工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

对搜索引擎.文件索引.文档转换.数据检索.站点备份或迁移等应用程序来说,经常用到对网页(即HTML文件)的解析处理.事实上,通过 Python语言提供的各种模块,我们无需借助Web服务器或者Web浏览器就能够解析和处理HTML文档.本文上篇中,我们介绍了一个可以帮助简化打开 位于本地和Web上的HTML文档的Python模块.在本文中,我们将论述如何使用Python模块来迅速解析在HTML文件中的数据,从而处理特定的 内容,如链接.图像和Cookie等.同时还会介绍如何规范HTML文件的格式标签

现代生活中,我们很难不与excel表打交道,excel表有着易学易用的优点,只是当表中数据量很大,我们又需要从其他表册中复制粘贴一些数据(比如身份证号)的时候,我们会越来越倦怠,毕竟我们不是机器,没法长时间做某种重复性的枯燥操作.想象这样一个场景,我们有个几千行的表要填,需要根据姓名输入其对应的身份证号,但之前我们已经做过一个类似的表,同样的一些人的姓名跟身份证号是完整的,那么我们就需要通过一个个查找姓名,然后把身份证号码复制到我们当前要做的表里去. 当我日复一日重复着这些操作的时候,我都很想有

对搜索引擎.文件索引.文档转换.数据检索.站点备份或迁移等应用程序来说,经常用到对网页(即HTML文件)的解析处理.事实上,通过 Python语言提供的各种模块,我们无需借助Web服务器或者Web浏览器就能够解析和处理HTML文档.本文上篇中,我们介绍了一个可以帮助简化打开 位于本地和Web上的HTML文档的Python模块.在本文中,我们将论述如何使用Python模块来迅速解析在HTML文件中的数据,从而处理特定的 内容,如链接.图像和Cookie等.同时还会介绍如何规范HTML文件的格式标签

在python语言中,用丰富的函数库来从文件中提取数据,这篇博客讲解怎么从csv, xls文件中得到想要的数据. 点击下载数据文件http://seanlahman.com/files/database/lahman-csv_2015-01-24.zip 这个一个美国棒球比赛的统计数据解压文件夹,我们选取AwardsManagers.csv来练习 #-*- coding:utf-8 -*- import csv DIR = 'data/' fname = 'AwardsManagers.csv'

         如何使用免费PDF控件从PDF文档中提取文本和图片 概要 现在手头的项目有一个需求是从PDF文档中提取文本和图片,我以前也使用过像iTextSharp, PDFBox 这些免费的PDF插件,可是这次都测试了一下,或多或少有一些地方不是很满意.最后同事推荐我使用免费的Spire.PDF,结果真是让我惊喜.最重要的是,作为一家中国企业,他们还能提供完全没有时差的免费中文技术支持.所以迫不及待的想和大家分享一下我的使用经验. 开发环境需求 首先,从Codeplex官网下载免费的Spi

//禁止手机页面中A标签长按弹出路径框    window.onload=function(){        document.documentElement.style.webkitTouchCallout='none';    };

use test go ALTER DATABASE test SET SINGLE_USER DBCC CHECKDB (test, repair_allow_data_loss) with NO_INFOMSGS go ALTER DATABASE test SET MULTI_USER go 对于单个数据库报错了,运行这个修复不行.后来我在tempdb运行才可以. dbcc checkdb('tempdb') 其实开始的时候还有另一个错误: 尝试在数据库 5 中提取逻辑页 (1:1640)

在JavaScript中,提取子字符串主要是通过 Slice.Substring.Substr 三个方法之一. // slice // 语法: string.slice(beginSlice [, endSlice]) "Good news, everyone!".slice(5, 9); // 'news' // substring // 语法: string.substring(indexA [, indexB]) "Good news, everyone!".

刚刚整理代码时发现以前写的从进程的内存镜像中提取swf文件的工具,现在分享出来,希望能帮到有需要的朋友.这个小工具是命令行使用,没有界面,可以很方便的从指定进程中(比如浏览器,swf播放器等等),按swf的文件头标识来提取解压后的swf文件.在swf运行过程中,不论zlib压缩(cws)还是lzma压缩(zws)的swf文件,在内存中都会被解压成fws的格式,所以除非你的as3代码经过混淆或者使用内存欺骗的技巧,否则一般加密方式对于这种内存提取swf的方案都是徒劳,轻松可以获取as3代码和图片资

从jsTree演示代码中提取的在线文件查看 jsTree 请参考:https://www.jstree.com/ 效果如下: 代码下载:http://files.cnblogs.com/files/zjfree/jsTree_file.rar

