http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个基因集,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异.表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因属于同一通路,以及该通路上的上调.下调情况,这就是富集分析了. 例如2019年4月在Cancer cell(PMID 30991027)上发表的一篇文章中有一张

1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade") biocLite('cluster

基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类. 信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路.这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素.生长因子.细胞因子.神经递质以及其它小分子化合物等. 富集性分析应用范围非常广,从Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等. Go分析能够缩小查询基因的范围 BINGO :  查询这条通

全基因组关联分析除了找到显著的关联位点,我们还可以做基因优化.geneset富集分析.组织富集分析,下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析. summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X 或者 UNIX, 不支持windows系统 1.2 Java SE 6(或者更高),没有安装Java请自行安装 1.3 需要PIP 怎么确定系统有没有安装PIP呢,输入命令which pip,如果没有路径弹出,说明没有PIP

我们的云平台上的GO富集分析工具,需要输入的文件表格和参数很简单,但很多同学都不明白其中的原理与结果解读,这个帖子就跟大家详细解释~ 一.GO富集介绍:       Gene Ontology(简称GO)是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表(controlled vocabulary)来全面描述生物体中基因和基因产物的属性.GO总共有三个ontology(本体),分别描述基因的分子功能(molecular function).细胞组分(cellular compon

何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来. 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发了很多基因功能注释数据库,.这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书,K

GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析.例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示). 富集分析工具    用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析.此服务连接到PANTHER分类系统的分析工具,该分类系统使用GO注释进行最新维护.PANTHER分类系统在Mi H等人,PMID:23868073中有详细说明.支持基因ID的列表可以从PANTHER网站获得. 使用GO富集分析工具 1.粘贴或键入要分析的基因的名称,每行一个或用逗号

前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析.虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦.这时网页在线或者本地化工具派上用场了. DAVID DAVID地址 以前我会首选DAVID,原因是方便简单.有人说它数据库更新慢,不准确(据说被science点名批评了),也有人说它运行慢,数据库更新慢是硬伤,但我只是大概看下基因集的功能,总体结果不会差到哪里去.至于运行速度我反而觉得比其他工具更快. 使用方法: 注释结果有很多,挑自己感兴趣的数据库,我一般看G

Optimizely:在线网站A/B测试平台是一家提供 A/B 测试服务的公司.A/B 测试能够对比不同版本的设计,选取更吸引用户眼球的那一款,从而带来更为优化的个人体验.让网站所有者易于对不同版本的设计和内容进行测试. 该公司的客户现已突破7000家,这些客户完成了超过50万次试验,令Optimizel成为使用最广泛的测试平台.对于那些没有用过该公司服务的人,我想告诉你们,你只需要简单的添加一个 Java 脚本公式,就能够给你的网站创造类似 A/B 的选择性测试(你可以对选择项进行设置,同时还

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function).生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)三个面对基因功能进行全面定义. 基因本体论,用于蛋白的功能分类! Gene Ontology可分为分子功能(Molecular Function),生物过

  image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). 用GSEA做富集分析是非常简单的,结

Optimizely:在线网站A/B测试平台是一家提供 A/B 测试服务的公司.A/B 测试能够对比不同版本的设计,选取更吸引用户眼球的那一款,从而带来更为优化的个人体验.让网站所有者易于对不同版本的设计和内容进行测试. 该公司的客户现已突破7000家,这些客户完成了超过50万次试验,令Optimizel成为使用最广泛的测试平台.对于那些没有用过该公司服务的人,我想告诉你们,你只需要简单的添加一个 Java 脚本公式,就能够给你的网站创造类似 A/B 的选择性测试(你可以对选择项进行设置,同时还

版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/devcloud/article/details/94549627 GO是Gene Ontology的简称,是基因功能国际标准分类体系.它旨在建立一个适用于各种物种的,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准.GO分为分子功能(Molecular Function).生物过程(Biological Proc

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

导读:三个月过去了,好友张森终于把一款默默无名的软件打造出了日均1W+在线的平台,我认为成功的因素很简单,1,找准了用户群体的痛点;2,肯花精力做运营;3,合理的推广.本文是他的自述,打造一款产品,说起来很简单,但做起来就麻烦了,来看看他是如何做的吧. 网站的推广方法各式各样,那么怎么在短时间内将一个刚上线的新网站打造成行业内最活跃的平台呢?相信大家都很好奇,我是怎么用90天时间将“换链神器”从零开始打造成一个[日均在线网站10000]的友情链接平台? 确切的说“换链神器”是一款友情链接互换的软

网站seo优化--jsoup 批量分析相关网站 标签,描述,关键词. 因为自己写了一个磁力搜索网站Btgoogle,准备进行优化一下,需要分析其他的网站的优化情况. Java的Jsoup类库和PHP的一个Simple_html_dom框架具有异曲同工之妙,非常的相像. 比如Jsoup里面doc.select(".classname[:eq()]")和Simple_html_dom里面的$html->find(".classname",[eq])都是尽量完整Jq

360在线网站安全检测,web安全测试AppScan扫描工具,XSS常用的攻击手法 如何做好网站的安全性测试 360网站安全检测 - 在线安全检测,网站漏洞修复,网站后门检测http://webscan.360.cn/安全报告演示案例http://webscan.360.cn/index/demo网站还未认领,无法进行漏洞检测,只有认领了网站后才能进行漏洞检测检测后,可以发现潜在漏洞,并可一键进行修复,避免黑客入侵,保护网站安全 文件验证,用浏览器访问 http://xxxx.com/websc

有关python实现apahce网站日志分析的方法. 应用到:shell与python数据交互.数据抓取,编码转换 #coding:utf-8 #!/usr/bin/python'''程序说明:apache access.log日志分析 分析访问网站IP 来源情况 日期:2014-01-06 17:01 author:gyh9711 程序说明:应用到:shell与python数据交互.数据抓取,编码转换'''import osimport jsonimport httplibimport cod

在很多年前,笔者在使用z-blog搭建个人部落格的时候,最大的感受就是z-blog在线安装功能! 因为在那个时候,以几K每秒的速度上传一个几M或者十几M的压缩包到虚拟主机上,是一个很痛苦的事情.特别是主机不支持在线解压功能,只能一个一个文件上传的时候. 虽然z-blog实现该功能的只有php版本与以前的ASP版本,但是对于asp.net,我们也可以做到同样的事情,只需要一个几K的ASPX文件,上传到服务器,就可以实现自动下载网站压缩包,解压并安装! 本来我担心bin目录文件变更,会引发异常,但是

http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html