以存储一个映射:在全文搜索下某个单词在一个文档或者一组文档中的位置. 2.倒排索引建立索引的具体方式 需求: 在这5份文档中根据关键字“乔布斯”搜索匹配的文档,附属要求:文档的排序,这个搜索关键字在每个匹配文档中出现的位置和次数. 1).把

找到一个可靠的步骤,点开链接:http://blog.csdn.net/kevindr/article/details/22154323

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集

GEO数据库 GEO数据库隶属于NCBI,是最大最全面的基因表达数据库,主要是芯片和转录组测序数据.除储存数据外,也提供一些数据挖掘工具,因此利用好这个数据库,没有实验,没有自己的数据也能发好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/   SRA文件的存放 从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的ana