https://www.plob.org/article/9969.html Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库,设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据,但是后来也加入了甲基化芯片,甚至高通量测序数据! GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号

最近需要下载一大批GEO上的数据,问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件,换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载.但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包,不知道是网络问题还是怎么,GEOquery有时候运行也不太稳定,但是总体来说,很好地解决了我的问题. 首先假设我们想要下载的数据是GSE77445,这是一批DNA甲基化数据,我们可以在R语言中安装GEOquery之后,载入R包,然后直接输入: Data <- getGEO("GSE77445"

很多时候我们需要从GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载RNA-seq数据,一个典型的下载页面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76381(搜 GSE76381). 这里你会看到数据的总览: GSM2268339 1772067089_A01 GSM2268340 1772067089_A02 GSM2268341 1772067089_A03 -- Supplementary

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集

GEO  Gene Expression Omnibus 基因表达数据库 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ GEO的数据存储方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.GPL GEO Series Study  GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能会涉及不同平台. GEO DataSet  GDS号(GDSxxx)对应的是一个同一平台的数据集,这些包括包括从微整列和高通量序列技术生成的数据. GEO Sample 

刚才又人问我,要是群文件被鉴定为病毒那怎么下载? 我简单说一下吧: 其实qq客户端过滤比较严的,而web段却还是老一套,很多人说出现这个情况其实是腾讯已经把他库里面的文件删了,其实不然 如果源删了,那么web段也就不可能下载到了,咱们从这方面绕过它的验证(QQ群空间 http://qun.qzone.qq.com/group) 看图: 收工 扩展: 上传绕过:其实上传绕过太简单了,比如设置一个压缩包密码,比如压缩包里面套压缩包等等的,都是可以绕过的 赠送: 外网突破-打开就能用 http://p

Atitit. 常用街机系统and 模拟器总结 snk neo geo cps mame sfc smc 1. #-------常用 游戏类型 1 2. 街机的历史 2 3. #=====================常用街机系统 3 4. NEO GEO,SNK之系统 3 5. SNK新日本企划 3 6. CPS2和CPS1,,CAPCOM早期街机的机版系统 4 7. MAME系统 4 8. SFC/SMC (这个是使用 手柄的,不是 摇杆) 4 9. 游戏)三大组成部分 Arcade, C

相信大家都遇到过google搜索被墙掉的情况吧:现在用修改Hosts的方法来解决哈 linux下: sudo gedit /etc/hosts win7下: 到目录C:\Windows\System32\drivers\etc找到hosts文件,然后添加下面那些进入文件,保存即可   往里面添加 127.0.0.1   localhost 127.0.1.1   xiaoyaomeng-K42Jv # The following lines are desirable for IPv6 capa

前言 openlayers4 官网的 api 文档介绍地址 openlayers4 api,里面详细的介绍 openlayers4 各个类的介绍,还有就是在线例子:openlayers4 官网在线例子,这个也是学习 openlayers4 的好素材. openlayers4 入门开发系列的地图服务基于 Geoserver 发布的,关于 Geoserver 方面操作的博客,可以参考以下几篇文章: geoserver 安装部署步骤 geoserver 发布地图服务 WMS geoserver 发布地

前言: Gephi(以下内容基于0.9.2)比较擅长用来处理社会网络分析,其自身以及插件对地理数据的支持非常不足.主要有以下几点: 1.map of countries这个插件可以在gephi底图上以指定坐标系显示各个国家.洲际底图. 1)其本身已经非常古老了,而且中国地图上没有XX省...你懂的. 2)其底图是作为节点和边插入数据中来展示的,因此会影响数据的计算,故而必须在最后一步插入. 2.无法导入包含节点信息的边数据,比如你的表头是: 导入后,lng和lat并不会作为节点的属性数据,要命的

文章版权由作者李晓晖和博客园共有,若转载请于明显处标明出处:http://www.cnblogs.com/naaoveGIS/ 1.背景 1.1传统MySQL+ Memcached架构遇到的问题 MySQL本身是适合进行海量数据存储的,通过Memcached将热点数据加载到cache从而加速访问,很多公司目前都采用这样的架构,但随着业务数据量和访问量的持续增长,我们遇到了很多问题: a.MySQL需要不断进行拆库拆表,Memcached也需不断跟着扩容,扩容和维护工作占据大量开发时间. b.Me