寻找字符串中的最长回文序列和所有回文序列(正向和反向一样的序列,如aba,abba等)算是挺早以前提出的算法问题了,最近再刷Leetcode算法题的时候遇到了一个(题目),所以就顺便写下. 如果用正反向遍历的方法的话时间复杂度将会是O(N^2),而利用Manacher算法将会是O(N),在处理长序列的时候能显著提高速度. 算法原理 回文序列的左右是对称的,也就是说在找到一个回文序列的时候,回文序列的右半部份将会是左半部分的镜像,在符合一定条件的时候可以直接判断以当前字符为中心的回文序列的长度 以

扁平化设计正被用于各个主流的移动操作系统以及许多流行的网站,这是一个不断上升的趋势. 这种趋势有其分支,其中之一是“长阴影 “的效果在元素上的使用. 采用角度为 45 度的投影,给对象添加了一份立体感. 为了营造轻松的这样的效果,有一个免费的 PSD 文件称为 Long Shadow Generator ,可以帮助你在 Photoshop 中轻松实现长阴影效果. 您可能感兴趣的相关文章 Metronic – 基于 Bootstrap 的响应式后台管理模板 小伙伴们惊呆了!10行 JavaScri

平时在excel中处理数据的时候,肯定会遇到在单元格提取信息的情况,比如在地址中提取省.市.地区等,如果数据源内容规整的话,可以直接使用left().right().mid()等函数直接提取,但是大多数情况下,数据源的内容比较混乱,这时的就提取需要一些函数的组合,比如下面这种: 上图中是一些地址,我们看到大部分还是按照省.市.区来排列的,但是其中有一些格式并不统一,比如第6行,如何解决,首先我们需要一个辅助列,这个辅助列表就是你希望提取出来的内容,比如我想提取城市,我就弄一个存储城市名的辅助列,

最近,需要将wireshark监听的数据进行提取,分两步:首先,应该得出wireshark的数据包吧,在图形化界面中可以非常直观的将监听数据进行存储,但是这样需要手动操作非常麻烦,而且容易出错(随着处理数据包的数量增加,图形化可能吃不消,以前就遇见过),在linux下,采用了tshark命令,tshark就是wireshark图形界面命令行化,命令如下: sudo tshark -f "udp port 1243" -i eth0 (-w)> /tmp/capture.cap 对

输入班级人数,统计人名,性别,年龄: 建立一维数组,并放到集合中: //Console.Write("请输入班级人数:"); //int a = int.Parse(Console.ReadLine()); //ArrayList al = new ArrayList(); //for (int i = 0; i < a;i++ ) //{ // string[] name = new string[3]; // Console.Write("请输入第{}个人的姓名:&

例如在aaaa12xxxx中提取12,在参考了stackoverflow后比较方便的大致有以下几种方法: 利用sub跟gsub sub(".*?([0-9]+).*", "\\1", "aaa12xx99",perl=TRUE) #其中\\1指括号中匹配的部分 gsub("[^0-9]", "", "aaa12xxxx") regmatchs法 txt <- "aaa12

使用t-sql从身份证号中提取生日,一下是转换16位身份证号的例子,仅供参考. create function getDateFromID( ) ) returns datetime as begin ); ,); declare @year int; ) as int); + @year; else + @year; declare @birthday datetime; )) + '-' ,) + '-' ,) as datetime) return @birthday end GO ) '

Windows PE3.0制作方法(从Win7中提取制作 在d:新建文件夹winpe,在winpe中新建sources.pe3和new文件夹,把附件中提供的工具imagex连文件夹一起放到winpe目录中. 制作方法: 1.把windows7光盘(或光盘镜像)里的\sources\boot.wim文件复制到d:\winpe\sources目录 2.在附件提供imgaex目录里右键点击inf文件,选安装.(Imagex 6.0 AIK 封装工具) 3.运行cmd,进入imgaex目录. 4.ima

数据库可以使用,可以备份,但对备份进行恢复时报错,使用sp_attach_db对两个物理文件进行连接时,报同样错误: 服务器: 消息 605,级别 21,状态 1,行 1 试图从数据库 ‘UFData_001_2003' 中提取的逻辑页 (1:10720) 属于对象 '0',而非对象 'syscolumns'. 连接中断 注:严重级别 21:数据库 (dbid) 进程中的 SQL Server 严重错误 这些消息表明遇到了影响当前数据库中所有进程的问题:但数据库本身损坏的可能性不大 错误分析 针