我们在做生物分析的时候,经常会碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注释文件.他们有着相似的名字,甚至连内容都极为相似~那么,他们究竟差在哪里呢? GFF全称为general feature format,这种格式主要是用来注释基因组. GTF全称为gene transfer format,主要是用来对基因进行注释. 数据结构 GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成,这两种文件的前8列都是相同的(一些小的差别) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 reference sequence name

1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析.gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式. GFF(general feature format):这种格式主要是用来注释基因组. 现大部分利用的是第三版,即gff3. GTF(gene transfer format):主要是用来对基因进行注释.当前所广泛使用的gtf格式为第二版,即gtf2

参考: GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "; 1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "; 有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 另外,看看 Bioconducto

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu

一.GTF文件格式 Fields must be tab-separated. Also, all but the final field in each feature line must contain a value; "empty" columns should be denoted with a '.' 1.seqname - name of the chromosome or scaffold; chromosome names can be given with or w

Beyond Compare 前一段时间,介绍过用Total Commander来完成文件夹同步的时候,一位朋友留言推荐了Beyond Compare--一个强大的超越了文件差异比较的工具.Beyond Compare对于提升工作效率,绝对是一个利器. 文件差异工具 单独的文件差异工具不胜枚举,如:WinMerge.WinDiff.Diffuse等,还有Unix/Linux下犀利的命令行工具:diff,一般源码的补丁就是靠它搞定的,先用diff差异一下,再patch一下就OK了:版本控制软件一般

GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列).而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息. GTF文件我一般喜欢去ensembl下载,gencode也可以. 这里给出链接: ftp://ftp.ensembl.org/pub/r

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

写了这么多个 C# 项目,是否对项目文件 csproj 有一些了解呢?Visual Studio 是怎么让 csproj 中的内容正确显示出来的呢?更深入的,我能够自己扩展 csproj 的功能吗? 本文将直接从 csproj 文件格式的本质来看以上这些问题. 阅读本文,你将: 可以通读 csproj 文件,并说出其中每一行的含义 可以手工修改 csproj 文件,以实现你希望达到的高级功能(更高级的,可以开始写个工具自动完成这样的工作了) 理解新旧 csproj 文件的差异,不至于写工具解析和

作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值,方差. 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何,比如GAPDH,β-ACTIN等等. [1]安装计数软件:htseq-count # conda安装 $ conda install -c bioconda

1)Introduction DEXSeq是一种在多个比较RNA-seq实验中,检验差异外显子使用情况的方法. 通过差异外显子使用(DEU),我们指的是由实验条件引起的外显子相对使用的变化. 外显子的相对使用定义为: number of transcripts from the gene that contain this exon / number of all transcripts from the gene 大致思想:. For each exon (or part of an exon

详细的使用说明:http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ Collectively, the bedtools utilities are a swiss-army knife of tools for a wide-range of genomics analysis tasks. The most widely-used tools enable genome arithmetic: that is, set theory on the genom

Gff文件格式 gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的.方便的对于DNA.RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多软件都支持输入或者输出gff格式.前格式定义的最新版本是版本3.原始定义见SONG websitegff是存文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明: Column 1: “seqid”序列的编号,编号的有效字符[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]Column 2: “source”注释信

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

思维导图软件很多,能够画出思维导图的软件更多.作为流传较广而又比较成熟的思维导图软件,MindManager有专门的文件格式.如果读者想多借鉴导图,就应该了解MindManager的文件格式. MindManager文件的后缀为mmap.xmmap.xml.mmp等,最常见的是后缀为mmap的导图文件. MindManager的各种版本都使用“mmap”作为导图文件的后缀.可以理解,在软件的发展过程中,不同版本之间会有很大差异,文件可以向前兼容,但向后兼容就有问题了.也就是说,MindManag

0x00 前言 继续对图片隐写技巧的学习,这次是对JPEG文件格式的学习和理解.同PNG文件的格式对比,JPEG文件相对简单,读取其中隐藏payload的方式大同小异,两者区别在于文件格式不同,可供利用的细节存在差异. 本文相关工具: 16进制编辑器:Hex Editor 隐写检测:Stegdetect 下载地址: https://github.com/abeluck/stegdetect 编辑Exit信息:MagicEXIF 下载地址: http://www.magicexif.com/ 分析

原文:ArcGIS三大文件格式解析 Shape数据 Shapefile是ArcView GIS 3.x的原生数据格式,属于简单要素类,用点.线.多边形存储要素的形状,却不能存储拓扑关系,具有简单.快速显示的优点.一个shapefile是由若干个文件组成的,空间信息和属性信息分离存储,所以称之为“基于文件”. 每个shapefile,都至少有这三个文件组成,其中: *.shp 存储的是几何要素的的空间信息,也就是XY坐标 *.shx 存储的是有关*.shp存储的索引信息.它记录了在*.shp中,空

gt文件格式 gt文件格式是一种简单的二进制格式,用来存储graph-tool的图实例,以一个紧凑和快速的方式,包括了库支持所有类型的属性映射. 它是graphml格式(基于文本)的另一种选择,graphml用来处理非常大的图时,其 I / O 可能变得非常耗费时间和空间. 这里我们详细描述了gt的编码方式,使用graph_tool.collection模块中的lesmis网络作为例子. header 其以utf-8编码的字符串⛾gt开头,共计6个字节:紧随其后的是版本号(目前是0x01),占一

先引入脚本  这里最好是把jquery的脚本升级到1.7 <script src="js/jquery-1.7.js" type="text/javascript"></script> <script src="js/jquery.form.js" type="text/javascript"></script>   $("#btnUpload").click