现在你已经安装了Kibana,现在你一步步通过本教程快速获取Kibana核心功能的实践经验.学习完本教程,你将: 1.加载案例数据到你安装的Elasticsearch中 2. 定义至少一个索引匹配模式 3.使用Discover功能探索你的数据 4.建立一个visualization图形化地展示你的数据 5.把许多visualization汇编组装成一个Dashboard 本段内容假设你已经安装好了Kibana和Elasticsearch,并且Kibana连接到了Elasticsearch. 视频

1. ActionBarSherlock ActionBarSherlock应该算得上是GitHub上最火的Android开源项目了,它是一个独立的库,通过一个API和主题,开发者就可以很方便地使用所有版本的Android动作栏的设计模式. 对于Android 4.0及更高版本,ActionBarSherlock可以自动使用本地ActionBar实现,而对于之前没有ActionBar功能的版本,基于 Ice Cream Sandwich的自定义动作栏实现将自动围绕布局.能够让开发者轻松开发一款带

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

1)介绍 来自NCBI的Gene Expression Omnibus(GEO)作为各种高通量实验数据的公共存储库. 这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验,测量mRNA,基因组DNA和蛋白质丰度:以及非阵列技术,如基因表达系列分析(SAGE)和质谱蛋白质组学数据. 在GEO最基本的组织级别中,用户可以提供四种实体类型:平台,样本,系列和GEO数据集. 1.1 平台(platforms): 平台记录描述阵列上的元件列表(例如,cDNA,寡核苷酸探针组,ORF,抗体)或可在该实验中检测和定量的

Firefox 下载的FTP页面: http://ftp.mozilla.org/pub/firefox/releases/ Firefox下载官方页面: https://www.mozilla.org/en-US/firefox/all/选择列表中的“Chinese (Simplified) 中文 (简体)”下载.含最新windows.mac和linux版本. https://download-installer.cdn.mozilla.net/pub/firefox/releases/类似f

前言 本文主要演示GEO数据库的一些工具,使用的数据是2015年在Nature Communications上发表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807] 作者通过将FoxO1-3-4-floxed小鼠(FoxO1,3,4 f / f)与表达Cre重组酶的转基因系

部分结果 bing地图瓦片使用QuadKey作为命名方式. QuadKey简介 如何计算quadkey 在给定level下,把行号tileY和列号tileX转换为2进制,然后行列交叉存储,再转换为4进制,即得到了相应的quadkey. quadkey的优点 四键具有几个有趣的属性.首先,四键的长度(位数)等于相应图块的详细程度.其次,任何图块的四键以其父图块(上一级包含的图块)的四键开头.如下例所示,图块2是图块20到23的父级,图块13是图块130到133的父级: 思路 根据选择的区域计算四键

前言 leaflet 入门开发系列环境知识点了解: leaflet api文档介绍,详细介绍 leaflet 每个类的函数以及属性等等 leaflet 在线例子 leaflet 插件,leaflet 的插件库,非常有用 内容概览 leaflet 结合 Echarts4 实现散点图源代码 demo 下载 本篇 demo 利用 leaflet api 结合 Echarts4 实现散点图功能,效果图如下: 实现思路 从官网下载 Echarts4 源码,通过 _theme进行定位,定位到 functio

摘要: 如何使用TableStore打造店铺搜索系统 一.方案背景 对于一套GEO管理系统,其核心点与瓶颈在于数据库的存储性能与查询能力:一方面,存储服务需要应对海量数据的低延迟存.读,另一方面,存储服务也要提供高效的GEO+多维度数据检索.表格存储(TableStore),作为一款Serverless分布式NoSQL数据库,完全具备该系统的需求.下面我们将基于TableStore打造一个[亿量级GEO管理系统]: 需求场景 某店铺搜索平台,提供了亿量级的店铺信息.用户通过平台提供的PC端.移动